成吉思汗的横空出世，对于草原来说是一件大事，引起了一系列的连锁反应。反应最激烈的便是扎木合。他认为自己才是草原的可汗，不认可成吉思汗的可汗帝位。
扎木合弟弟名叫绐察儿，有一次，他带领军队去抢夺拙赤答儿马剌的牧场。拙赤答儿马剌毫无防备，被抢走了很多马和牛羊。但是，拙赤答儿马剌很快组织了军队追赶上来，追上了绐察儿，并且一箭射死了他。
扎木合闻讯狂怒。他弟弟的死也成为他和成吉思汗正式兵戎相见的导火索。他立志复仇。拙赤答儿马剌原本是临近部落札剌儿族的人，新近投奔了铁木真，扎木合以此为理由，向铁木真宣战。现在他的实力已经不如铁木真了，因此，他去联系了十三个部落，共同对付铁木真，这其中包括和铁木真分裂的泰赤乌。
当时，草原上总共有八大部落，即塔塔尔、泰赤乌、蔑儿乞、乃蛮、克烈、汪古部、以尼伦和迭列斤，其中主要有四大部落：
塔塔儿部：在蒙古部兴起以前，塔塔儿部是漠北草原势力强大的一个大部，位于呼仑贝尔湖附近，它的地域广阔，富饶美丽。塔塔儿部又称为鞑靼部，民族属性不明。
蔑儿乞部：蔑儿乞部是蒙古语族部落之一，他们居住在鄂尔浑河至色楞格河流域，应该属于蒙古族的分支之一。
乃蛮部：乃蛮部建立了先进的部落联盟，采用畏兀儿文字进行统治，并信奉西方传来的景教。乃蛮部居住于蒙古高原西部，控制着阿尔泰山附近的广阔地域。有关资料显示，乃蛮部和黠嘎斯人有关。
克烈部：克烈部居住在漠北的中心地带，是由六个部落组成的强大的部落联盟，因在风俗、语言、生活习惯等诸多方面受突厥部族的影响，常采用突厥的名字或称号。在当时，克烈部是漠北草原一个独立的大部，既顽强地抵抗着来自各大部的骚扰，又没有屈从辽、金的统治。
这四大部落，有的是蒙古人部落，有的是其他民族人的部落，共同控制着中国北方的草原。每一个部落又分为若干小部，总共有多少小部落，谁也说不清了。很多小部落又分为不同派别，各派别是最基层的团体，一起放牧，一起抵御外敌，由一个贵族统一管理。这就是为什么成吉思汗偷袭篾儿乞能够成功，他偷袭的其实是篾儿乞部落下面一个小部落的一小部分，而且对方毫无防备。篾儿乞整个部落是非常厉害非常强大的。部落之间经常交战，但是，在成吉思汗成为首领的这一短暂时间里，四大部落之间比较平静。扎木合也没有能力请到四大部落之中的任何一个部落参战，他的十三股力量，都是四大部落之外的小族群，十三股力量总共加起来有三万兵力。
成吉思汗很早就得到了密报，也展开了防御行动。他有一万左右兵力，主要包括和成吉思汗最近的乞颜部中，成吉思汗自家所属的奴隶、亲友等，这一部分由成吉思汗的母亲月伦率领。第二部分，是成吉思汗的护卫军为核心的乞颜部作战部队。这两部分算是成吉思汗的核心部队，除此之外，乞颜部的其他贵族也组织了军队前来相助。
成吉思汗率领本部直辖的一万余人马迎着扎木合的来路出发，沿途不断有其他部落的部队前来汇合。当他们到达答兰巴勒主惕的时候，人数也达到了三万之众。当晚，铁木真召开了会议，向各部首领下达自己的军事部署。他把这三万兵力分为十三个营，被称为十三翼。其中第一翼、第二翼是他的核心力量，分别由月伦和成吉思汗自己率领，三至十一翼是沿途赶来相助的乞颜部落，第十二、十三翼是其他部落，以撒察别乞、泰出两人率领主儿勤人为主。率军将领有答里台、阿勒坛、忽察儿、撒察别乞等人，这些人都是牧民中的贵族，是成吉思汗的直接支持者。
