唐绍仪将费尽思量才拟定的名单提交到临时参议院，进入投票程序，结果交通总长遭到否决，唐绍仪随即提名立宪党中的名土汤寿潜为候补人选，同样没通过，无奈之下，唐总理只好亲自上马，兼任交通总长—职。
陈其美在辛亥革命时占领上海，随后拥军自立为沪军都督。从区域建制上看，当时的上海只是道一级别，隶属江苏省。陈其美得知自己被推选为工商总长，认为这是江苏都督程德全与唐绍仪的阴谋，设置虚职，剥夺他在沪的军政大权。所以，他自始至终没有赴北京就任。刚刚步入而立之年的宋教仁对区区农林总长一职不甚满意，他年少气盛，雄心勃勃地想自己组织内阁。还没正式赴北京任职，他就三番五次向唐绍仪请辞。财政总长熊希龄意识到草创的民国财政困难，棘手问题多如牛毛，心中也打起了退堂鼓。
由于各种各样的原因，新任的国务员们迟迟未动身前往北京履职，唐绍仪拿出了十二分的耐心，四处游说，好言相劝，希望大家放下一时的小算计，共图大业。袁世凯也不断发电报催促。身在武昌的副总统黎元洪适时通电南京的国务员们，力劝他们迅速北上。电文言辞恳切，声泪俱下，在舆论界引发了轩然大波。各地报纸纷纷发表文章，不惜版面，浓墨重彩，或劝说，或斥责。国务员们在各方的压力下，终于启程赴京。
随即，南京临时参议院迁往北京，并由各省议会重新选出新的参议员。新的参议员又重新选举吴景濂为参议院正议长、汤化龙为副议长。
至此，大总统、内阁、参议院人员基本就位，民国的政治架构搭建完毕，虽然这一切显得那么仓促、草率，但是在短短数月内就完成了从专制帝制向民主共和体制的转变，实属不易。
早在1874年，唐绍仪作为清帝国派往美国留学的第三批幼童之一，入哥伦比亚大学深造，身在民主共和的环境中，耳濡目染，其政治主张与南方革命阵营相近。在组阁的过程中，他确实与革命党交往甚密，在袁世凯面前为南方阵营的利益据理力争，这些行为当然会招惹北洋系人物的不满，他们纷纷向袁大总统报怨唐的不是。唐绍仪似乎对自己和袁世凯的关系充满自信，对流言蜚语不屑一顾。然而，众口铄金，再铁的关系也经不起持续不断的耳旁风，听得多了，难免心生间隙。
按照《临时约法》的规定，大总统发布命令，必须经过国务总理签署才能生效——这是南京临时政府为防范袁世凯专权而设置的—道“紧箍咒”。正是这一制度设计给唐绍仪带来无限苦恼。袁世凯举荐唐绍仪为国务总理的初衷是让他协助自己处理政务，而唐绍仪偏偏不甘愿充当袁世凯的棋子。由于政见不同，总统和总理经常起争执。
譬如，在内阁人员的安排上，唐绍仪主张南北兼顾，以便调和矛盾，袁世凯却恨不得多多安插自己的心腹。袁世凯还越级指挥段祺瑞、赵秉钧等人，把唐绍仪架空了；赵秉钧等人也不怎么把他这个总理放在眼里，经常不出席国务会议，弄得唐绍仪尴尬无比。
袁世凯在大总统的位置上也浑身不自在，唐绍仪原本是自己多年的属僚，现在自己反而要受其约束。唐绍仪又和南方革命党打得火热，处处为他们争取利益，难免让袁世凯觉得他“吃里爬外”。由于袁世凯所受约束过多，他颁布的大总统令往往得不到有效执行。参议院的参议员们大多是年轻人，从政经验不丰富，个个以振兴国家为己任，认死理，往往为某些条文争得不可开交，导致行政效率低下。这让早就习惯“凡事自己说了算”的袁世凯感到很不爽。
导致唐绍仪出走的导火索是直隶总督的任命问题。辛亥革命后，各省都督多为各省谘议局推选出来的，而且流行本省人担任本省都督的做法。根据这—成例，直隶通县(今北京通州)人王芝祥被拟推为直隶总督。王芝祥是前清将领，辛亥革命时服从革命，与革命党走得近。直隶省是北洋新军的核心地盘，直隶总督是各省总督之首，号称“天下第一督”，晚清重臣曾国藩、李鸿章都曾官居直隶总督，袁世凯怎么可能把这么重要的位置让给“外人”。唐绍仪却再—次与南方阵营站在了一起，同意由王芝祥出任直隶总督。他向袁世凯汇报了这件事，袁世凯未置可否，只是让王芝祥来北京。唐绍仪以为袁世凯同意了。
王芝祥很快就到了北京。当唐绍仪请大总统发布任命的时候，得到的却是北洋军将领严词反对王芝祥督直的通电。袁世凯把电文递给唐绍仪，唐绍仪看后虽大为光火，却也无可奈何。军人干政在民国的政治生活中是稀松平常的事。
随后，王芝祥单独面见袁大总统，并满口答应了大总统给他安排的新职位——南方军宣抚使。当王芝祥拿着任命书请唐绍仪签署的时候，唐绍仪竟丝毫不知情。他这个内阁总理被撇得彻彻底底、干干净净。他怒火冲上了脑门，拒绝在任命书上签字。王芝祥只好拿着未经签署的任命书去南京就任。
事情发展到边—步，他这个内阁总理已是形同愿没了。他决定出走，经过一夜的辗转思量，天微亮之时，他就叫了一辆人力车，直奔火车站而去。他以这种固执而草率的行为，表达了自己对民主政治的坚守。