按照小说的整体设定，《红楼梦》的创作来源，是通灵宝玉经历并记载的一段富贵兴衰。整部小说，通灵宝玉都贯穿其中，其重要性自然不言而喻。
而小说中的通灵宝玉，是由女娲石幻化而来，在小说一开篇，相当于《楔子》的位置，作者化用改编了一段女娲补天的故事，原文道：
“女娲氏炼石补天之时，于大荒山无稽崖炼成高经十二丈、方经二十四丈、顽石三万六千五百零一块。娲皇氏只用了三万六千五百块，只单单的剩了一块未用，便弃在此山青埂峰下。谁知此石自经锻炼之后，灵性已通，因见众石俱得补天，独自己无材不堪入选，遂自怨自叹，日夜悲号惭愧。”
很多人认为，这只是作者心口胡诌的一段而已，除了抒发自己的怀才不遇之情，似乎没有什么特殊的含义。
然而，通篇小说读下来，丝毫看不到作者有因怀才不遇而愤懑的意思，那作者为什么还要这样写呢？
而且，通灵宝玉贯穿于整部小说，这与女娲石又有什么关系呢？
事实上，如果我们搞不懂通灵宝玉的意义，那作者前面所杜撰女娲补天的故事就是可有可无的，我们完全可以用东胜神洲傲来国上的那块灵石来取代它，而对整部小说不会有任何的影响。
想要搞清楚女娲石的含义，就要先弄清楚这块女娲石的来历，《淮南子·览冥训》记载：
“往古之时，四极废，九州裂，天不兼覆，地不周载，火爁炎而不灭，水浩洋而不息，猛兽食颛民，鸷鸟攫老弱。于是女娲炼五色石以补苍天，断鳌足以立四极，杀黑龙以济冀州，积芦灰以止淫水。苍天补，四极正，淫水涸，冀州平，狡虫死，颛民生。”
从神话传说的大背景上来说，这首先讲的是一个“与天斗”的故事，天道有缺，四极不正，颛民不安，所以女娲才要炼五色石来补天。
如果放到作者所在的历史背景之下，则引用这一传说的矛头则直指当朝，十分隐晦却又不容质疑的指责了当时的皇帝，按照我们的考证这个皇帝就是雍正。
这是其中的一层意思。
另一层意思，传说中的女娲石为“五色石”，而其真正的颜色应该是以红色为底色，周身覆有五彩纹饰。
晋人邓德明《南康记》一书，有对女娲石的色彩外观描述，曰：“山石红丹，赫若彩绘”。
而由女娲石所幻化成的通灵玉，也是一块红色的玉，周遭覆以五彩纹饰，可以说是一个迷你版的女娲石。贾宝玉的名字也是从这里来的，因为通灵玉只是一个缩小了的女娲石而已，它本质上还是一块石头，所以叫作“假宝玉”。
女娲石有“高经十二丈、方经二十四丈”，根据脂砚斋的批语，分别照应正十二钗和副二十四钗。
金陵十二钗的总数虽然不止三十六个，但是贾宝玉在太虚幻境看到的名册，就只有正册、副册、又副册，所以正十二钗加上副二十四钗，就可以代表整个金陵十二钗。
也就是说，女娲石照应整个金陵十二钗，又或者说，女娲石就相当于整个金陵十二钗。
之所以会这样，是因为不管女娲石还是通灵玉，从外观上来看都是一块红玉。
而金陵十二钗的诸多女子，都是绛珠仙草的众多化身之一而已，根据脂砚斋的批语，“绛”字点红，“玉”则直通，所以绛珠仙草就是红玉。
也就是说，女娲石、通灵宝玉、红玉、林黛玉、金陵十二钗其实都是一回事。
这诸多元素背后所隐射的其实都是同一个人，此人的乳名叫作“红玉”，大名叫作“香玉”，是曹雪芹一生挚爱之人。
所以，小说中的通灵宝玉之所以和贾宝玉形影不离、休戚与共，是因为通灵宝玉就是林黛玉——即“香玉”的化身。
而小说中贾宝玉的前身为赤瑕宫神瑛侍者，“赤”就是红，“瑕”能拆出一个玉字来，“赤瑕宫”其实就相当于红玉宫。
而所谓的“神瑛侍者”，其实就是神玉侍者，这里的“玉”指的自然是通灵宝玉，也就是红玉、“香玉”、林黛玉。
作者自诩为红玉宫神玉的侍者，实际上就是把守护“香玉”作为毕生夙愿，作者的字字血泪也就是从这里来的。