1406年，37岁的朱能病重将亡。听闻消息后，朱棣大惊失色，连夜派人赶赴龙州，看望奄奄一息的成国公。在说到朱能时，朱棣突然泪流满面，扶着近侍叹道：
“钦天监上疏，发现天象有变，主讨虏大帅有忧，难道要应在朱能的身上吗？”
不久后，朱能骨化形销，朱棣在惊愕悲悼中送走了“靖难四公爵”中的第三位功臣。朱能死后，朱棣追封他为东平王，罢朝五日，并以亲王之礼将他安葬。在明仁宗朱高炽登基时，他将朱能称作“辅佐朱棣成就大业的勋贵”，允准朱能配享太庙。然而43年后，明代宗朱祁钰却将朱能的荣耀全部抹去，还把他的儿子罢官削爵。那么朱祁钰为何要这么做？朱能与朱棣之间究竟是什么样的关系？他又为何会突然死亡呢？
骁将朱能
朱能，安徽怀远人。1390年，朱能跟随燕王朱棣深入草原，降伏元将乃儿不花。四年后，朱能的父亲朱亮病逝，他承袭父职，担任燕山护卫副千户，成为朱棣的亲信近臣。
朱能为人忠义耿直，勇猛彪悍，但极为“规矩”。张玉初次见他时，就对朱能非常推崇。在朱棣麾下诸将中，也只有朱能与朱棣的关系最为亲密。
朱元璋病逝后，朱允炆在黄子澄、齐泰的游说下，大力削藩。周王、齐王相继被废，湘王朱柏也被逼自尽。在朱棣心生畏惧，惶恐不安时，姚广孝、朱能却力劝朱棣起兵谋反，并为他规划造反之后的宏伟蓝图。因此，朱棣才下定决心，秘密打造兵器，意图反叛。
1399年6月，朱允炆逮捕朱棣麾下大将邓庸，得知朱棣密谋造反。朱允炆极为震惊，当即密令北平布政使张昺及都指挥使谢贵和张信迅速抓捕朱棣。然而，张信中途叛变，将此事上报朱棣。在燕王府内，朱能以800刀斧手埋伏张昺，将他及麾下诸军砍杀殆尽，拉开靖难的序幕。
当时，朱棣以丘福、张玉、朱能为将，夺取北平九门。而西直门的抵抗最为激烈，朱棣麾下诸将屡屡受挫。朱能听说后，单骑前往，力克西直门，并一路追杀都指挥使马宣至蓟州，为朱棣控制北平城立下大功。
耿炳文率兵征讨朱棣时，朱能又打了他一个措手不及。耿炳文刚刚抵达真定，朱能、张玉就突袭雄县，断了耿炳文的援军，而后趁耿炳文渡河之际，将他击溃。
在此战中，朱能完美地展示了他的骁将本色。短暂击败耿炳文后，丘福、张玉等大将皆不赞同追击，唯有朱能奋勇向前。他仅率30人，横跨滹沱河，掩杀耿炳文数万兵马，以致耿炳文麾下众军惊慌失措，溺死者多达数千人。正因如此，耿炳文彻底放弃进攻计划，改而防守。
靖难第二功臣
李景隆接替耿炳文执掌主帅之位后，朱能又跟随朱棣北上大宁，降伏老将陈亨，夺取了宁王朱权的十万铁骑。
朱棣归来后，与李景隆大战郑村坝。当时，张玉连挑李景隆七座大营，声威大震。而朱能也不甘示弱，迅速冲入战场，左冲右突，所向无前。凭借张玉、朱能的强劲表现，朱棣、朱允炆的首次大战，以朱棣的胜利而告终。
在朱棣麾下将领中，丘福、张玉、陈亨、朱能是他最依赖的心腹。张玉机警聪慧，朱能勇悍无比，而丘福、陈亨又是多年老将，遇强敌临危不乱。反观朱允炆麾下，实力强劲的徐辉祖被他弃之不用，耿炳文善守不善攻却被朱允炆放在征讨朱棣的主帅位置上，而“纸上谈兵”的李景隆更是手握50万兵马。因此，朱允炆的用人失误，给了朱棣极大的发挥空间。
然而，朱允炆毕竟继承了朱元璋的全部遗产，实力强劲。白沟河之战时，郭英在中途埋伏朱棣，平安神不知鬼不觉地绕到朱棣身后，打了他一个措手不及，以致陈亨战死。凭借碾压性的实力，李景隆完全可以在此战中彻底击溃朱棣。
