庐山会议之后，主持军委工作的第一副主席彭德怀，总参谋长黄克诚，副总参谋长邓华，总后勤部部长洪学智下台。
彭德怀
1959年8月，党的中央政治局扩大会议和八届八中全会在庐山召开。会议决定由林彪担任军委第一副主席，贺龙为第二副主席，聂荣臻为第三副主席。林彪主持军委日常工作，罗瑞卿为军委秘书长。
对于新军委各总部领导人选的提出，有个酝酿过程，后来总理曾说到毛主席曾对他说：“你对军队的干部比较熟悉，找些什么人到军委办事，你去物色一下，林彪身体不太好，让他休息几天。”
对总参谋长的人选，总理在同毛主席交谈时曾提到许光达和刘亚楼。
毛主席说：“刘亚楼能力可以，但作风有些霸道，除他们二人之外，还可以考虑其他人。”实际上主席对这两个人选并不认可。
周总理又去找了罗荣桓元帅，交谈了物色总参谋长，总后勤部长的人选问题。
罗帅是一个公心很大的人，他提出了一个建议：搞五湖四海，削平山头，又照顾山头。虽然反掉了彭、黄，但最好能维持原来任职的历史情况，即总参谋长，最好是三军团的同志或者是二方面军的同志；后勤部长，要选四方面军的同志。”
罗帅提出的总参谋长的人选是：许光达、萧劲光；总后勤部长的人选是：王新亭、王宏坤。
总理对罗帅的意见不做肯定和否定的表态，只是说明他们是两个人交换意见。
周总理是个很周到细致的人，他随时把物色人选的情况向林彪通气，并和林彪交换意见。
林总提出由罗瑞卿担任总参谋长，总理虽感到意外但又表示同意，周总理提出邱会作担任总后部长，林彪也是很赞同。
林彪
林总说这样的大事只有主席才能决定，为此他们一起向主席汇报，当时包括中央的常委刘少奇、邓小平同志都在座，对林彪的建议他们都同意。
毛主席听完汇报笑着对他们说：“你们很会选人，罗是个干将，此人只有林彪同志才能想得到。不过罗这个人浑身是刺，你不怕刺到你身上？你不怕他霸道呀？”
罗瑞卿
其实，主席虽是说得比较风趣幽默，但潜台词是有些不愿意罗当总参谋长，但为了支持林彪工作也表态同意。
“邱会作虽年轻，但能办事。总理最了解，此人在年轻的时候是一个不错的人，多年不见了，现在的情况怎么样就不清楚了。”
周总理说：“罗瑞卿在公安部工作10年了，在各方面都很好，同干部和群众的关系也搞得不错。邱会作刚40岁出头是一个年轻人，他本人也有一定的组织能力，红军东征的时候他就跟我搞后勤，工作劲头十足，他当总后部长是一个比较理想的人物。”
毛主席又说：“在战争年代，我和恩来是分别担任‘总参谋长’和‘总后勤部长'的。不打仗了，对军队的事，总理过问不少。他挨了彭德怀的骂也不少，因为他们只会向总理要钱，要东西。选罗瑞卿、邱会作到军委办事是合适的，我赞成。大家要没有不同意见就定下来了吧。”
罗瑞卿从1959年开始相继担任中央军委总参谋长、秘书长，直至1965年12月的上海会议被撤职。
1975年8月，罗瑞卿恢复工作，任中共中央军委顾问。
1977年8月，罗瑞卿复任中央军委常委和秘书长。
1978年7月15日，罗瑞卿赴联邦德国海德堡骨科大学医院治疗腿疾，8月3日，手术后因突发心肌梗塞逝世，享年72岁。
邱会作从1959年10月任总后勤部部长，1968年7月任副总参谋长兼总后勤部部长，后任中共九届中央政治局委员，达到了其政治生涯的顶峰。
毛泽东和周恩来都曾说过：“邱会作是历来最好的总后勤部部长”。
直至1971年林彪“9.13”事件后撤职叛刑16年。