在《完美世界》前期之时，有着不少的疑团。
最初之时，一个疑团就是神秘柳神到底是什么来历。随之又有一个疑团是山宝，山宝到底被谁拿走了，里面又有什么？还有虚神界的鸟爷、精壁大爷又是什么来历……
这些疑团，一直到了中后期才逐渐揭开。下面就细看下十个谜团。
山宝被谁得到了？
大荒深处出现山宝后，朱厌、朱雀、吞天雀、穷奇四大生灵恶战争夺。
在这场血战中，朱厌最先得到了山宝。不过，朱厌也是身受重伤，就将山宝藏在了干涸大湖的淤泥中，自己也是昏迷失忆。后来，六岁的石昊带走了朱厌，吞天雀又前来翻找湖底，得到了山宝。
到八域大劫时，狡猾的吞天雀也并没有死在动乱中，而是被鸿鹄圣者斩杀了。鸿鹄圣者是吞天雀的师父，传闻中他晚年被吞天雀吞食了，实际上他只是吞食了鸿鹄圣者的一道灵身。而“早已身死”的鸿鹄圣者杀了吞天雀后，拿走了山宝，隐藏起来参悟山宝。
二十年后，石昊和毛球以返还本源的古术查到了鸿鹄圣者拿走了山宝，就找上门寻到了山宝。到此时，山宝最终是到了毛球和石昊手中。
山宝到底是什么？
山宝引得四大生灵血战，上界教主也是觊觎，它确实是一件宝物。
这件山宝是一块六面的骨，是一个有一面可以打开的盒子。石昊施展六种宝术打开后，里面有着三样东西，第一种是至尊殿堂最无上的古天功六道轮回，是驾驭宝术的法，可以将多种宝术融合、叠加；第二种是至尊殿堂收集的宝术，比如犼、鸾鸟、毕方等族的宝术，也算是了不得的宝术；第三种是压箱底的盖世剑诀，也就是十凶中九叶剑草的草字剑诀，绝世霸道。
对于拥有雷帝、鲲鹏、柳神、真凰宝术的石昊来说，第二类的宝术不算什么。不过，六道轮回和草字剑诀都是最顶尖的宝术，让石昊战力大增。
这是山宝中的三宗宝，还有一件宝物就是那块骨。后来，石昊成仙后，六面骨融合到了石村的古鼎中脱落的白色小骨鼎上，就成了原始真解的中篇——超脱篇。
原始真解是谁所创，三篇都在哪里？
原始真解是尸骸仙帝创的功法，分为神引篇、超脱篇、终极篇。
神引篇阐述的是符文、宝骨的奥秘，还有实战图子。这一篇看过的巨头不少，但那块骨被柳神下界时带到了石村，又到了石昊手中。不过，这块骨不全，还差一幅万灵图。后来，石昊在石国皇都拍卖得半块骨，又在不老山宝库得到半块骨，最后又在西陵界祭坛得到最后一角，合成了万灵图。
超脱篇是一篇无上大法，阐述的是长生不朽。这一篇就是石村祖鼎加上山宝，其中的石村祖鼎在七神下界时脱落成白色骨鼎。后来，石昊成仙后，运用原始真解触碰到骨鼎和山宝，两者融合就成了超脱篇。不过，此时的石昊已经成仙，作用不大。
终极篇是适合准仙帝修炼的法，在终极古地最深处的骨碑上。石昊成为准仙帝后，进入终极古地，才看到了这篇法，对他也是没有太大价值。
大罗剑胎是谁所炼制？
大罗剑胎是陪伴石昊时间最长的兵器，从三千州争霸战到战仙王不朽、准仙帝，都是以它为兵器。
这并不是一柄剑，而是未曾开锋的剑胎，但却能切开虚空。据说这柄剑胎不是铸成的，它从矿中采掘出来时就如此，其形天定。这明显是不对的，而异域的昆谛、鹤无双、炼仙壶则说大罗剑胎是边角料铸成的，倒是很接近事实。
昆谛等人低估了大罗剑胎，它是尸骸仙帝以三世铜棺中第三具自古长存棺的边角料铸成的，是一柄帝剑。
因此，尸骸仙帝才是大罗剑胎真正的主人，他也曾以此剑斩杀石昊一次。
烂木箱里面是什么？
烂木箱是石昊的一件防御宝物，异域不朽之王也曾争夺过这口烂木箱。
在完美世界中，共有三个难以打开的箱子。前两个是异域和葬土的封闭箱子，里面装的是起源古器，后被证实的准仙帝鸿帝打造的白骨杖和骨冠。这两口箱子一直是打不开的，而异域不朽之王争夺烂木箱就是因为有传闻说里面是打开起源古器箱子的钥匙。
实际上，烂木箱并不是钥匙。这口箱子中是一座类似接引古殿的神庙，里面是尸骸仙帝的一缕元神印记。当初尸骸仙帝成为仙帝后被黑暗侵蚀，他就自斩纯净印记封印在了烂木箱中放逐。因此，烂木箱是仙帝级别的东西，比起源古器还要更强一个级别。
小塔有几层，都在哪里？
小塔是石昊前期最具杀伤力的底牌，有着无上威能。不过，小塔在上古时就被打残缺了，原先的九层塔身分裂成了几段，散落各地。
在百断山时，石昊遇见了四层塔身。这也是最初的小塔，当年它解体后，将真灵藏在了四层塔身内，其余的五层都是无意识的。
再到上界教主下界时，阴阳道人持有两层塔身。这两层塔身也有真灵，但却是阴阳道人培养起来的塔中神祇。柳神击杀阴阳道人后，又击散两层塔身的真灵，助小塔融合了两层塔身。