可朱能却再次展现出他的雄威。接替陈亨对战平安时，朱能首当其冲，奋不顾身地杀入敌阵，激起了燕军的强烈斗志。与此同时，遭遇顽强反击的李景隆麾下诸将却只顾个人安危，仓皇逃窜，弃大军于不顾。李景隆更是单骑逃跑，以致黄河以北的大片领地沦陷。若不是徐辉祖疾驰北上，李景隆必当命丧德州城下。
白沟河之战后，朱棣遭遇了他一生中最强悍的对手，铁铉。围攻济南数月，朱棣不仅没有跨越城门一步，反而多次身临险境，不得不返回北平，徐图后进。
1400年12月，朱棣再次南下，在东昌会战铁铉、盛庸，却不料误入重围。当时，张玉、朱能都在外围作战，与朱棣相距甚远。听闻朱棣陷入包围后，二人不顾性命安危，冲入敌军包围圈。在朱能的掩护下，朱棣得以逃脱，而张玉却战死于当场。
陈亨、张玉的相继阵亡让朱棣心痛不已，他能够依赖的心腹将领只剩下丘福、朱能二人，因此对他们更加珍视。
此后，朱棣采纳姚广孝的建议，绕过铁铉镇守的济南，由梁山、汶上南下，袭击朱允炆的老巢应天。作为统军大将，朱能接连战败平安、盛庸，将燕军的前线推至淝河。可在淝河，朱棣却遭到了大规模的溃败，王真自杀，军心大动。
当时，朱棣麾下诸将对徐辉祖极为忌惮，不愿与他正面对抗，纷纷劝谏朱棣北归。然而在会议期间，朱能却厉声痛斥诸将，说道：
“汉高祖十战九败，最终夺取了天下。今日我们不过在此处遭遇一些小挫折而已，难道诸位就要撤兵逃走，向朱允炆称臣了吗？”
朱能话音未落，就激发了朱棣的好斗之心。他再也不顾诸将劝阻，执意与徐辉祖对阵。正当朱棣筹谋对抗徐辉祖时，朱允炆却采纳佞臣之言，将徐辉祖调离前线，放在应天看守。徐辉祖离开后，南军人心四散，朱能趁机猛攻平安，最终将他降伏，收拢了十万降军。
而在此之后，朱能更是一路旗开得胜，所向披靡。从泗州到扬州，再到应天，朱能为朱棣成就大业，立下了汗马功劳。
英年早逝
1402年，朱棣册封功臣。朱能位列丘福之下，是“靖难第二功臣”，任职左军都督府左都督，晋封成国公。朱棣常常将他比作大明开国名将常遇春，可见在朱棣心中，朱能的地位非常高。
四年后，安南叛乱。朱棣在劝说无果的情形下，以朱能为帅，张辅为副将，征讨安南。在朱棣称帝后，麾下诸将中，丘福年龄已老，张辅等又缺乏军事锻炼，只有朱能正值壮年，前途不可限量，他也是朱棣规划的未来北征蒙元的统帅人选。
然而，朱能抵达广西时，朱棣心中的不安越来越大。他从未怀疑朱能的能力，却畏惧于当地的气候。不久后，朱能患病的消息传至应天，朱棣大为惊恐，急招钦天监监正，询问详情，并派遣御医南下探病。
1406年，37岁的朱能行至龙州，面对着北方跪拜，哀哀欲绝，不久病逝于当地。朱能死后，朱棣非常伤心，他以亲王之礼将朱能安葬，并追封他为“东平王”。在朱高炽继位后，又将朱能放入太庙，附祭朱棣庙廷。可是，43年后，朱能的长子朱勇跟随朱祁镇征讨瓦剌时，却误中瓦剌诡计，接连战败，以致兵败被杀。
徐亨听闻后，曾怒斥朱勇道：“强虏视之婴儿耳。”而于谦也接连上奏朱祁玉钰，将朱勇罢官削爵。在他的儿子朱仪请求安葬朱勇时，朱祁钰却说：“朱勇身为大将，却丧师辱国，以致皇帝被捕，罪大恶极。”因此，并未批准安葬朱勇的请求。在朱祁钰心中，他无论如何也想不到，虎父竟生了个犬子。