在刘公岛景区中，位于制高点的旗顶山炮台因为规模宏大，也是一个很重要的景点。不过说起来这个旗顶山炮台其实是甲午战争之后英国人修建，和北洋水师、甲午战争都没什么关系，甲午时期旗顶山上的炮台不仅规模没那么大，而且名字也不是叫旗顶山炮台。
1881年，李鸿章就考虑将威海卫作为北洋水师的基地之一。不过当时威海卫主要是供北洋水师操练之用，加上威海湾南北两口“地阔水深”，修筑炮台防守“需费极巨”，一时无从筹措，所以没有修筑新的炮台。
直到1886年奕譞巡阅北洋海防后，在报告中提出威海卫修筑炮台、布设水雷所需资金巨大，因此要逐步建设。慈禧批复“海防关系紧要，必须逐渐扩充，历久不懈”。得到朝廷批准以后，李鸿章从1887年加大了旅顺、威海卫两地炮台的修建力度，其中就包括了在刘公岛上修建炮台。
然而因为工程过于浩大，直到甲午战争爆发前，刘公岛上实际只来得及修建了北口炮台（即现在的公所后炮台）、黄岛炮台、南嘴炮台（现在的东泓炮台）三座炮台。
战争爆发以后，李鸿章为了加强威海卫防务，李鸿章又下令在威海外围和刘公岛的各处要点增设炮台。负责刘公岛防务的刘文宣在1894年1月21日的电报中提到岛上共有大小炮台六处，这多出来的三处就是战争爆发以后在刘公岛上修建的。
而刘公岛的防务强化中，刘公岛的大顶山——也就是现在的旗顶山——作为岛上制高点也是格外让人关注。8月30日，李鸿章致电张文宣，要求他在大顶山山顶“安炮六尊”。从这个电报来看，大顶山上修筑炮台一事，应该是在这之后发生的。
而且因为时间紧迫，加上在山顶施工难度比较大，因此到刘公岛保卫战爆发时，大顶山炮台并没有按照李鸿章要求的那样配备六门大炮。
按照日本出版的《战后的刘公岛》所述，刘公岛海岸堆场上有四门240毫米榴弹炮，在最高峰上有两门同型火炮。而日军攻占刘公岛之后登岛的日本国民新闻战地特派员古谷久纲也提到制高点上的炮台还在修建中，有四个炮位已经开掘完成，铁板、石块也都备好，还有两门280毫米榴弹炮，另外两门还在海岸上没有运到山顶。从这两处描述来看，除了火炮口径、数量略有区别之外，其他大致相同，可见大顶山炮台实际没有完工。
1898年英国人租借威海卫以后，在大顶山炮台的基础上修建了一个新炮台，并命名为百夫长炮台，同时还设置了一个信号旗台，大顶山也因此改名为旗顶山。因此现在的旗顶山炮台，主要建筑要是英国人手里完成的，并非甲午战争遗迹。