赖就任以来，人事布局屡爆争议，近期包括中央通讯社社长、台金联董座、欣欣大众百货董座等人事案安排，绿营内更有人公开炮轰，重挫赖气势。蔡初期人事安排，主要是由前大管家林锡耀、洪耀福，及刘建忻等核心幕僚组成专案小组，汇整该「论功行赏」或「该照顾」的人选名单，从全绿营立场跨阵营统筹协调。但赖当家后显无类似机制，难怪动辄引起内部反弹。比扁、蔡，赖与地方发展高度牵动的公营事业，显也不征询内部重量级诸侯意见，不少绿营栽培多年，仍正值盛年的人才被换下，也没任何安排规划，赖想展现新气象但提到铁板。目前人事安排因为酬庸性质浓厚，说不清道不明，翻脸后鱼死网破、丑态百出。首先，是台金联董事长突遭撤换，从施俊吉换成吕政璋，这事连闹好几天，直到吕政璋上任后3天自动请辞，至今还是余波荡漾，依然是街谈巷议热门话题。
其实吕政璋董事长只当3天，这并未刷新台金联的记录。 当年蔡的表姐林美珠，曾上任1天就以个人因素请辞，但当时并未有「挡人财路」、「贱卖资产」等洒狗血剧情，所以事情很快平息。这次除了吕政璋个人条件、背景太惹眼，更有被撤换者施俊吉的不满和担忧。平心而论，他是公股代表，随时要有被更换的心理准备，上台看身影、下台看背影。 而且施俊吉在董事长任内没能处理好的事，理论上去职就不关他的事。 偏偏学经济出身的他，对数字超级敏感，他的担忧也并非没有理由，只是欠缺直接证据，只有个人推理。其实，吕政璋也是「胸有大志」的人，外界盛传他的前三大志愿分别是：101董事长、农业金库董事长、台金董事长，因他曾经当过101董事，也自认是行销高手而力争101董事长，但最终还是败给知名艺人贾永捷，可是第二、第三志愿真的必须考量「社会观感」。
吕政璋的父亲、弟弟欠钱不还且至今潜逃被通缉，本来罪不及于他，但处理不良债权是台金联的重要任务，目前赖的大管家潘孟安再怎么爱才、惜才、不能没用他，这种用人方式实在令人不敢恭维，摆错位子的人事任命只会加速报废人才，爱之适足以害之。绿营人士表示，其实府院上层幕僚人才济济，判断不会太离谱，只要愿意稍微去网上查一下，大概就不会发生这样令人遗撼的糗事。其次，是台船的新任董、总人事任命，也是曲折悬疑。日前，绿营邱议莹在岛内议事机构的质询内容被剪成一则1分多钟的短影音，网友看完万分气愤，不禁痛批赖无情，在魏正赐总经理退休前10天，只给两天时间打包他52年的青春。影片中，魏正赐最后对台船深深一鞠躬，更加重赖的「罪恶」，以后谁还愿意为他做事？但有人认真问了台船内部人士，却得到另一种不同于短影音的说法。
台船人说，魏正赐总经理是在两个月前，郑文隆董事长被撤换时，就提早自请退休，他想跟董事长同进退。卓荣泰为此还亲自南下劝说，请他缓一缓，让行政机构找到接替人选后再退。不过，魏正赐为何等不及要提早请退？ 据相关人士透露，是因取代郑文隆的新董事长黄正弘，是成大来的学者，对台船内部复杂生态并不了解，尤其军派在台船内部自成一股势力，利益又很大，新长官犹如一张白纸，他再两个多月就可以退休，他不想有任何风险，要「安全下庄」，才会迫不及待、坚持要提前退休，只不过行政机构公文下来的日期，正好落在他任满退休的前10天。至于台船原董事长郑文隆，为何在赖召见、确定续任后，又突然被撤换？ 这又是另一个故事，据说答案很简单，就是人事新闻提早曝光，犯了赖大忌，在只有两人在的场合，让两人的谈话内容外泄，这桩人事案就此「见光死」。
此外，中央通讯社社长胡婉玲的人事任命，也是卷起千堆雪，在文化新闻界一片震惊声中难以收尾。 虽然在前社长曾嬿卿去职后，厘清争议，成为董事长制，代表董事长李永得可以提名新社长，经董事会同意后任用。中央通讯社是公家的，是编列预算补助的机构，董事长、社长人选一定是上层指派，行政机构只能听命，李永得更是只能照办。但在胡婉玲人事案引起众人不满后，中央通讯社发了涉己新闻通稿，说胡婉玲是李永得看中她的专业和经验而提名，在外人看来，这真是「黑猫偷吃，白猫扛罪」。不过引人好奇的是，胡婉玲的人事案究是怎么来的？ 一说，是何志伟向赖力荐。另一说，是卓荣泰上任百日专访对她留下良好印象。不论是谁举荐胡婉玲，后来新闻闹翻天，显然始作俑者也不想担承责任，为自己的力荐辩驳，也才会有李永得揹锅、中央通讯社发涉已新闻的结果。
