朱毛会师后，林彪就把目光投向毛泽东，坚决支持毛泽东。
1929年春，在红4军高级干部中发生了一.场异常激烈的争论。这场争论主要在毛泽东与朱德之间展开。
朱毛会师以后，红4军中前委与军委并存，军委置于前委领导之下，以确保党对军队的绝对领导。1929年1月，毛泽东、朱德、陈毅等率领红4军离开井冈山，向赣南、闽西进军。在行军途中，敌人围追堵截，山道崎岖险峻，形势复杂多变，为应付突发事变，红4军决定军委停止办公，将权力集中到前委，由毛泽东任前委书记。到了1929年5月，随着赣南、闽西根据地的开辟和党务、政务、军务、群众工作的展开，前委工作繁重，难以兼顾军委工作，遂决定军委恢复办公，并由新到红4军工作的刘安恭任军委书记,并接替陈毅的政治部主任职务。
刘安恭是从苏联学成归来的年轻干部，在红4军中却起了很不好的作用。他生搬硬套苏联红军的一些做法，推行首长负贵制，认为前委代替包办了军委的工作，导致朱 毛两人争论进一步升级，使红4军高层领导分歧公开化。在这场争论中，一向沉默寡言的林彪表现出鲜明的立场，坚定地站在毛泽东一边，主张废止军委机构，由前委代行军委职权。
刘安恭等要求成立军委，认为前委“管得太多”，“权力太集中”，甚至攻击前委领导是“书记专政”，有“家长制”的倾向。
林彪等人则针锋相对地提出，处在频繁作战、游击动荡的环境之中，军队指挥需要集中而敏捷，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必设重叠的机构。
两种意见争执不下，红4军移师福建上杭白沙时，准备在6月8日召开前委扩大会议。白沙会议召开前，林彪派人给毛泽东送了一封信。他在信中矛头直指朱德，大肆指责朱德。
陈毅
白沙会议后，刘安恭散布了许多挑拨离间和攻击毛泽东的言论，这种言论极大地扰乱了指战员的思想。毛泽东再次萌生离开前委的想法。林彪看出了毛泽东的心理，又给毛泽东写了一封信。主要是不赞成毛泽东同志离开前委，希望他有决心纠正党内的错误思想。
6月22日，中共红4军第七次代表大会在龙岩城内召开。会前毛泽东关于解决红军建设中主要问题的建议，未被采纳。大会改选了红4军党的前敌委员会，毛泽东居然落选了前委书记。会后，毛泽东被迫离开了他一手拉扯大的红4军， 到闽西特委指导地方工作。
林彪等人公开表示不能认同这样的结果。
毛泽东对林彪在患难时挺身而出，全力支持自己十分感激。
1934年12月11日，红1军团2师5团攻占通道县城。毛泽东提出放弃和红2、6军团会合的计划，改向贵州前进，以免被正在等待红军北上的敌军一口吃掉。 14日，红1军团2师6团攻占贵州黎平。中央政治局在此召开会议,同意了毛泽东提出的关于在川黔边地区建立新根据地的意见,并确定以遵义为这一新根据地的基础和中心。
已经冷落两年的毛泽东，现在开始受到尊敬和信任，这就意味着博古、李德时代进入尾声。博古本人对于日趋严峻的局面确实一筹莫展，当时广大的红军将士都在迫切要求撤换现有领导。
1935年1月15日，“遵义会议” 召开了。
毛泽东第一个作了长篇讲话。他批评李德犯了进攻中的冒险主义的错误、防御中的保守主义、退却中的逃跑主义，导致反“围剿”斗争的失败。他的发言博得热烈的掌声。接着，王稼祥、洛甫、朱德、聂荣臻、彭德怀先后发言，表示支持和同意毛泽东的意见。林彪在遵义会议上，没起多大作用。聂荣臻说“林彪没发什么言”。
一向坚决支持毛泽东的林彪，为什么在这么重大的决择面前选择了沉默？
遵义会议时为李德担任翻译的伍修权是这样认为的：
林彪本来是支持李德那一套的，会上被批判的“短促突击”等等，也是林彪所热心鼓吹的..会议虽然没有指名道姓地批判他，他实际上也处于被批判的地位。所以在会上，基本上是一言不发的。
原来，在第五次反“围剿”斗争中，李德、博古等人提出了“短促突击”战术。这个战术，即是以碉堡对碉堡，以阵地对阵地，俟敌人进至距我碉堡二三百米时即用短促突击消灭之。这种战术除偶尔获得一两个小胜利外，屡战屡败。 当时在红军中流传着这样一句俏皮话：“ 短促突击，等于送死。”
林彪素以善打运动战著称，他一开始就反对这种“短促突击”的战术。但是，当时李德宣称凡是对中央指挥不满和抵制“短促突击”战争的人都将受到严惩。1934年2月24日，林彪和聂荣臻向军委提出了一项关于用运动战消灭敌人的建议,结果遭到军委的批评。军委告诫林彪，要坚决服从命令，不要脱离中央的正确轨道，导致不可挽回的后果。
在李德的威逼下，林彪对执行“短促突击”特别下力。他请李德来1军团讲授“短促突击”战术。还于1934年6月17日发表了《论短促突击》的文章，提出了27条实施措施和注意事项，得到了李德等人的赞赏。聂荣臻认为，“林彪突然发表这篇文章，自然不仅是谈战术，实际上是他在政治上的表态”。
彭德怀与林彪同为军团长，在李德的淫威面前，彭德怀始终没有低下头来。对此，毛泽东十分感叹地说：“一个是硬汉子，一个是细伢子，金子不能比铜哟!”
毛泽东用那敏锐的目光，注视着两员战将。
遵义会议大家都批判李德的那一套，作为曾高调执行“短促突击”战术，讨好李德的林彪，自然难逃其咎，当时毛泽东就流露出对他的看法，现在虽不点名，实际肯定在受批之列，所以遵义会议上的林彪，没有发言，对支持毛泽东也没发挥作用。