康熙二十四年。新年伊始，圣祖和他的重臣讨论进兵雅克萨。经议，定于四月末水陆并进，力争招抚，否则，即以武力攻取，倘万难克取，即遵前旨毁俄人所种田禾，然后回师。
为保证此次军事行动的胜利，圣祖决定选取投诚的福建藤牌兵500人前往助战，从京城拨给2000匹马，盛京再给2000匹马。圣祖重新任命都统公彭春统兵，副都统班达尔沙与护军统领佟宝为参赞；命户部待郎萨海，仍负责屯田种地，以保证军饷不误时，就地取粮。攻取雅克萨的战斗迫在眉睫。
按预定计划，于四月二十八日，清军已陆续赶到黑龙江城集结，总计3000人左右。兵力不算多，但却来自全国各地，包括：北京、盛京、乌喇、宁古塔的满洲八旗兵；山东、河南及山西等地的汉军，以及黑龙江本地的索伦兵等，组成了一支精锐部队，在都统彭春的统率下，离开集结地，水陆并进，直趋雅克萨。
五月二十二日，清军已抵雅克萨城下。按照圣祖的多次指示，彭春等先向城内的俄军发出了“招抚”的最后通牒：必须放弃抵抗，向清军投降，撤回到雅库地方，放还我方的逃人，我方亦将你们全部遣归，若执迷不悟，必将雅克萨毁尽杀绝。城中沙俄侵略军约近千人，“恃巢穴坚固，不肯迁归”，企图负隅顽抗。
于是，第二天，清军分水陆兵为两路列营，将城包围起来。二十四日夜，将“神威将军”大炮等火器排列于阵前，至次日黎明，彭春下令攻城，水陆并进，用大炮猛轰，火器齐发，击中城内目标，浓烟滚滚，俄军死伤惨重，所建粮仓、教堂、钟楼等建筑都被轰塌。
清军的猛烈攻势，很快摧毁了俄军的抵抗能力。几天的连续攻击，便迫使俄军头目托尔布津率残部投降，交还被其掠作人质的索伦、巴尔虎人160余名。彭春代表制延，给予宽大处理，释放投降的俄军回国。
路过长时间准备，一朝进兵，旗开得胜，一举奏凯。这是自顺治初年反击沙俄人侵以来，取得的最重大的胜利。攻雅克因有二次攻战，故史称此次为第一次雅克萨反击战。捷报传到北京，圣祖不胜欣慰，就此次成胜，他作了带有总结性的讲话：今征罗刹之役，似非甚要，而所关最钜。朕来政之后，即留意于此，细访其土地、形胜、道路远近，及人物性情…不徇众见，决意命将出师，深入挞代…
圣祖还总结历次进剿失利的原因，指出：当年明安达礼轻进，至“粮饷不继”；将军沙尔虎达、巴海等“失计，半途而归”，遂致“罗刹骄恣”，以至蔓延到今天，唯有细心筹划周详，才是胜利的保证。战后，彭春率师焚毁雅克萨城，便很快返回黑龙江城。圣祖及时发出谕旨：以进征官兵劳苦，”
九月二十七日，议政王大臣根据上述圣祖谕旨，将议定的几件事请示批准：据查，墨尔根地方最为紧要，应筑城驻兵，令黑龙江将军及副都统一员驻扎于此：黑龙江城设刷都统一员，须驻防50兵，以乌喇、宁古塔兵充实部分兵力，还有先前发来这两个地方的流徙罪人，让他们披甲为兵，也包括在500人之内。既设兵于墨尔根，就须增设驿站，开阔驿道，可令户部、兵部、理藩院各造官一员，自吉林乌喇——墨尔根——黑龙江城，宜增设几个驿站，经定议再报告。
圣祖对此，表示完全同意，并亲定副都统温代、纳素驻防黑龙江城，副都统博定筑城。战后的处置，圣祖和他的重臣考虑和安排，不可谓不周详。但是，他们犯了一个战略性的错误，这就是放弃雅克萨，没有驻一兵一卒，没有派官驻守，而是把军队撤到黑龙江中游的黑龙江城及更远的墨尔根，把雅克萨所在的黑龙江上游广大地区作为“弃地”而抛却。
还在准备发起反击战之前，圣祖就正确地指出：“我进彼退，我退彼进。”为防止沙俄卷土重来，圣祖作出决定：待雅克萨攻取后，要“设斥堠”于此。不幸的是，从前线将领到议政王大臣都没有执行圣祖的决定，连圣祖本人也没有坚持原先的主张，被胜利冲昏了头脑，麻痹大意，从雅克萨完全撤退，又给沙俄以可乘之机，再度返回雅克萨，迫使圣祖再度兴师，造成的损失是不言而喻的。
沙俄侵略军是在清军撤出一个多月后，即康熙二十四年八月，迅速返回雅克萨，先后两批，计500余名前来据守。其头目除一个叫拜顿的，另一个就是被清军释放的托尔布津，沙俄任命他为“雅克萨督军”，他把自己的许诺和保证忘得一干二净，不惜重蹈覆辙。
俄军吸取不久前的失败教训，在故址上重建城堡，四周环以土墙，高达三俄丈，四面筑有四棱突出的炮垒，配置火器；墙外挖掘环城的壕沟。该城三面是陆地，一面依江，在江中至江岸，专设一道拦江木栅，以防清军水师靠近城垣。俄军还来大批粮食、弹药火器及其他战略物资。清军撒走时，并没有毁坏庄稼，急忙退兵后，就没有人再想收获这些庄稼了。而俄军来时，庄稼已成熟，都被他们全部收割去了，做了储备粮。
第二年即康熙二十五年正月，萨布素派一支轻骑兵巡逻队前往雅克萨方面巡逻，途中遇到一名奇勒尔人，他把沙俄重占雅克萨的消息报告给了巡逻队。其领兵的骁骑校硕格色闻讯大惊，星夜急驰墨尔根，黑龙江将军萨布素对此消息感到震惊，事不宜迟，草就奏章，以加急的形式，指令驿站快速传递至北京。