成吉思汗命阿勒坛、捏坤、答里台率本部军马以及撒察和泰出的主儿乞部为先锋，为了不使他们起疑，还派遣察合安兀阿率领他的捏兀歹部与他们一同出阵，全军以他的白旄大纛为准，统一进退，不得擅自行动。
扎木合率军赶到。两军狭路相逢。成吉思汗指挥应敌的时候，撒察别乞、泰出两人不知道怎么回事，行动迟缓。月伦和成吉思汗的军队冲在最前面，和对方短兵相接，其他乞颜部的军队渐次跟上加入了战斗，第十二翼、十三翼并没有加入，而是逐渐慢慢往回撤，并最终离开了战场，在主将的带领下，一溜烟跑了。
这两翼军队人数不很多，不参与战斗也不要紧，但是他们这一撤退，立即影响到了其他的军队，他们不知道发生了什么，军心不稳，也开始且战且退，最后一部分军队终于收不住脚，狂奔逃亡。
成吉思汗急了。这一战胜负不要紧，但是兵败如山倒，会有大量的士兵被屠杀。他赶紧叫亲兵挥动大纛，指挥军队撤退。紧接着，他和月伦也跳上马，跑在前头，带领军队沿着斡难河奔跑。
第十二翼、十三翼军队看到成吉思汗撤退的方向，也加入了进来，追随他们撤退。然而，十二翼几乎是擦着扎木合军队的阵头掠了过去，十三翼冲过来的时候，正遇上追击而来的扎木合军队。十三翼本来人心溃散，遇到敌人无心作战，被杀了个七零八落，绝大多数阵亡。因为十三翼吸引了大量的敌人，从而使成吉思汗成功带领另外的十二翼从容撤退。等到十三翼差不多全军覆没，扎木合回过头来追击时，成吉思汗已经跑出了很远，再也追击不上了。
成吉思汗把军队带到了哲列捏狭地，濒临斡难河驻扎。因为撤退及时，除了十三翼没能回来几个人之外，其他军队没有多少损伤。
扎木合获得胜利，心高气傲。他率领军队班师，路经捏古斯部。捏古斯部本来是跟着他的，后来投奔了铁木真，这让扎木合非常恼火，决定震慑一下他们，于是，他在捏古斯部的地盘上架起了70口大锅，全装满水，烧开，把所俘虏的70名孩童分别投进大锅，活活煮死。惨叫声撕天裂地，地面上阴风惨惨；死后的俘虏骨肉模糊，面目全非。这倒的确让捏古斯部的牧民们个个变色，人人恐惧。
草原上人口本来就少，战争的俘虏一般都不杀死，而是当做奴隶使用。扎木合处死俘虏，而且都是小孩，这事是少见的，违反规则的——约定俗成的规则，并没有谁明文规定，当时也只有乃蛮部等极少数部落有文字——他采取如此残酷的手段，尤其让人唾弃。这件事情之后，他邀请参战的十三支军队固然离他而去，他自己所属的牧民也纷纷离心，成群结队离开了他，其中绝大多数投奔了成吉思汗。成吉思汗对他们非常好。扎木合失去了几乎所有的民心。
成吉思汗采取的是和扎木合截然不同的方式。他争取所有能争取的力量，尤其是草原上的势力很弱的部落。他同情经常受人欺负、领地被人掳夺的照烈氏族，主动把锅和粮食分给他们。照烈氏部人对铁木真不胜感激，便主动率部归附，深情地对成吉思汗说：“我们像是无夫之妇，无主之马，无主之畜，我们将在你的恩德感召下，去讨伐你的仇敌。”就这样，许多弱小的部落民众纷纷投靠了铁木真。十三翼之战，成吉思汗虽然在战场上失败了，但在道义上、政治上却获得了胜利。这一战以后，成吉思汗的力量不但没有被削弱，反而进一步壮大了。