1966年7月18日，毛泽东回到北京，江青一伙恶人先告状，向毛泽东谎报情况，给工作组扣上了种种罪行，引发了毛泽东对刘少奇和邓小平的强烈不满。
7月24、25日，毛泽东在接见中央各局书记和“中央文革小组”成员时，指责工作组在阻碍运动，并说：“工作组一不会斗，二不会改，捣了很多乱，起了坏作用，还要它干什么？”这句话，完全否定了政治局常委的决定。
刘少奇对于毛泽东的这些指责，思想上是不通的。这从他偶尔吐露的一些言语中就可以看出来，例如：
在7月24日毛泽东严厉批评工作组的小会上，刘少奇虽然表示坚决服从毛泽东的决定，但仍提出：“如果马上把全部工作组撤出来，肯定会引起混乱。”他还对身边的工作人员说：“我不理解，但我要跟上形势。”
1967年4月14日，刘少奇在回答红卫兵责问他“为什么要犯路线错误时”，他也坦率地说：“我现在也不知道为什么，也没有看到一篇能够完全说清楚为什么犯路线错误的文章，在八届十一中全会批判了我的错误之后，又有人犯了同类性质的错误，可见他们也不知道为什么。”
尽管刘少奇并不理解为什么派工作组就好像犯了滔天大罪，但在当时的形势下，他只能保留自己的意见，服从毛泽东的决定。因为他知道，如果他非要坚持自己的意见，势必会牵连一大批领导干部和工作组成员。
因此，任凭问题一再升级，刘少奇对所有的莫须有的指责，以及凶猛的批判都表示接受，并表示要一个人把所有错误的责任都承担起来。这是刘少奇的良苦用心，在当时的那种情况下，他只能用这种方式来保护干部，使其他同志尽量得到解脱。
在公开场合，刘少奇一再强调，工作组是中央决定派的，尽量为工作组成员开脱。1967年7月29日，她在人民大会堂万人大会上说：“派工作组是中央的决定，也是中央同意的。现在发现工作组这个方式不合乎当前运动的需要，中央才决定撤出工作组的。”
8月2日，刘少奇在北京建工学院辩论工作组问题的群众大会上说：“错误不能完全由工作组承担，中央和北京新市委也有责任，毕竟派工作组使中央同意的。”
在党内，刘少奇也反复强调派工作组的责任在他。8月1日，刘少奇在八届十一中全会开幕的头一天，就在大会上说：“最近主席不在家，中央的工作是我在主持。主席回来后，发现派工作组的方式不好，这个责任主要在我。”
八届十一中全会期间，毛泽东于8月5日写了《炮打司令部——我的一张大字报》。这以后，派工作组的问题彻底被升级为“司令部”的错误了。既然是“司令部”，就不再单指某一个人了，但刘少奇很明显不愿意牵连别人。
一再在会议休息时，当一位老同志坐到刘少奇身边，向他表示同情时，他为了避免横生枝节，当即对在场的人说：“错误与大家无关，我一个人负责，请大家放心。”
在当年10月的中央工作会议上，刘少奇正式向大会提出：“关于派工作组这个错误，应该由我来承担。第一个要对此负责任的，就是我刘少奇！”
随着运动的疯狂发展，对刘少奇的攻讦不断加码升级，1965 年10月中央工作会议之后，被扣上了诸多帽子和罪行。看到那些毫无根据的诬陷诽谤，眼见一 大批久经考验的老干部被安上“刘少奇代理人”这类莫须有的罪名纷纷打倒，刘少奇意识到林彪、江青之流根本不是在进行严肃的党内斗争，而是怀有不可告人的目的，在进行一场令人惊悚的阴谋夺权活动。尽管刘少奇已经无力扭转这种局面，但他还是想通过自己承担一切责任的方式，使广大干部得以解脱，使运动尽早结束。
1967年1月，刘少奇利用毛泽东召见的机会，提出了自己的两点要求：一，这次路线错误的责任在我，广大干部是好的，特别是许多老干部是党的宝贵财富，主要责任由我来承担，尽快把广大干部解放出来，使党少受损失；二，辞去国家主席、中央常委和《毛选》编委会主任职务，和妻子儿女去延安或老家种地，以便尽早结束“文革”运动，使国家少受损失。
但是，因为局势已经发展到了连毛泽东也无法控制的地步；而林彪、江青之流，则是醉翁之意不在酒，在他们篡夺最高权力的目的没有完全得逞之前，是绝不会鸣金收兵的。所以，刘少奇一次又一次地出来承担责任的良苦用心和不懈努力，自然没有能够起到应有的作用。