圣祖得报，毫不犹豫地作出决定：萨布素所奏乃传闻之言，并非亲见，须探侦确实，再考虑用兵。等侦察到实况，已经是二月，于是，圣祖始下决心发兵，说：今“罗刹”复回雅克萨筑城盘踞，如不尽速剿扑，势必积粮坚守，图之不易。他命令萨布素：暂停向黑龙江迁移家属，如前所请，“速修船舰，统领乌喇、宁古塔官兵，驰赴黑龙江城，到达时，可留盛京官兵镇守，只率2000人马攻取雅克萨，另选现编入汉军内的福建藤牌兵400人，令建义侯林兴珠率往”，又派郎谈。
萨布素奉命，经紧急准备，于五月初，率军从黑龙江城出发，至月底，进逼雅克萨城下。史称此役为第二次雅克萨反击战。六月四日，萨布素指挥清军攻城。俄军头领托尔布津为争取主动，率军出城迎战，被清军击败，退回城中，清军直逼城下，迅速占据城外有利地形，将俄军置于清军的炮火之下。经数日激战，俄军已损失10余人，托尔布津被炮火击成重伤，这个顽固的殖民主义分子终致毙命。俄军已完全丧失反击的能力，龟缩在城里，外援已绝，坐以待毙。
清军于城周三面掘壕，临江一面驻扎水师，实行围困之策，断其粮饷来源，逼其投降。转眼之间，冬季已经来临。饥饿和疾病在城中蔓延，到年底，沙俄只剩下150余人。到十二月，眼看俄军支持不下去，城将被攻破。突然，萨布素接到朝廷关于停止攻城、解除围困的命令。
原来，沙俄明白用武力侵占黑龙江已成泡影，为摆脱厄运，被迫接受清朝多次的和平倡议，特派使臣前往北京，一扫往日的傲慢，请求解除对雅克萨的围困；同时，表示愿和好，并期待两国举行边界谈判。圣祖接受了沙俄求和的要求，便传令前线将士停止进攻，城内俄军可以随便出人，不得抢夺他们一钱一物，等待俄罗斯使臣到后再作处理。
第二次反击战以清朝的胜利而结束。虽说此次战争或许可以避免，但毕竟给予沙俄以深刻的教训，使其终于回到谈判桌上，协商解决问题。从这个意义上说，第二次反击战也是值得的。两次雅克萨反击战，规模不算大，或者说比较小，双方直接参战不过3000多人，最多时也不过4000人左右。与清入关后所进行的历次战争相比，只是小规模的战斗，谈不上很激烈，战争时间短促，第二次因围困，但也只有半年左右。
尽管如此，两次战争的政治意义和深远的影响却不容忽视。它是清朝之所以能战胜沙俄侵略军，除了圣祖调度有方，筹划得当，主要是利用平息三藩之乱后形成的有利形势，动员全国的军事力量，从而保证了战争的胜利。如果清入关后，全国还处于分裂割据状态，若干政治军事集团对峙，就没有实力反击沙俄入侵，若容忍沙俄在边境建城、筑堡、移民，其后果不堪设想。清朝统一了全国，就为抗击沙俄人侵创造了最好的条件。
清朝之所以能战胜沙俄侵略军，除了圣祖调度有方，筹划得当，主要是利用平息三藩之乱后形成的有利形势，动员全国的军事力量，从而保证了战争的胜利。如果清入关后，全国还处于分裂割据状态，若干政治军事集团对峙，就没有实力反击沙俄入侵，若容忍沙俄在边境建城、筑堡、移民，其后果不堪设想。清朝统一了全国，就为抗击沙俄人侵创造了最好的条件。
所以，从这方面说，清朝的统一也是一件好事。乍看起来，沙俄入侵对清朝远没有构成严重威胁。但它干扰了社会的稳步发展，破坏了全国的安定局面。清军战胜入侵者，进一步稳定了全国的政局，推动整个形势继续向好的方面发展。
两次雅克萨战争产生的直接结果，就是于康熙二十八年清朝与沙俄签订了《尼布楚条约》，这是历经近三年谈判桌上唇枪舌剑的反复交涉后，双方让步，互为妥协的产物。而清朝作出了最大的让步，迁就了沙俄的要求，才使谈判达成协议。这是有史以来中国同外国签订的第一个边界条约。它规定了中俄东段边界的走向及疆域的界限。从此，抑制了沙俄殖民主义的东侵与扩张，中俄东段边界保持了一个多世纪的和平局面。不仅东北地区获得了和平发展的机会，也促进了全国的稳定。
此外，圣祖还完成了一件大事，就是收降台湾郑氏政权，与大陆重归统一。圣祖于康熙二十二年派大将施琅向台湾进军，将台湾收人清朝的版图，设台湾府，求福建省，并设官治理，驻军防卫，标志着清朝实现了对中国的完全统一，无疑是把清朝的统一事业又推向前进。尤为重要的是，再次确认了台湾是中国的一部分，而通过清朝的统一和强有力的行政管辖，则把台湾与大陆融为一体，密不可分，既巩固了历代台湾与大陆的隶属关系，也防止了未来台湾从中国分离出去。
国家的大治，需要一个稳定的政权，安定的社会环境。圣祖朝平三藩，收台湾，消除了“内忧”；逐沙俄，划疆界，签协议，解除了“外患”，重建大一统。自明末以来，长达六十多年的四分五裂，社会的大动乱终于宣告结束，开始进入国家大治的新时期。