古人称阴茎和睾丸为“外肾”，其形态和功能与肾关系密切。本病的病因与先天发育不全，或病后肾虚，或因少年手淫过度导致肾精不足有关。中医认为阴茎短小多因先天禀赋不足或后天损伤肝肾、致阴茎失养而引起。按《棠问·上古天真论》观点，男性生殖器官的发育，生殖机能的形成与维持，都与“天癸”这种物质有密切的关系。而“天癸”来源于肾中精气，故阴茎短小的原因主要责之于肾虚。肾阳虚衰，命火不足者，外肾失于温煦而不生长;肾精不足，阴液亏损者，外肾无所营养，以致与同龄人相比，阴茎显著短小。此外，肝主宗筋，肝之经脉抵少腹.络阴器，肝经血脉瘀滞者，亦令宗筋不长，阴茎短小。
中医认为，要想改善阴茎短小的症状，不可急于求成用大补之药，而要循序渐进，持之以恒。且肾虚的调养，更要注重标本兼治，才能从内而外改善体质状况。肾虚了的男人，不持久，疲软，阳痿，易早泄遗精，难以满足性伴需求，自然也谈不上夫妻之间的“幸福”了。中
医认为其治疗思路以补肾益精为要。补肾壮元汤补肾壮元汤出自《中国男科秘方全书》。
组成：附片6克，淫羊藿10克，葫芦巴12克，熟地、仙茅、巴戟天、阳起石、白术、党参各10克，怀山药12克，鹿角霜10克，肉桂6克，甘草3克。
服法：水煎服。每日1剂，分2次服。2个月为1个疗程。
功效：温肾壮阳。
主治：肾阳不足之阴茎短小症。症见阴茎短小，副性征发育差，腰膝酸软，手足不温，阳事不举，舌质淡，苔薄白，脉弱无力。
附片：附片为乌头块根炮制后的成品。有回阳救逆、温补脾肾、散寒止痛、温阳逐寒的功效。
淫羊藿：能增强和保持正常的肾上腺皮质功能和免疫功能。在方子中发挥补肾阳，强筋骨，改善阳痿遗精、筋骨疲软，增强性能力的功能。
葫芦巴：为豆科植物戎芦巴的种子。有温肾壮阳、散寒祛湿、滋精养肾的功效，可用于治疗阳痿、遗精以及早泄等疾病。
熟地：补血滋阴，益精填髓。
仙茅：是常用的补阳药物，性味辛，温，有小毒。入肾经、脾经和肝经。临床中具有补肾阳，温脾阳，强筋骨，祛寒湿的功效。
巴戟天：补肾壮阳，益精填髓，并能温阳化气行水，是大补的药材。
阳起石：益肾固精，补肾虚，以助巴戟天补肾壮阳之力。
白术：白术就是燥湿的，能燥湿健脾，专门对治水湿。祛中焦脾湿，能把中焦脾胃里的湿邪化掉。党参：健脾益肺，养血生津。
怀山药：味甘性平，入肺、脾、肾经，有健脾胃、补肺气、益肾精、滋养强壮之功。
鹿角霜：是一种中药材，是梅花鹿或马鹿等的角熬制鹿角胶后剩余的骨渣。有温肾助阳之功效。
肉桂：性大热，味辛、甘；归肾、脾、心、肝经四个脏腑的阳气。药性也比较热，被称为中医界的“阳气库“。
甘草：泻火解毒、引药达经，调和诸药。
补肾壮元汤经过数百年的实践证明，对于肾虚所导致的阳痿、早泄、阴茎短小等问题有明显的改善作用。