除了这些，还有中华电信未届龄就「被退休」的前董事长郭水义、前总经理林昭阳，也是闹得满城风雨，最近郭水义才获安排接任中华电转投资网银将来银行董事长。台酒前董事长丁彦哲被撤换后，本以为就此淡出，没想到天外又飞来一个台盐董事长让他接任。中华电信旗下两位董事长也无预警换人，被换掉的当事人多数很错愕。拿好位置酬庸选战功臣，是常见的做法，只要条件相当，被酬庸者能胜任其职，外界没有置喙的余地。 但为了表示对支持者、对行政团队的尊重，一般当家人也不敢拿此乱开玩笑，随便给位子，酬庸手法很细腻，手段会很高明。粗略估算，在台每一任约有6千个大大小小的职位可以任命，除了府院和公营相关事业人事案，因为代表门面，事关发展，用人一定要挑细选、适才适所，此外只要不是太离谱、有特殊利害关系，很少有人会这么认真计较。
从当家以来，赖府院人事，绿营内部就有不小杂音，不少蔡时代受委任的前民代被拔除，但接任者的资历却完全无法比拟，内部早有反弹情绪，现在是阵营论替嘲讽早弥漫，这次因曾有前行政机构副职资历的施俊吉公开炮轰，旋即让早就酝酿多时的绿营内部不满引爆，尤其有人明明评价不错，却仍突然被撤换，递补者不仅资历完全不能模拟，事后更摆明「放生」，完全不再有安排。蔡时代的内部要员举例，像是圆山饭店或101董座任内，绿营内部多视为干才的前绿委张学舜，被撤换时仅换来一句：「表现好不代表会续任」，而对比许多被撤换者，张或许还能以至少有获上层约见自我安慰。另外如前「客委会」主委杨长镇不仅没被留任，至今也只能在社群发文挥洒情绪，但这些都是绿营栽培多年的人才，难道真没位置可再借重？
对此，陈蔡当家时便很活耀，夫婿还是现任中央通讯社董座李永得的高雄绿委邱议莹，日前便利用质询机会，公开痛批赖「读书会」出身的经济单位负责人郭智辉，在处理台船、中油董总人事案，仅一纸公文，要人几天马上走人，毫不尊重，怒呛「行政机构什么时候变得这么残忍、不人道？」英朝要员也说，台船、中油、中钢等公营事业人事，考量这些事业单位和高雄地缘关系，也会参酌谢陈等绿籍时任高雄市大家长的意见，甚至蔡时代，这些机构人事「就是尊重菊姐」，但当下高雄市大家长陈其迈，被视为绿营内部有人气及实力诸侯，但前述几项人事，显也没请教陈其迈等南部诸侯的意见。对南部重要公营事业单位，赖不同过去的扁英，没尊重自家南部诸侯，绿营南部要员仅说，现在不一样的人当家，风格也不同，大家要适应，就尊重赖的安排吧。
英朝要员也说，不同陈本身就是选战高手，当年扁当家之时，自己能妥善处理利益分配，当时对选战无兴趣的蔡，2016胜出后，是把人事分配工作交由林锡耀、洪耀福、刘建忻等亲近幕僚，尤其组成项目小组统筹处理人事，成员跨各系统，思考也是从全绿营出发，处理范围除有功论功行赏，及绿营内部人才栽培，还受理绿籍当家县市大家长举荐及绿营内部的遗老「照顾」等。尤其部分过去对绿营有贡献的大老、前绿委，在马8年境遇都不好，经济上真的需要照顾，该小组甚还协调事业单位开出顾问缺来处理，尽量展现对内部各方的照顾与尊重，但上述这些跨越阵营、从全绿营利益出发的安排，现在这些似都已不存在了。
赖踏入选战圈子从未汲汲营营建立自己的班底，「就地取才」是他一大特色，除了出生地新北、当家国的台南，与这两处有地缘关系的人才特别容易入他的眼，他在议事机构、行政机构、蔡的副手任内累积的人脉很有限，所以打选战时的帮助团队成为他很重要的人才来源。只是「打天下」要集众人之力才能成事，如何从有战功的各路人马中筛选能「治天下」的人，这除了靠运气，也需要智慧，因为能「打天下」的未必就能「治天下」。 绿营重要人事任用接连出了大包，不仅重挫赖之威信和颜面，绿营人士表示，当务之急是慎选人才进用通路，才能减少出包，不危及2026选战和绿营当家的稳定。