50年代末60年代初，当马寅初《新人口论》等有关人口问题和经济问题的理论遭到批判后，马寅初把主要精力和时间，都用在了对中国农业经济问题的研究方面。
从1961年春天开始，马寅初就着手为他的《农书》写作做准备。进入1962年以后，他又亲自到浙江农村，对农业问题进行了专门的调查研究，带回了大量第一手材料。1963年到1965年，他用整整3年的时间，一直在呕心沥血地进行写作。到1965年岁末，马寅初不仅已经将他的100多万字的《农书》初稿写完，而且还从头到尾作了一次修改。
1966年，在中国的大地上，突然降临和燃起了“文化大革命”的灾难之火。马寅初听家人、亲戚对他讲红卫兵到处抄家、打人的事情，就觉得很可怕，就觉得这一次真是“秀才遇上兵，有理讲不清”了，很可能要大难临头。
开始，马寅初对红卫兵来抄家，还是一般地担心害怕。深秋的一天，当他从子女那里听到红卫兵已经到他的好友邵力子、张治中家里转了几圈之后，就更加害怕起来。
一个夜晚，马寅初躺在床上，听着由街上传来的各种可怕的声音。他翻来覆去，怎么也不能入睡。大约到天亮时分，他迷迷糊糊地似乎听到一阵急促的敲门声，一群红卫兵拥入院中，他们手执棍棒，一言不发，见东西就打、就翻、就抄。从一楼打到二楼，直把他的家闹了个底朝天，马寅初自己拿了一把椅子，守坐在他的一个绿色的铁皮保险柜前。一个红卫兵厉声喝道：“你坐在这里干什么!在保卫你保险柜里的四旧?”于是，保险柜被打开了，所有的东西都抢劫一空。马寅初吓出一身大汗，在床上大声喊叫。夫人王仲贞赶忙过来询问，才知道原来他是做了一个噩梦。
自从做了这场噩梦以后，马寅初就毅然做出决定：与其等着让别人来抄家破四旧，还不如自己动手为好。“现在我向大家说一件事情，”一天早饭后，马寅初让家里人都来到客厅说：“近来我一直反复思考，但又犹豫不决的一件事情，现在终于决定了下来。这样做，虽然十分可惜，又非常痛苦；但不这样做，又有什么办法呢?今天，你们大家都不要出去，也不要去干别的事情，我们全家自己动手来破‘四旧……”
于是，多年来，国内外的朋友送给马寅初的各种各样的花瓶、瓷器和玉器制品被摔碎，当作垃圾处理了，家中的许多皮鞋以及款式新颖的衣服均被锯掉鞋底和剪成碎片，送进锅炉炉膛烧掉了。
马寅初的那个绿色保险柜也被打开，里边珍藏着毛泽东、周恩来、陈云等党和国家领导人给他的亲笔信件，何香凝等许多著名书画家赠送给他的字画，还有他多年积累的有关中国和世界的许多经济方面的珍贵资料，等等，等等，都被拿去送进炉膛；他的那部用数年心血研究并写成的近百万字的《农书》，那个由10卷手稿堆放满的藤箱子，也被抬到锅炉房，一卷一卷送进炉膛化成了灰烬。
一天，马寅初居住地区的派出所所长来到马寅初家里，高兴地对他说：“马老，我告诉你一个好消息，周总理指示，你的住宅不准任何人侵入、抄家，你的住宅受到我们的保护，以后家里如遇有事，可以及时告诉我们。”
由于周总理的关怀，在“文化大革命”中，马寅初的家免遭了查抄和浩劫，马寅初本人也未受到大规模的批斗和皮肉之苦。但那些化作灰烬的信件、字画、资料，连同他的《农书》手稿，成了他永久的遗憾!