关于清帝国和沙皇俄国之间的较量，其实从1652年顺治九年就开始了，只不过一直到1683年康熙二十二年时，双方之间的冲突才彻底进入白热化阶段。于沙俄来说，黑龙江流域资源丰富、土地肥沃，是个不占白不占的地方。对于大清而言，沙俄在东北的威胁，将会破坏喀尔喀蒙古在准格尔汗国同自己之间的平衡，进而可能会使大清丧失整个北方的地区而最后落得南明一样的下场。
不过也是因为前几次的清军规模过小，致使沙俄方面的指挥托尔布津并没有太重视雅克萨城的防御工事建设，因此当第一次雅克萨之战爆发时，清军很快便以绝对的人数优势和火力优势击溃了俄军，并拆毁了雅克萨城。取胜的康熙皇帝得意洋洋，自大地认为俄国人已经没有胆量卷土重来，故而也就没有留下驻防军队。
而俄军也确实是贼心不死，从6月29日到8月7日，仅仅过了四十天的时间，托尔布津便带着671名哥萨克以及老兵拜顿奔赴雅克萨旧址，在确保不会有清军的威胁之后，拜顿和快便带人在旧址上建立起了一座新的城堡。而正是这个城堡，差点让萨布素的清军怀疑人生。
简单的低配棱堡
从确切的学术层面上来讲，矗立在黑龙江边上的新雅克萨城并不能称为棱堡。从定义上来看棱堡是一种凹多边形防御建筑，并且拥有标志性可以缓冲火炮设计的斜坡。而拜顿主持建设的新雅克萨城是在一个四方城的基础上将四个直角边进行了简单的多边形改造，使之可以形成一定的交叉火力进而强化防御。严格意义上说，新雅克萨城虽不是标准的棱堡，但实实在在是一座坚固的炮塞，仅是这一点就足够让清军头疼。
此外，在筑城技术上，拜顿采用了复杂的草灰、黏土和树根混合材料作为基础建材。考虑到清军会有大量的火炮支持，拜顿将墙体设计成了5米高、7米厚的坚城。虽然该城不具有缓冲炮弹的斜面墙，但厚实的墙体已经足够阻挡当时东亚最大口径的火炮轰击了。
而且在吸取了第一次雅克萨之战的教训后，这次俄军带来了12门火炮，100支火绳枪以及750支燧发枪，140颗炸弹，可以说是有了充足的火力保障。之后从上游的尼布楚又陆续赶来155人，到1686年2月，雅克萨城内的俄军已经累积到826人。
不尽人意的准备
事实上，俄军并不想直接和清军发生冲突，比在远东起同大帝国直接动武，他们更乐衷于欺负土著并同化控制他们。三月，一支300人的哥萨克收税小队在劫掠时碰上了一支40人的清军巡逻小队。在短暂的交火后，清军战死30人，被俘1人，其余9人逃跑。
闻讯的康熙皇帝勃然大怒，即刻下令萨布素召集人马彻底消灭雅克萨的俄国人，还一度派出使者联络喀尔喀蒙古，要求他们骚扰尼布楚到雅克萨的沿途，断绝俄方对雅克萨的支援。
一直到1686年6月底，萨布素终于集结起一支2200人的队伍，水陆并进，奔赴雅克萨。
虽然清军的数量仍然优于俄军，但是相比于第一次雅克萨之战，清军的数量被砍去了近1|3，火炮方面也由第一次的43门减为21门。相比于俄军的准备充分，清军的这次行动可谓是有些草率。
可是纵有千般困难，也不过皇命不可违。清军终是要不顾一切夺下雅克萨城的，毕竟这真的是一个牵一发而动全身的地方。
失败的攻城战
虽然，从明末开始，中国人便已经接触过棱堡这类防御型堡垒，可是始终缺少与之相对的实战经验。就在二十多年前，郑成功也是如出一辙地在荷兰人的棱堡前认了栽。而如今，历史再次重演，虽然拥有着绝对的兵力优势，可是根据中俄双方的文献记载来看，在战争最开始的几周里，清军一次又一次的进攻全都无例外的被俄军击退。
