解放战争国民党败局已定后，国民党大部退往台湾，然而，国民党在溃逃时，留下大批土匪和特务武装，他们大肆进行破坏活动，严重扰乱新解放区各项工作的开展，威胁人民政权的巩固和人民生命财产安全。新解放区人民群众强烈要求人民政府坚决消灭土匪，根绝匪患。人民解放军先后抽调150万兵力开展剿匪作战。到1953年基本完成，结束了中国匪患久远、危害甚深的历史，也粉碎了退守台湾的国民党在大陆建立“游击根据地”以策应“反攻大陆”的企图。
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在开展大规模剿匪斗争的同时，人民政府还大张旗鼓地开展了镇压反革命运动。国民党败退台湾后，在大陆潜伏了大批反革命分子。他们采取各种方式破坏厂矿铁路，焚烧粮库，刺探情报，印刷伪钞，鼓动骚乱，暗杀干部，妄图里应外合，颠覆人民政权。在一些发生土匪暴乱的地方，县、区、乡的政权几乎全都被破坏，一度处于瘫痪状态。
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1950年10月10日，中共中央发出《关于镇压反革命活动的指示》（简称“双十指示”），强调：必须严厉镇压一切反革命活动，重点打击危害人民的土匪、特务、恶霸、反动党团骨干和反动会道门头子五个方面的反革命分子，并重申要坚持“镇压与宽大相结合”的政策。1951年2月，中央人民政府颁布《中华人民共和国惩治反革命条例》，规定了处理反革命案件的原则和办法，使镇反运动有法可依、量刑有据。针对一些地方出现的工作粗糙、错捕错杀等现象，中共中央及时采取谨慎收缩方针，集中力量处理积案，着重打击那些罪大恶
极、为人民群众痛恨的反革命分子，对罪行较轻、愿意悔改的反革命分子采取宽大的方针。中共中央还作出“对犯有死罪的反革命分子应大部采取判处死刑缓期执行政策”的决定。这种判处死刑缓期执行一观后效的政策，是新中国司法的一个创举，具有深远的意义。
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到1953年秋，全国镇压反革命运动全部结束。通过镇压反革命运动，基本清除了国民党反动派在大陆的残余势力，以及长期危害人民和社会安定的各种匪患与黑社会势力，巩固了人民民主专政，全国社会治安状况大为好转。