1973年，杨勇来到新疆，担任新疆军区司令员兼新疆自治区党委第二书记。鉴于杨勇所处的重要位置，江青为了树立她在新疆的个人权威，几次进行“感情投资”，但是杨勇却与她进行了不懈的抗争。
1974年6月以来，江青两次给杨勇寄来“绝密”信，信封的落款是“江青同志处”。信里面没有文字，只有几期中央政治局委员才能看的《国内动态》清样。杨勇并不是政治局委员，很明显，江青的此举是试探，也是感情联络。
杨勇对此很不屑，对秘书说：不看，退回去。杨勇还特别交代秘书要退回到中央办公厅，这让江青很没面子，便开始找机会报复。
此后，江青一伙又别出心裁，提出让她控制的新闻单位向各地记者列席省委和大军区党委的常委会，以便及时报道运动情况，对于到军队采访的记者要借给军装，发通行证，提供各种方便。杨勇对此十分反感，于是他向有关部门交代：凡是讨论问题的会议，一律不准记者参加，单纯汇报运动情况的会议，可以让他们听听。
除此之外，杨勇还在中央军委扩大会议上说：我不反对派记者，但光靠记者是不行的，是相信一个记者，还是相信一级党委？杨勇用自己的言行，对江青一伙的胡作非为进行了抵制。
1976年1月周恩来总理逝世后，杨勇主持新疆自治区党委和军区党委常委会，向中央请示在自治区给周恩来总理召开追悼，并派出新疆代表团去北京参加追悼会，在追悼大会上献花圈等，但是几次请示都没有得到“四人帮”控制的中央治丧办的同意。
杨勇对军区的郭林祥政委和自治区的艾买提等领导说：追悼会照开，先军区、后自治区，就这么定了，悼念总理犯什么罪？！硬是顶着压力召开了追悼会。
粉碎“四人帮”后，杨勇回到北京到西山看望了老首长邓小平，倾吐了自己对国家、民族未来的担忧，同时也希望老首长邓小平能够早日复出工作。1977年8月，杨勇依依不舍地离开了新疆，回到了解放军总参谋部工作，先后担任了副总参谋长、中央军委常委、副秘书长、第一副总长，主持总参的日常工作。
后来，杨勇回忆起自己在新疆的工作，虽然只有短短的几年，但是他尽了自己的责任和努力，问心无愧！