1686年7月23日，清军将领郎坦对俄军炮塞发起进攻，他先是在北面以红衣大炮佯攻城墙，随后派人从南面突击城门，结果被城内的俄军以火枪火炮无死角射击击退。在清军撤退之际，俄军趁机出击，在击毙一百五十多名清军的同时，还抓住了几个俘虏。而在此过程中，俄军仅损失二十一人。
不过小小的失败并没有打消清军进攻的气焰，很快郎坦便再次发起进攻，当然结果也是与上次雷同的。
在意识到强攻无望后，清军转而采用炮击战术，使21门火炮昼夜不停地向城内轰击，但因为此次清军火炮最高磅数也不过10磅上下，攻坚能力可谓非常薄弱，故而“城墙屹立，不动分毫”。
7月27日，郎坦试图将俄军诱出城围歼，便在河岸制作攻城器械。待清军完工撤退后，俄军果然借着雾天过来偷塔，正好落入清军的伏击圈。清军总算是扳回一城，但俄军也吃一堑长一智，自此拒不出战，双方再次陷入僵局。
为了打破僵局，郎坦又一次携炮强攻，却在建好每一个炮位时都会被俄军击毁。因为缺少针对棱堡的作战技巧，清军在进攻时几乎完全陷入被动，全然不知道如何建设炮位对俄军城堡实施有效打击，也不知道如何在城下安全保命。
不是办法的办法
一个月过去了，清军的行动毫无进展，郎坦苦思冥想后发现了俄军的一个弱点——城堡的水源在外面。于是乎他不顾一切地占据了俄军的取水地，并开始组织修建一道土墙，来隔绝俄军和水源。
果不其然，在面对水源被封锁的威胁后，俄军主动出击，与清军激战了四天四夜，最终寡不敌众，被清军逼回城内。
随后郎坦开始加速了围剿土墙的建设，根据俄军的记录，郎坦的反防御炮垒高有11米左右，与土墙相连，到最后清军共建立起三道土墙，将雅克萨城团团包围。土墙与炮垒相连，每个炮垒上安置三门大炮。为了防止俄军直接通过城下的河流取水，清军在河流之路形成的小岛上也建立起了一座传统风格的中式要塞，并将炮口直指城内。
就这样，好似官渡之战中的袁绍做法一样，清军以炮垒居高临下，昼夜不停地对城内开炮，并断绝城内水源，试图逼死俄军或迫使俄军出城迎战。
到十一月为止，原本城内精壮的八百多个士兵已经锐减到仅剩不到一百五十个，包括指挥官托尔布津也惨遭击毙。
不过城外的清军也没有好到哪里去，寒冷的气候以及困难重重的补给线使得清军战士也一个个倒下，通过被俄军俘获的清军士兵描述，清军的数量已经由原本的两千多人锐减到一千人左右，可以说也是死了一大半。
可以说双方都到了崩溃的临界点，就开谁先撑不住了。然而就在这时，来自北京的命令却传到了清军营地里——莫斯科方面求和了。原因很简单，俄罗斯要和土耳其在黑海沿岸开战，如果此时同大清两线作战，那自己很可能全线崩溃。
清朝方面能同意的原因也很简单，康熙要对准格尔汗国用兵，而此时和俄军作对无疑是给葛尔丹送盟友。就这样带着各自的私心，中俄双方终于达成了和解，雅克萨之战结束。
按照我们的课本来讲，结局是清军赢了，因为俄国人被赶走，雅克萨被收回，清国捍卫了自己在黑龙江流域的主权。但从战争结果来看，清军并未取得第一次雅克萨之战那样辉煌的战果，相反则是损失惨重。但我们也没法说俄军就此胜利，毕竟他们也到了强弩之末，最后谁先服软，这个还真不好说，姑且只能称之为平手。
可是不管怎么说，这一站都展示了棱堡式建筑对东亚战场的优势，逼迫毫无经验的清军要以更加费时费力的方式展开围城战，才能不落下风。此后清军比没有意识到这种新式堡垒的优越性进而学习采纳，这是非常悲哀的一点，也可以算是古代军事史上的一大遗憾了。
这场龙与熊的碰创，是清国尊严的胜利，却也是欧式棱堡的胜利。