在金庸笔下，黄药师是典型的正气中带有七分邪气的人物，他人送外号东邪，乃是天下五绝之一，作为桃花岛一派武学的创始人，黄药师是上知天文下知地理，琴棋书画更是无所不精，加上他武功绝顶，又对妻女宠爱无比，似乎是射雕中最为洒脱，也最容易让人产生好感的一个人物，可纵观黄药师一生，从射雕时代再过渡到神雕时期，他又是一个最纠结的人物。
黄药师从来都是敢作敢为，他厌恶礼法，淡泊名利，可从第一次华山论剑便可看出，黄药师还是特别重视天下第一的名头的，不然他也不会去参加华山论剑，再者，黄药师相当看重九阴真经，要不然他也不会用计向周伯通骗取经书，如果黄药师只想在桃花岛隐居，那么他又何必让有孕的妻子强行默写九阴真经呢？
黄药师五行八卦和医学占卜都很精通，可他并不是武痴，为何偏偏在意这本武功秘籍？在妻子因心力衰竭亡故后，他便很宠爱女儿黄蓉，毕竟膝下只有这么一个女儿，但可悲的是，黄药师还收了几个弟子。
弟子中，陈玄风和梅超风因为偷了九阴真经，私自叛逃出桃花岛，黄药师一怒之下就残忍的把其他几名弟子的脚筋全部挑断，还将他们驱逐出岛，这行径和黑帮简直没啥区别，再者，因为不喜黄蓉和郭靖相爱，他就迁怒于郭靖的师傅们江南七怪，还想把江南七怪活着的六个人和家人全部杀死，这一做法和小说中的大魔头已经无异了。
黄药师的行径既虚伪又很矛盾，他表面淡泊名利又想着虚名，想着慈爱，又要大开杀戒，这种我行我素，又不在意其他人看法的做事风格，让他被冠以东邪的名号，记得郭靖和欧阳克同时到桃花岛提亲时，黄药师还偏向欧阳克居多，可等到郭靖武功越发精进时，他又认可了郭靖，这让这位想超脱世俗的黄药师，总是陷入世俗之中。
到了晚年，黄药师又和杨过成了忘年交，可因为身份所限，他又不能对恶徒李莫愁痛下杀手，他为了虚无的面子将正义视若无物，结局也成了笑话，等第三次华山论剑时，黄药师成了唯一一个名号没有变的人，终究给人一种夕阳之感。
纵然他无比优秀，可终归不是天选之人，黄药师更加是一个恃才傲物的小市民，一直活在自我的圈子里，在追求理想的道路上又在纠结现实，给人感觉相当矛盾。