渡河东征
在中央红军抵达陕北并站稳脚跟后，眼前的问题便是下一步该如何行动。对于这个问题，不少同志都有自己的想法。有的人主张往北，可以更方便与苏联沟通，有的人主张往南，跟敌西北军、东北军作战。
由于当时我党正在通过各种方式与西北、东北军接触，不宜跟他们产生冲突。
为此经过党中央的商讨，便决定渡河东征打通抗日路线。耿飚将军由于之前作战负伤，还一直在休养中，不过在听到渡河东征的决定，便立刻激动起来，为此便寻找医生看看自己身体是否恢复。医生看着耿飚的伤口，便直接说道：“你的危险期还没过，是不能够出院的。”
不过耿飚将军的脾气比较倔，医生也是拦不住，便认真地叮嘱：“千万要小心，按时吃药。”随着部队组建完成，耿飚在红一师担任参谋长，全师共3000人，陈赓担任师长，大家都熟悉，配合起来也相当默契。
陈赓将军喜欢开玩笑，在看到耿飚将军后，便调笑道：“看看，参谋长怎么把绑腿打到脖子上了，有趣，有趣。”还没等大家笑完便又说道：“参谋长，我告诉你个秘方，绝对能让你伤口快速愈合。”耿飚回忆说，当时陈赓将军的方法，是让自己睡土炕。
为能够成功渡过黄河，耿飚和杨得志同志负责侦查敌情，寻找渡河工具。经过大家讨论，最终决定用羊皮筏子渡河。随着作战命令的下达，耿飚便指挥部队第一批渡过黄河，登上陆地。不久之后敌人也发现我方踪迹，两方直接交手进行火力射击，想要压制对方。
随着我方部队的陆续登岸，敌方便慢慢被压制，最终我军成功占领三交镇。这次渡江作战任务，也完满完成。
红大学习
为能更好地在抗日战争上发挥，耿飚将军等人便被调入到红军大学中进行学习。不过当时红军大学条件比较简陋，大家也不在意，都投身于学习中，很珍惜这次机会。刘伯承在三大主力会师后，也会来学校跟大家一起探讨革命，或者是聊天。
有一次在聊天当中，刘伯承便说道：“你们这些“神仙”，天天吃素，全打光棍，有机会得赶快找老婆了。”耿飚将军说大家都在闹革命，没有那个心思，全都等着革命成功后再说。有的同志便嚷嚷道：“刘指挥，讲讲你的恋爱史。”
刘伯承听后笑着说，你们这要自己处对象，光听别人的有什么用。反正我只能告诉你们三点，第一要找人，第二要找活人，第三则得是个女人。大家听后也是哈哈大笑，不过刘伯承却很严肃并且说，你们自己想想，我说得很有道理嘛。
在红大学习的日子，还是很快乐的，既能见到许多老战友，又能学习知识。耿飚说在学校里面，最有意思的便是文化活动，各级别的指挥员都有才艺，非常有趣。后来随着四方面军到达陕北后，中央便决定将耿飚调到四方面军担任参谋长。
尽管当时耿飚想留在红一军，不过还是决定听从命令，前往红四军任职。
援助西路军
西安事件和平解决后，耿飚将军所在的红四军正在西安周边地区布防，随时准备迎接国民党部队的进攻。由于我方准备完善，国民党何应钦也不敢乱动，大家暂时相安无事。在这段时间里面，大家都很担心西路军，不知道他们是什么情况。
不过随着得知西路军失利的消息后，耿飚将军很着急，一方面是这支部队是主力部队，另一方面则是有很多老战友在其中任职。不过没有中央的命令，耿飚将军也无法做什么，只能心中祈祷。
后来党中央为能够解决西路军之危，便组建部队进行援助，当时耿飚所在的红四军也接到命令，加入到这次任务中。由于西北地区天气不好，大军行程缓慢，就在大家苦恼时，接到中央命令停止前进，原来西路军已经兵败祁连山！
在得知这消息后，耿飚便带领部队，准备接应流散各方的同志。沿途建立收容站，并且向百姓宣传，如果遇到找红军的人，该怎么进行指挥。耿飚将军自己也骑着马寻找，在这个过程中，耿飚将军找到了徐向前、李聚奎同志。
当刘伯承在得知徐帅消息后，便立刻下令，让耿飚好好保护他的安全，派专人送过来。之后大家便又寻找到几百位西路军的同志，一起驻守在镇原。