1482年，英格兰国王爱德华四世命胞弟格洛斯特公爵理查挂帅，全面入侵苏格兰，并称从法国来投的苏格兰王弟奥尔巴尼公爵亚历山大为“亚历山大四世”。他们在佛瑟灵海城堡与奥公签约，如果奥公成为苏格兰国王，则贝里克、洛赫马本城堡以及苏格兰南部的安南代尔、利德斯代尔、埃斯代尔和埃夫斯代尔都留给爱四；奥公朝觐爱四，并取消与法国的友好联盟；他还能代替自己的大侄子娶到爱四的女儿塞西莉公主，即使早先法国已经为他找了老婆。奥公甚至以亚历山大国王的名义签了自己的名字。
詹三在试图组织御敌时，被奥公的同伙贵族劫持，囚禁在爱丁堡城堡，近臣们被处决，之前袭击诺森伯兰的第五代安古斯伯爵阿奇巴尔德·道格拉斯很可能已经成了带头人。格公率英军杀进了爱丁堡，却不能攻克城堡，也没钱了，也不想趟政变的浑水，便去夺取了贝里克，也知足了，便撤军了，先前爱四支付的婚约嫁妆也都退回去了。
当奥公和英格兰人的约定的细节被披露，支持奥公为王的呼声就下去了。
叛乱贵族推举奥公为首组建新政府。奥公想收回自己失去的一切，还把亡弟的马尔伯国也收入囊中，结果激怒了其他觊觎马国的贵族。詹三趁机策反、分化，在叔叔们帮助下收买奥公的手下，最终重夺权力。奥公逃回了邓巴尔城堡，1483年想再次劫持兄长，未果。不久，爱四驾崩，奥公失去后台，把邓巴尔让给英军，自己南逃到英格兰。
1484年，奥公会合了早先被父王驱逐的第九代道格拉斯伯爵詹姆斯带了500骑兵一同杀回。当时的英王已经是当初的格公理查三世，他觉得其他事务更重要，所以入侵苏格兰的事他挂机了。奥公和九道自以为能原地得到老乡们的支持，结果却遭到老乡们的对抗，九道被俘，奥公逃回英格兰。同年，詹三为太子寻求迎娶理三的外甥女安妮·德拉波尔。
一旦结姻成功，奥公的安全谁来保证？1485年，奥公又潜回苏格兰，想寻找机会，结果自投罗网，被关在兄长曾被他关的爱丁堡城堡。然后，他开了男主挂，杀了看守，用床单做成绳子逃离，这一次逃到了法国。但同年，他就在与奥尔良公爵决斗时被杀。
1486年，教宗依诺增爵八世将一朵开光的金玫瑰送给詹三，这是每年只有一人能享受的殊荣。同年，玛格丽特王后驾崩，传言是被詹三的宠臣第一代博思威尔勋爵约翰·拉姆塞毒死的。
1486年和1487年，詹三提议与英格兰休战，并为次子奥蒙德侯爵詹姆斯与英格兰国王亨利七世的小姨子约克的凯瑟琳定亲。其实当时玫瑰战争已经大致结束，理三被亨七所杀，开创了都铎王朝的亨七为了巩固王位娶了爱四的长女伊丽莎白公主，所以他的小姨子凯瑟琳仍然是约克公主。
詹三真是善于定亲，然而他之前为妹妹玛格丽特定的亲，兰朝太子和约朝国舅，为太子定的亲，塞西莉和安妮，都没兑现。至于为什么俩儿子都叫詹姆斯，据说是因为老二出生的时候太子得病快死了，结果太子又活下来了。
1487年，教宗允许詹三及其继任者在大教堂和修道院出现空缺时自己任命候选人。
詹三并不想改变自己的作风，他重用出身低下不被贵族接受的近臣，住在爱丁堡懒得动，疏远了住在斯特林城堡的王后和太子。奥公夺权的时候见过他们，也许引起了詹三的猜疑。虽然苏格兰人很爱戴王后，但詹三和王后在一起只是为了繁衍。
1488年，詹三又升奥侯为罗斯公爵。这样罗公就更能吸引到其他家族的绣球，人们开始为太子的命运担忧。而五安仍然是反对派的头目之一。
哪怕罗公是太子的胞弟，这一年，传言詹三要对太子不利，反对派从斯特林城堡带走了太子，也就有了新的旗帜。
面对“太子党”的发难，詹三一方面求助于亨七，一方面寄希望于讲和，但随后又听了叔叔的话寻求武力解决，愈发导致了信誉的崩溃。这一次，他不得不离开爱丁堡，亲征斯特林，与叛军交锋，是为索奇伯恩之战。
于是詹三成为了第三代不得善终的詹姆斯国王，一说坠马而死，一说阵亡，一说受伤后被叛党格雷勋爵指使的牧师刺杀。
这样，太子就作为反对派的旗帜继位为詹姆斯四世。没有母后摄政也不是很要紧，他已经15岁了。尽管是被迫成为叛军之首，但他还是觉得没保护好自己的父王。他登基后，在腰间一直系着一条紧挨着皮肤的铁带，而且自觉地每年增加重量。而叛首们作为从龙功臣，也没有受到处罚，而是被加官进爵，比如五安，就成为了治理国务的重臣之一；博思威尔勋爵被废为庶人，但后来也复出入仕，可见他在詹四眼中并非杀母凶手。
詹三生前，太子的婚事总是跟着英格兰王室走，英格兰换了都铎王朝，詹四也就忘了和约克王朝的婚约，最终迎娶了亨七的大女儿玛格丽特公主，生下了后来的詹姆斯五世；玛格丽特守寡后改嫁五安的孙子第六代安古斯伯爵阿奇巴尔德，生女玛格丽特。所以詹五的女儿玛丽女王和小玛格丽特的儿子达恩利勋爵亨利这对怨偶同时也是表姐弟。另一方面，小玛格丽特的丈夫也就是达恩利的父亲第四代伦诺克斯伯爵马修·斯图亚特又是远支宗室，而且四伦的奶奶是詹三的妹妹玛丽长公主的女儿，外公是詹三的叔叔。
至于玛格丽特王后为什么会改嫁，当然是因为詹四步了三代祖宗的后尘，成为了第四个没有寿终正寝的詹姆斯国王。