1961年，钟赤兵调任国防科委副主任，协助聂帅工作。1959年“庐山会议”后，林彪接替了彭德怀的职务，开始主持军委工作。特殊年代时期，对于国防科委，林彪下达指示，要用带兵的方法管理科研工作。
钟赤兵不以为然，认为生搬硬套是不科学的。他严格按照聂帅组织制定，经毛主席批准的方案来教学。这样一来，他就被林彪集团扣上了“军内一小撮”的帽子。
那时，钟赤兵坚持“改造知识分子”，充分发挥他们在科研工作中的作用。但在林彪看来，钟赤兵是在保护知识分子。于是，钟赤兵又多了一顶帽子——“‘臭老九’的黑保护伞”。
1967年3月，突发心肌梗塞住院的钟赤兵被强行带走。他遭受了身体和精神上的双重折磨。5个月后，钟赤兵被带到师范学校隔离起来。那时，钟赤兵的第二任妻子于陆琳被关在隔壁的房间里。
于陆琳也是个老革命了，她于1921年出生在山东淄博，16岁那年她跟随姐姐于若木（陈云的夫人）奔赴革命圣地——延安。她深爱教育事业，1949年着手创办北海幼儿园（梁思成设计），担任第一任园长。
1953年，于陆琳被派遣到苏联列宁格勒赫尔岑教育学院进修。回国后进入北师大。1965年，她调往国防科委工作。1967年，夫妻俩被隔离在紧挨着的两间教室里。于陆琳为钟赤兵的身体担忧，虽然近在咫尺，却不能照应。
随着时间的推移，钟赤兵的病情越来越严重。在国防科委工作的李敏，实在是看不下去了。她决定前往中南海，向父亲毛主席汇报此事。那时，李敏见父亲也是困难重重，最大的阻碍就是江青。
李敏担心钟赤兵的身体状况，便冒着危险冲破封锁见到了主席父亲。毛主席听完李敏的讲述后，十分生气，他当即作出指示，让他们不要批斗了。毛主席说，钟赤兵是个好同志，从小是在红军里面打仗出来的。
红军长征中，与敌人激战，钟赤兵的右小腿不幸被子弹穿透。当他被送到野战医院时，医生发现，钟赤兵的右小腿腿骨几乎成了碎片，必须要截肢保命。但因手术条件极差，不仅没有麻药，而且锯腿的工具还是老百姓干农活用的砍柴刀和木匠锯。
最要命的是，钟赤兵总共进行了三次锯腿手术。钟赤兵在昏迷中，嘴里不停地喊着“冲呀、杀呀”，他完全是靠着坚定地信念硬抗下来。在他面前，关二爷刮骨疗毒都显得轻松了。
钟赤兵捡回一条命，但等待他的还有漫漫长征路，过草地，翻雪山，多少身体没有残疾的战士都没跨过这两道关，而钟赤兵再一次凭借着超想的意志力，独腿走完了长征！
建国后的某天，时任贵州省军区司令员的钟赤兵开了一个茶话会，宴请贵州有头有脸的人物。面对当年夺走他右腿的王家烈，钟赤兵没有生气，反而安慰王家烈让他不要自责。这样的胸怀、气魄，真是难得！
难怪毛主席夸他：“有能力，有魄力。”在毛主席的指示下，林彪只好放了钟赤兵。钟赤兵再一次从生死线上站了起来，继续拼搏在工作中。1971年10月，钟赤兵调任广东军区副司令员。
1975年12月20日，钟赤兵突发大面积心肌梗塞，永远离开了人世，终年61岁。