1959年，军委扩大会议上，受林彪的影响，黄永胜写了一个《关于邓华同志问题的小结》，将矛头直指邓华。邓华承认自己犯了错误，但反对毛主席这一条他是坚决不认的。
邓华表示，他从井冈山到中央苏区，再到长征，一路下来，他是党和毛主席培养下成长起来的。就是把他烧成灰，也不能说他反对毛主席。黄永胜才不管这些，他的目的就是报复。黄永胜一直对9年前邓华取代他任第13兵团司令员而耿耿于怀。
会议的最后一天，突然宣布撤销邓华党内外的一切职务。同时，免去了他副总参谋长和沈阳军区的职务。同年8月，总政负责干部工作的徐立清找到陈锡联，说准备变动他的工作，让他去东北。
不久，林彪找陈锡联谈话，说中央已经确定，要调他到沈阳军区当司令员。陈锡联听后，表示服从组织的安排。10月中旬，陈锡联离开炮兵到沈阳赴任。
那时，邓华回到沈阳军区。军委派了一个批判邓华的三人领导小组，前往军区继续揭发批判邓华。陈锡联刚上任，他的秘书就提醒他，让他在会上表个态，重点批判一下邓华。
陈锡联听后，呵斥秘书：“胡闹！”陈锡联不忍做落井下石的行为，在大会上他并未提及邓华。只是说，有决心和赖传珠政委一起带好部队，完成党中央和军委赋予的各项工作任务。
11月，邓华举家去了北京，住在了招待所，等待上级分配工作。离开沈阳前，邓华收拾行李，他把一些重要的物品都列好了一份清单。除了望远镜、地图外，关键是有两把手枪。
说起来，这两把手枪都是有来历的。一把是也门王子送给他的；另一把是苏联军方赠给他的，上面还刻着“邓华”的名字。虽然手枪都是普通的款式，但其中包含的故事让邓华难忘。
赖传珠看过清单后，批示“同意”。就这样，邓华带着行李，以及两把有着特殊意义的手枪去了北京。12月，邓华接到了转业通知。他的心里憋着一股气，两天两夜不说话。
邓华一直在部队生活，突然让他转到地方工作，他是很不情愿的。这种负面情绪很快被上报到中央，毛主席得知后，派罗瑞卿前去做邓华的思想工作。罗瑞卿对邓华说，毛主席的意思是，让他不要抬不起头，不要消极。
邓华让罗瑞卿转告毛主席，他决不会消极，一定按照主席的指示去办。虽然是这么说，但邓华的心头还是有股气。1960年5月，邓华接到通知，让他到四川省当副省长，主管农业机械。
到了四川后，邓华把原来穿过的那些多年的黄军装都找了出来，他让家人把军装全部拿到洗染店里，一起染成黑色，连帽子都染了。邓华的孩子邓穗回忆说：“多年打仗时出生入死，到了和平年代就把你撸下来，弄到四川当一个分管农机的副省长，你说这人气不都气死了？”
尽管邓华不服气，但来到四川以后，他还是选择了尽自己之所能，为老百姓做事。他不仅没有当甩手掌柜，还买了大量相关知识的书籍，走遍了四川的各大县城，开始了全新的工作。
邓华在四川一干就是17年。“林彪事件”后，老帅们提议让邓华回部队工作。1975年，任四川省委第一书记的赵紫阳，听到北京的消息，说考虑要邓华回部队工作。2年后，邓华重新回到军队，出任军事科学院副院长。
1980年5月，邓华获平反。同年7月3日，邓华病逝。