1937年7月7日，卢沟桥事变爆发后，日军开启了全面侵华战。8月20日，国民政府随即颁布对日作战指导方案，决定将全国划分为五个战区，苏北及山东省被划分为第五战区。而此时时任第五战区副司令员韩复榘却与蒋介石矛盾重重。首先韩复榘在蒋介石任命第五战区指挥官上，就心存不满，因为在他心里，第五战区司令员非他莫属，他主政山东多年，而且一直尽心跟随蒋介石。然而蒋介石却任命李宗仁为司令，他却身居副司令。这使他心里很是不服，他认为，自己死心塌地跟随蒋介石，却不如一个曾经发动反蒋大战的李宗仁。
在日军攻打德州时，他率部队抗击日军，损失惨重，加之蒋介石事先承诺的经济支援几乎是一纸空文。在日军来犯之时，蒋介石又把他所属重炮旅调往汤恩伯部。这使韩复榘心中对蒋介石的做法大为不满，随即产生保存实力的做法。这也彻底激发了韩蒋之间的矛盾。
1937年冬，日军攻陷南京，南京失守后，日军华北司令官官寺寿一奉命强渡黄河，准备攻占山东济南。面对日军的步步紧逼，加之大战之际，由于蒋介石对他的不信任，把事先许诺调拨给他的重炮旅，却调拨给了汤恩伯部。这使韩复榘产生了弃战心理，他为了保存自己的势力，撤出济南，主动放弃黄河泰山的天险。几日之内便放弃了原本可以坚守数周的黄河防线。
在他撤离济南时，韩复榘下令以“焦土抗战”为名，放纵手下士兵在济南城内大肆焚烧抢劫。致使日军未到之前，城内已经混乱不堪，而且韩复榘还给各县下达征收救国捐，如果限定日期内不能上缴，就拿县长是问。各县长得到命令后，不敢违抗韩复榘的命令，随即向百姓强行勒索，有的百姓拿不出，甚至被逼无奈选择跳河和上吊，一时民众叫苦连天。各大银行，公司在韩复榘的纵容下，被士兵洗劫一空，所得钱财都被装车运往河南。就在撤离济南的头一天，他下令焚烧政府，兵工厂等建筑，曾经繁华的济南城内，浓烟滚滚，火光冲天。
撤出济南后，李宗仁紧急发电，命令韩复榘一定要死守泰安，接到急电的韩复榘回复道：“蒋有百万军队，装备一应俱全，不死守南京，何守泰安”。接到回电的李宗仁大怒，随即把电文转发给了蒋介石，并痛斥韩复榘不听指挥。此时韩复榘正欲联合四川的刘湘，企图共同发动反蒋运动。蒋介石得到李宗仁的电报，还有得知韩复榘近日的举动，使蒋介石下定决心要肃清韩复榘。
因韩复榘不战而退，日军接连攻占济南，紧接着泰安，济宁，青岛一一失守。致使山东战事急剧地恶化。
蒋介石紧急召见何应钦、白崇禧、陈诚等会谈，商定诱捕韩复榘。会后蒋介石电令李宗仁召集第五战区将领到徐州开会，韩复榘随即抵达徐州，但大会尚未结束，蒋介石又电令，凡是第一和第五战区将领1月11日到河南开封召开联席会。此时的韩复榘已经有所犹豫，因为此前他屡屡抗命，致使山东失守，害怕蒋介石问罪于他。在此次前往开封时，韩复榘携带自己心腹孙桐萱等人，并携带一个营的卫队，以备蒋介石设计抓捕自己。
1月11日下午7时，韩复榘准时到达会议现场，会议现场守卫森严，经过层层的检查，韩复榘所带心腹不仅被留在会场之外，并且随身所带的武器，也被卫兵以保管之名给搜查走了。此时的韩复榘已经心生疑虑，可是现在的他已经深入会场内部，况且所带卫兵心腹都已经被留在了外面，他只能硬着头皮往里面走。当他到达会议现场时，发现身边坐的正是有逃跑将军之称的刘峙，这才使他有所放松。
会议由蒋介石亲自主持。蒋介石一脸严肃，目光直逼韩复榘，直接就说：“韩复榘，违抗命令，一枪不发，致使山东失守。这个责任由谁来负？”
韩复榘一听，没想到，会议刚开始，蒋介石一下就把矛头指向了自己。他听后怒火中烧，拍桌而起，大声的对蒋介石说到：“山东失守我来负责，那么南京失守谁来负责？”蒋介石听后，一下站了起来，怒吼到：“现在讲的是山东问题，不是南京。”
此时韩复榘正要反驳，他旁边的刘峙起身说到：“韩主席，现在委员长正在冒火，你先去我那休息一下。”说着，就拉着韩复榘向会议室外走去。院子里早已准备好一辆汽车，正在生气的韩复榘，现在已经失去怀疑的心境，没有多考虑，就上了车。上车的韩复榘马上发现情况不对，此时为时已晚，等在车里的两个人迅速控制了他，其中一个人掏出一张逮捕令，再看看车外笑嘻嘻的刘峙，韩复榘这才恍然大悟，车子启动后，直奔火车站到达火车站后，两个特务把韩复榘押到车上，火车直奔武昌而去。
来到武昌，韩复榘被软禁在一座二层小楼中。在被软禁7天之后，韩复榘被押送到临时组成的军事法庭，接受审理，会审中，列举了韩复榘在撤退济南时的种种罪行，但会审中韩复榘一句话也不说，致使审判毫无结果。一天晚上，一个特务来到他的房间，说审判长要和他谈话，韩复榘信以为真，跟随特务下楼，走到一半时，看到楼下荷枪实弹的卫兵，他发现情况不对，决定返回楼上，设法脱身，就在他回身的一刹那，身后的特务就对着他的头开了一枪，紧接着身后也响起了枪声，韩复榘应声倒下。结果他头部中两枪，身上中五枪，这年是韩复榘本命年，他正好48岁。