等到石昊上界之后，在殒仙岭主人金毛犼手中又见到了两层塔身。当时金毛犼还联合敖晟、太始、元初一起镇杀了石昊，但石昊并没有彻底身死，他在一座残破的小世界见到了最后一层塔身。后来，石昊强势镇压金毛犼，又得到了两层塔身，而且以无上仙金融合三层塔身打造了一座九层仙金塔。
最终，石昊大战黑暗三帝时，将三层塔身还给了小塔。又有无名准仙帝的帝骨融合到小塔身上，将它变成了十层塔身的塔。不过，小塔和融合帝火的柳神对战羽帝时，被他打得四分五裂。
五色雀的来历？
五色雀是石村的一只巴掌长的小鸟，贼溜的像成精了一般。
石昊小时候经常去追五色雀，可五色雀让他吃尽了苦头。就算石昊修到列阵境后，也是没能追到五色雀。后来，石昊在七神下界时身死，五色雀不断衔来拥有还魂与轮回的部分药性的不腐草洒在石昊坟上，救下了石昊。
到石昊和云曦成婚之时，五色雀又衔来石村早已丢失的白色小骨鼎送给了他们当贺礼。
再到小石头出世之时，五色雀又赶来。这也是五色雀第一次与石昊说话，让他用小鼎常为小石头洗礼身体，并建议他封印小石头到鼎中，留到将来，让他在一个平静、祥和的黄金大世出世。
也是这一次，石昊问了五色雀的来历。五色雀说自己只是一团神识，并不是真正的有形之体，像是一道元神。不过，五色雀被人斩过道基，没有留下多少战力，也忘记了很多，只模糊记得自己来自界海，仙古年间曾栖居在祖祭灵的本体上，得到它允许，在那里筑巢，与它为邻。而五色雀之所以多次相助石昊，也是柳神让它照料石昊一二。
只是五色雀最初的身份，还是没有具体交待。
鸟爷和精璧大爷的来历？
鸟爷和精璧大爷是虚神界的两个老头，但两人原本不属于虚神界，真身在外界某一地。
到石昊成为仙王巨头后，炼出无上仙丹复活了天下第二和仙金道人。让石昊等人惊呆的是，这两个强横的仙王竟然是虚神界那两个嘻嘻哈哈、没有正形的老头。
这两人确实是强者，勇冠世间的仙王级别强者。天下第二是龙族中的一个重要支脉，当年跟真龙争霸时，半招惜败，才名为天下第二；仙金道人则是仙金通灵的王者，坚固不朽。这两人在仙古末年跟异域诸王争锋时重伤垂死，主元神意外入了虚神界，本体则是分别留在了三千州边荒的天兽森林和神药神脉，但有残存的灵魂印记保留下来了肉体。
鸟爷和精璧大爷在虚神界已经一个纪元了，早已经迷失了。石昊以帝落时代古丹方炼制的仙丹又有唤魂的作用，而鸟爷和精璧大爷的元神不曾溃灭，很容易就复活了，成为石昊的两大帮手。
柳神的来历？
柳神是完美世界最神秘的人，也是石昊第一位恩师，是石昊苦苦追寻的人。
在完美世界中，分为人道领域和仙道领域。到仙道领域后，分为真仙、仙王、准仙帝、仙帝四个境界。不过，准仙帝、仙帝屈指可数，仙王就是强横的战力了，同时仙王又分为普通仙王、绝顶仙王、仙王巨头、无上巨头、帝光仙王。而柳神就是上纪元的仙王巨头，是仙古时代三千神国的祖祭灵，被无数生灵祭拜。
仙古末年，异域不朽攻伐九天十地。在那惨烈的大战中，无终仙王、轮回仙王都喋血，九天十地沦陷。柳神不甘，在举世皆敌的情况独自杀向异域，杀了个九进九出，纵横天上地下，沐浴敌血，杀的异域魔神闻风丧胆，谈之色变。不过，柳神也是遭遇重创而退回，选择了涅槃重生。
柳神涅槃之时，再遭到仙王敖晟、太始、元初等人以雷霆击杀。柳神沐浴雷海从天降落石村，实际上就是敖晟等人施展的雷霆轰击，那无上的法则导致柳神身体毁掉，只留下残根，扎根在了石村，成为了石村祭灵。
初落石村的柳神已经生机断绝，靠着吸收扎根之处的神骸才恢复了一丝神力。又历经十几年的沉寂期，柳神才抽出一根枝条，恢复了一点生机，活了下来。不过，四大生灵争夺山宝血洗大荒十万里时，柳神还没有复原，只是带着石村迁移了十万里。
三世铜棺的来历？
三世铜棺是完美世界最神秘的无上至宝，分为三口，最里面是一口自古长存棺。
在完美世界中，并没有真正揭开三世铜棺的秘密。对于这神秘的三世铜棺，只有禁区之主说过那是强者的蛰伏地，不是葬地，而是修养之所。后续的《圣墟》中，才是真正揭开了三世铜棺的来历。
完美之中最强是仙帝，而圣墟中在仙帝之上还有祭道、祭道之上的强者。那是创世之初时，有一个祭道之上的强者，他祭掉所有后病入膏肓，就炼制了三口青铜棺，将自己埋葬在了高原。后来，高原塌陷，三世铜棺流落世间，尸骸仙帝、石昊、叶凡、无始大帝、狠人大帝、楚风等强者都与三世铜棺有所牵连。