《毛泽东年谱》记载，1953年12月上旬，毛主席在听取卫生部副部长贺诚等人汇报时，向卫生部提出了较为严厉的批评：
“几年来，卫生工作成绩很大，缺点很多……我们中国如果说有东西贡献全世界，我看中医是一项。我们的西医少，广大人民迫切需要，在目前是依靠中医。对中医的团结要加强，对中西医药有正确的认识。中医是在农业与手工业的基础上产生出来的。这是一大笔遗产，必须批判接受，把其积极的一面吸收过来加以发挥，使它科学化；另一面，对不合理的要研究，分析批判……西医也有不合理的部分，不合理的部分要批判。中西医要团结，互相看不起是不好的，一定要打破宗派主义……”
不久后，毛主席又指出，卫生部所提的“中医向西医学习”的口号过于强调西医，忽视中医，“是要废除中医，行不得”。
在此之后，贺诚、王斌两位卫生部副部长因为未能在这次废除中医的风潮中发挥正确领导作用，被下令撤职反省。
中西医之争一直是医学界的一个重大课题，长期以来争论不断，从清末民初一直延续到了新中国。其中的核心问题是：要不要彻底否定中医，要不要彻底废除中医，以及否定中医是不是“媚外卖国，蹂躏国粹”。
废止中医派的代表人物是余云岫，他在1929年就以南京中央卫生委员会的名义，向国民政府提出，应该“废止旧医（中医）以扫除医事卫生之障碍”，要求全面废除中医。
他的提案在国民党第一届卫生委员会会议上得到通过，但引起国内中医界的强烈反对，最后未能实施。
但余云岫并未罢休。此后他著书立说，出版《灵素商兑》，攻击《黄帝内经》五脏六气观点，说该书“无一字不错”，“不科学”，“靠暗示的效果”，“精神的作用”，“和催眠术差不多”。他最激进的话是：“坚决消灭中医”，“如不消灭中医，不但妨碍民族的繁息，民生的改良”……其立场之激进可见一斑。
建国后，72岁的余云岫参加新中国第一届卫生工作会议，在这次会议上，他再次提出废止中医方案，再次遭到与会者的强烈反对。
余云岫的主要对手，是维护中医的代表人物恽铁樵。他在民国年间和余云岫发生了激烈的辩论，他的论点是：“西方科学不是唯一之途径，东方医学自有立脚点”；《黄帝内经》不能代表全部中医，更不是中医的尽头；中医有演进的价值，必须吸取西医之长，与之相合产生新中医，“万不可舍本逐末，以科学化为时髦，而专求形似，忘其本来”。
他批驳余云岫的《灵素商兑》，首创的“脏腑虚化论”，此论成为后来中医药界的通论。
可惜的是，1935年，58岁的恽铁樵因病去世，未能参与到建国后的中西医大辩论中。
新中国成立后，余云岫再次提出废止中医，时任卫生部副部长的王斌支持他的看法，认为中医是封建时代的产物，应该随着封建社会的消灭而消灭。他要求开设中医进修学校，让中医学习西医，学习解剖学。
此后，在全国范围内发生了西医抬头，中医受制的情况，引发了中医界的抗议。正是在这种废除中医和反对废除中医的争论中，毛主席在1953年12月出面表态，要求调和中医西医界的矛盾。
毛主席的看法可以分为以下几部分：
一、中医、西医都有优点，也都有不足之处，好的应该发扬，坏的应该批判；
二、不能因为中医有一些不足，就全面废止中医，也不能因为西医的一些优点，就在医学界搞“一刀切”、“全盘西化”；
三、我们需要西医，但“我们的西医少”，“在目前是依靠中医”，这是客观现实，应该立足于此考虑问题；
四、中医和西医应该团结，“互相看不起是不好的，一定要打破宗派主义”，共同为人民服务。团结中西医是卫生工作的方针之一，团结的问题没有做好，主要是西医存在宗派作风。西医传到中国后，很多人就把中医忽视了，乃至全部否定了。
毛主席和中医是有很深的缘分的，在延安时期，由于环境恶劣，条件落后，毛主席曾患上风湿性关节炎，痛起来连手臂都抬不起。当地的开明绅士李鼎铭（原陕甘宁边区政府副主席，提出“精兵简政”方案）有一次来看望毛主席，切脉之后，开了四副中药，主席的病痛很快消失，手臂活动自如。毛主席把李鼎铭介绍给了部队的同志，让他为八路军的指战员治疗。
当时毛主席就问过李鼎铭：“现在延安一些西医看不起中医，你的看法是什么？”李鼎铭回答：“中西医各有所长，团结起来才能取得进步。”毛主席连连称赞。
建国前夕，中央军委卫生部在北京开会，毛主席对部长贺诚批示说：“你们西医只有一两万，力量薄弱，必须很好地团结中医。”
毛主席一直关心中西医的团结问题，有一次，他和著名医生林巧稚、号称“北京四大名医”的施今墨一起吃饭，席间，毛主席问林巧稚和施今墨：“你们一个中医，一个西医，你们同行是不是冤家啊？”施今墨回答：“主席，我们团结得很好，互相很尊重。”毛主席听后很欣慰。
1950年，新中国第一届卫生工作会议上，毛主席明确提出了“团结中西医”的方针，这条方针和“面向工农兵”、“预防为主”一起，成为了新中国的三大卫生原则。
著名的“赤脚医生”就是这三大卫生原则的产物。赤脚医生主要以中医为基础，结合现代医学培训，具备接生、注射疫苗、指导卫生等素养，面向广大农村，以较低的程度提高了我国农村的健康指标，创造了世界医疗史上的一个奇迹。