1939年的七、八、九月，冀东军区以一年前暴动失败后隐蔽起来的武装力量为基础，利用“青纱帐”的时机发展游击战争，各县的小武装建立起来，原八路军留下的三个小支队很快发展到1000人，县、区、村政权和党群组织都有了不同程度的恢复和发展。为了充分依靠冀东党组织和人民坚持发展冀东根据地，肖克将冀东抗日联军和八路军留在冀东的部队，统编为冀热察挺进军第13支队，并决定由李运昌任司令，李楚离任政治委员，包森任副司令。
但让李运昌任司令，有人不服。原因李运昌没参加过长征没带达兵，对此，一些长征过来的同志找到肖克，说：“他没有当过兵，怎么能任司令？”肖克与李运昌熟悉啊，他俩都是黄埔四期毕业生，而且，1927年，年方19岁的李运昌就曾在广东的潮州、惠州、普宁地区被党的组织和同志推举为暴动的军事委员会主席，担任万余众暴动队伍的总指挥，于4月中旬包围了普宁县城,成功地设伏消灭了来援的何应钦之弟何辑武的一个团,击毙团长尤振国,并乘胜智取了江西省的上犹县城，是我党向政变后的国民党反动派发动的最早的一次战斗。肖克把李运昌这些经历讲给不服的同志听，这些同志惊得张大了嘴，终于心悦诚服，没有意见了。
到9月初，冀东部队发展到4000多人，在冀东北部逐步建立了很多小块的游击根据地。随后，平西主力一部开赴平北、热河西部，在长城内外开展游击战争，与冀东密切配合，遥相呼应。1940年3月，中共北方局对冀东提出了“巩固地向前发展”的方针，明确规定：冀东当前的任务是巩固已有的游击根据地，创建新的更多的小块根据地，注意向现有的区域间隙发展，力求连成大片区域。没有开辟的山区应力求开辟，使山区和平原联系配合。
6月下旬，冀东部队分三路转到热河、滦东和路南发展。此时，从平西东返冀东的12团和党政干部数十人，在鸦鸿桥、三女河、任各庄打了几个好仗，使冀东的东西两块根据地基本连起来了。1940年7月25日，根据北方分局和晋察冀军区的指示，决定撤销挺进军第13支队的番号，成立冀东军分区。军分区和先已成立的冀东区党分委都由李运昌、李楚离负责，统一全地区党政军的领导。后来，毛主席说，全国解放没有冀东，冀东没有李运昌不行。