1937年，卢沟桥事变后，马本斋在家乡组织了回民抗日义勇队。不久后，马本斋便加入了河北游击军，编为冀中回民教导队。
不久后，马本斋向中共党组织提出了入党申请。
在他的入党申请书中，马本斋真诚地写道：“我甘心情愿把我的一切献给伟大的中国共产党，献给为回族解放和整个中华民族的解放而奋斗的伟业。”
1938年10月，在党组织的批准下，马本斋成为了一名光荣的中国共产党党员。
在后来的战斗岁月里，马本斋认真地践行着他的入党誓言。虽然他是一个回民，但却没有任何特殊的想法，时刻按照党组织的要求，为抗日默默地做着贡献。
1939年，马本斋带领的回民教导总队，被改编为八路军第三纵队回民支队，并由他担任了司令员。
1940 年5月，在康庄战斗中，马本斋将游击战争运用的非常娴熟，采用了伏击手段，仅用了40分钟时间，便歼灭了日伪军150余人，而自己却无一伤亡，受到了冀中军区的表扬。
不久后，马本斋带领的回民支队，被授予“能征善战的回民支队”的锦旗。
不过，最令马本斋高兴的，还是毛主席给他们的题词。在这份题词里，毛主席用他特有的毛体字，写了一句人人都看得懂的，但令人精神振奋的话：“百战百胜的回民支队。”
在马本斋看来，这是党中央、毛主席对回民支队工作的高度肯定。
此后，在抗日的战场上，马本斋带领英勇的回民支队，进行了大小战斗八百七十余次，歼灭日伪军近三万八千人，给了日寇以沉重的打击。
然而，在战斗的过程中，马本斋的身体却受到了病魔的侵袭。想到不能再为抗日事业贡献自己的力量，马本斋非常难过。
人们想不到的是，赫赫有名的回民支队司令员，曾经却在大军阀张作霖手下担任过团长。
马本斋，出生于河北献县的一个回族贫苦农民家庭。在上学的时候，马本斋曾经使用过另外的一个名字，叫做马守清。
1919年，为了生活，马本斋曾跟随父亲到张家口炸油条，只为赚取微薄的生活之资。后来，马本斋又来到内蒙古，给人家放过马。
1921年，在朋友的介绍下，马本斋加入了东北军张宗昌的部队，成为了军阀张作霖部队中的一员。
后来，由于作战勇敢，马本斋被选入东北讲武堂学习。期间，马本斋非常刻苦。毕业后，马本斋先后任连长、营长、副团长、团长。
1928年，张宗昌被蒋介石的北伐军击败。东北易帜后，马本斋被任命为国民革命军暂编第一军第二十一师第四团团长。
1932年，蒋介石命令马本斋所在的部队前往南方“剿共”。对此，马本斋实在不愿，便选择了弃官回乡。直到卢沟桥事变后，马本斋才再次选择了军旅生涯，为抗日而战斗。
1944年1月。马本斋接到了上级发来的命令，要求回民支队到延安执行任务。
在临行前，马本斋抱病给回民支队的战友们做了最后一次动员。期间，马本斋用期待的目光，看着战士们说：“要跟着党，跟着毛主席，抗战到底！”
2月7日，马本斋在山东莘县病逝，年仅43 岁。
得知马本斋病逝的消息后，毛主席怀着悲痛的心情，为他写了一幅挽联。
在这幅挽联中，毛主席写道：“马本斋同志不死！”