在物理世界的宏大图景中，量子力学揭示出一个基本的“不确定性原理”。
这一原则是自然界固有的规则，它确定了测量的精度极限。与测量装置无关，这一原则意味着任何对一个系统的测量操作，都会不可避免地干扰到系统本身，导致测量结果出现“不精确”的现象——当你观察它时，你的观察行为本身就改变了系统的状态，进而导致观察结果的不确定性。一切都转化为“观察到的现象”。
在科学的长河中，没有哪个理论能像量子力学一样，引发了如此深远的哲学思考，自其诞生以来直至今日，在其惊人的应用前景中，它始终伴随着激烈的哲学辩论。
对于人类来说，朴素的实在论——这种与我们日常生活经验紧密相连的自然观念，仿佛是生物的本能反应。但在科学领域，科学家们常常需要面对超出日常经验的奇异现象，他们必须依靠抽象的理论才能对所观察的现象作出合理的解释。是理论赋予现象意义，而非从现象中直接归纳出理论。这样，实在论的客观性问题就变得复杂多变，关于观察者之外是否存在一个独立于观察的客观世界，成为一个无法回避的议题。
在量子力学出现之前，科学家们普遍持有两个基本的信念：一是自然现象的发生都有其原因和规律，相同的实验条件总会导致相同的实验结果，这是决定论的因果观念；二是科学理论是对现象背后客观世界规律的揭示，科学的目标在于掌握这些规律并作出预测。
然而，量子力学的出现，从根本上对这两个信念提出了质疑。正如波恩所言：“从量子力学的角度来看，对于任何一个具体的情况，不存在一个可以用来确定碰撞结果的量；但我们同样没有实验证据去相信，原子拥有某种内部特性，足以要求一个确定的碰撞结果……我个人倾向于放弃原子领域的决定论。但这是哲学问题，仅靠物理论证无法作出定论。”
如果物理学家全盘接受量子力学波函数的统计诠释，这就意味着科学预言的确定性被削弱，“就像占卜者一般，我们只能说出一些含糊其辞的话，使得科学变成一个追求不确定性的事业。”反过来，如果我们认为量子力学真实地描绘了现象背后的世界，那么这个世界的神秘性质令人难以置信。反之，若认为量子力学并未描绘现象背后的世界，那么这将彻底颠覆科学家长久以来坚守的科研传统，这正是量子力学带来的哲学困惑之一。
另一个困惑源于量子测量问题。测量结果的概率是数学概念而非物理事实，是测量过程中主客体互动的综合反映，量子力学探讨的正是主客体之间的相互关系和作用。在量子测量中，主客体的界限变得模糊，量子力学不再是纯粹客观的，它还包含了主观的因素。“量子力学的建立，是以放弃对物理现象的客观诠释，以及放弃我们分辨观察者与被观察者的能力为代价的”
量子力学提醒我们，基于日常经验的理解力，我们无法领悟那些根本无法体验的微观世界。量子领域本质上充满随机性，是一个整体性的存在。微观粒子是抽象空间的实体，其演变遵循的是统计性的因果规律。
与此同时，量子力学似乎还告诉我们，物质的真实性存在于观察行为之中，不存在与我们的精神世界并行的独立客观世界。我们所描绘的物质世界，实际上是依赖于我们的精神世界而存在的。量子之间的超距作用，是生命个体意识活动的体现，世界的真实性根植于个体生命的感知与理解之中。