工程建设项目管理组织模式的合理选择是工程项目管理目标得以实现的前提和基本保证，工程项目过程管理中的资源科学配置则是项目管理目标最大化与最优化实现的根本保障。
从生产力与生产关系的层面理解，项目管理组织架构形式与项目资源配置方式可以说是项目生产关系形成的最重要支撑。由于生产关系必须适应生产力，合理的项目组织架构与科学的资源配置是适应项目生产力、实现项目生产力最大化的关键前提条件所在。同时，由于生产力状况决定生产关系，所谓组织架构的合理和资源配置的科学，并不是讲越多、越大就越好，而是对两者的合理性与科学性，要强调其对应性与适应性。即项目的组织架构设置和资源配置要根据具体项目的管理目标、企业的管理能力和业主、社会的管理要求进行最恰当的设置与配置，组织既要职责清晰完整又要运行高效，资源既不欠缺也不浪费的恰到好处才是最高境界。
一般来讲，一个工程建设企业集团的管理架构应当遵循缩短管理链条、扁平化管理的原则，实行集团、分/子公司、项目经理部三级管理。各层级的管理部门与岗位人员设置，由企划部门与人力资源管理部门依据管理授权、公司规模、项目大小与重要程度、公司专业特点以及发展需要等不同条件，制订一套运行效率良好的部门与岗位设置标准。
工程项目本身的管理组织架构设置，基于现代企业制度的管理理论与中国建筑市场发展的阶段，通常是以项目其一次性、涉及面广、工作较为复杂的特性，采用“模拟分权式”或“矩阵式”的组织架构模式。
对于具体负责实施工程项目的项目经理部的组织架构设置，可以称之为“优化型矩阵式”。这种组织架构模式整体基于两个方面的考量，一是落实法人管项目要求，二是落实管理标准化、信息化、精细化要求。
所谓“优化型矩阵式”，一方面基于建筑工程项目特定的一次性、复杂性以及随项目进展，其机构、岗位设置必须具有一定的灵活性的特点，形成公司对项目岗位设置的组织架构标准“矩阵式”——项目经理部对各岗位进行直线管理，同时项目岗位也接受分/子公司不同业务部门的专业指导和管控。特别是项目总工程师、项目商务经理、项目物资设备主管与财会会计等岗位，其工作规则与工作成果必须为分/子公司的业务部门和分管业务领导所管控和认可。这既是“矩阵式”管理组织架构的基本特点，也是工程建设企业落实法人管项目要求在组织形式上的体现。但同时，为有效解决“矩阵式”组织架构中岗位人员因为岗位不稳定造成责任感不强的问题，企业基于项目“三个效益”划分的前提，通过项目管理“两个责任制”的落实，有效地将项目岗位人员的考核与激励主动权有序、有度放到项目经理部层面。既充分体现法人管项目的要求，又比较成功地解决了传统“矩阵式”组织架构的缺陷。
企业按项目建筑面积、项目合同额及项目的月均产值额大小三个指标相结合的识别标准，可将所有项目划分为6类（见下表）：
对相应项目的项目经理部人员总数、项目班子人员数、项目岗位任职条件、项目岗位职责和项目岗位工作检查考核标准进行全面梳理和统一，包括项目岗位的名称进行标准化规定。同时还对项目不同阶段基本岗位与机动岗位设置、过程中的岗位调整、岗位兼职、岗位不相容分立等也作出具体要求。
需要说明的是，在目前中国建筑市场还不是十分规范的情形下，因工程项目落实法人管项目的要求而影响项目组织架构设置，这包括两个方面：一是作为法人层面的工程建设企业必须从项目策划、主要分供方选择、大宗物资与设备采购管理上，体现法人管项目的理念；二是在项目经理部的人员配置管理上，如果是以联合体方式运营项目时，建筑企业应该如何进行项目经理部组织架构设置才能高效履约、实现项目生产力最大化。许多优秀施工企业，坚决杜绝“挂靠贴牌”的项目联营合作方式，在业主有特殊专业建造要求而进行联合体招投标的项目上，则以总承包实施单位地位进行项目运营管控，对工程项目的组织架构设置完全拥有总承包管理实施权，除专业合作单位必要的管理岗位设置外，必须以企业的项目组织架构设置理念和要求，由本企业自有管理人员实施相应管理岗位职责，确保工程项目管理受控、高效履约。
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