北镇抚司，作为司级单位，在锦衣卫的机构设置级别来看并不高，卫下面是所（即卫所制），所下面才是司。
同样，在锦衣卫最初设置之时，镇抚司的级别仅在千户和百户之间，地位与其他二级单位（即其他司）相当。
不过，随着明朝后来皇帝个性化需求越来越多，镇抚司先是扩充编制后一分为二，分为南镇抚司和北镇抚司，和各所一样归属于锦衣卫直管。
说明地位已经远高于其他各司，甚至与各所平起平坐。
明宪宗成化年间，北镇抚司更是直接向皇帝负责，锦衣卫指挥使也不能干预。
明嘉靖间，北镇抚司权力达到顶峰，嘉靖帝二十余年未曾上朝，而天下尽在掌控之中，重要的一条途径，就是通过北镇抚司。
也逐步形成了北镇抚司与锦衣卫互相监督的格局。
之所以北镇府司有如此能量，主要是因为其业务范围是侦缉刑事，“专理诏狱”（皇帝钦定的案件）。
北镇抚司的权力极大，甚至可以逮捕皇亲国戚，可直接拷掠刑讯，取旨行事，刑部、大理寺、都察院等三法司根本无权过问。
诏狱是一种半地下室的监狱，四面不设窗户，阴暗潮湿，空气中都充满腐肉的味道，犯人只能看到微弱的烛光，周边也都是用刑时的惨叫声。
刑具更是花样繁多，包括拶指、夹棍、剥皮、舌、断脊、堕指、刺心、琵琶等。
比如“琵琶刑”，是在受刑者的锁骨以下十二对肋骨上用钢刀弹奏，听得刮骨的嘎吱之声。
“活剥皮”则是把人埋在土里，露出脑袋，在头皮上划出小口，再往里灌水银，人会从皮里慢慢跑出来，但这时人还是活着的，皮却还在土里，然后经历一段无比痛苦的挣扎才会死去。
不光是受刑，诏狱中的犯人饮食、生活用品、药品就更不用说了，物资极度匮乏，里面传染病流行，很多犯人还未被刑罚折磨死，就会因病痛而亡。
北司的镇抚从品级来看并不高，只有五品，但掌印不一定就是锦衣卫的镇抚，指挥佥事、指挥同知、指挥使都可以掌印。
原则是谁掌北司的印，北司的事就谁说了算，甚至还有不属于锦衣卫的朝廷大臣掌北司印的情况。皇帝为了分散权利，有时候会出现多人轮流分管北司印信的局面。
所以北镇抚司的权限通天，太监王振诬告兵部尚书王智谋反，北镇抚司迅速行动，将王智等人拘押入诏狱。
在长达三个月的审讯中，北镇抚司动用多种刑讯手段，最终导致多人死于狱中。