故事一开场发生在1949年5月，保密局的负责人毛森有一份潜伏在上海的特务名单，他们分布在上海的各个行业，沉寂多年，需要挨个唤醒，是时候让他们出力了。
上海警察局的林少白和徐巍是好兄弟，解放以后，两人的命运发生改变。林少白阴差阳错地跟了公安路正阳合作，帮他破了几个案子；徐巍则跟了潜伏者郑兰亭，这个表面身份是民立小学的美术老师，代号叫“伯劳”的上海特工站站长。
毛森手里的那份潜伏者名单有二十人，其中就包括棉纺厂老板金昂昌。棉纺厂一开始也不是金昂昌的，是刘明俭的，金昂昌利用手段侵吞了棉纺厂而成为了这家厂子的主人，刘明俭变成了小小的经理，但解放后，刘明俭觉得时时候拿回自己的厂子了，用账本做要挟，让金昴昌还给他。
金昴昌的代号叫“白头翁”，郑兰亭派他的手下王力群去唤醒他时，金昴昌是不愿意配合的，他不想再卷入这些是非当中，只想守着厂子和女儿金妍一起过安稳的生活，但王力群有金妍作为要挟，金昂昌为了女儿的安危，只能答应替他们卖命。
表面上金昂昌答应当潜伏者，暗地里他找到江湖杀手江洋去刺杀王力群和郑兰亭，只有这样，他才不被威胁，才能解脱过安稳日子。
谁料杀手江洋还没有出手，王力群就被公安路正阳给逮住了，为了避免王力群招供，把他的身份供出来，所以金昂昌必须让王力群死，而王力群的上级郑兰亭却要营救他。
两方角力的展开之下，王力群还是死在了“自己人”徐巍的手里。
郑兰亭派徐巍去救王力群，王力群一向看不惯徐巍，一直害怕他顶替了自己的绝对地位，所以一直排挤他，但王力群太过于猖狂，徐巍干脆在营救的途中将他打死，他便成了郑兰亭的得力干将。
徐巍看似成了反派人物，替郑兰亭卖命，但实则他替代了王力群以后，才能获取到更多有用的信息，与他曾经的好兄弟林少白联手粉碎郑兰亭的“覆海计划”。
一开始林少白也不明白徐巍的苦衷，觉得是徐巍变坏了，他俩成为了敌对关系，但后来渐渐明白徐巍接近郑兰亭的别有用心，只有深入特工内部，才能真正掌握“覆海计划”的核心，并摧毁它。
郑兰亭的“覆海计划”，就是利用日本人小仓博士研制的超级炭疽病毒，将上海变成一座死城。
四年前的福州路老洋房爆炸案，路正远的好兄弟文添被炸死在那里，后来又让王力群劫杀了金胜银行的金库，策划邮政局纵火案等一系列的恐怖事件，拉拢手钩帮、水河帮这些黑帮组织的头目，不但有恐怖袭击，还要从经济上下手，目的就是要搞乱上海，让他们有机会重来。
在这一场明暗的较量中，是郑兰亭和路正阳的交手，但中间还插着一个金昴昌，这个非明非暗的人物。
一方面，他要找杀手江洋杀掉郑兰亭，另一方面，他又不得不用他的潜伏身份“白头翁”替郑兰亭提供资金支持，条件当然是帮金昴昌扫清他成为劳商会会长之位的阻碍。
此时，郑兰亭身边的危险不只是路正阳，还有金昴昌，更有心腹徐巍的潜伏联手木少白一起，摧毁了他的“覆海计划”，让计划胎死腹中。
金昴昌则在与郑兰亭的暗地博弈中，最终被郑兰亭活埋。
至于郑兰亭的下场，大家可想而知。徐巍虽然帮林少白立了功，但他之前帮郑兰亭办事，也犯下了那么多的恶果，终究也要承担起这个责任。
如果说徐巍一开始跟了郑兰亭是逼不得已，那么后来他帮林少白，则是出于兄弟情，在现实面前的觉悟，才不至于让郑兰亭的“覆海计划”成功，酿成大错，生灵涂炭。
法医金妍和小警察岑小满，她俩都属于剧情的点缀而已，华为二公主姚安娜的出场，似乎又给大家带来了欢乐，这应该是她继《猎冰》以后的第二次演警察吧，憨憨的样子，也挺可爱。
对于这部剧里诽议最多的，恐怕要属主演林少白的演员陈哲远了，他细皮嫩肉，唇红齿白的样子，着实不适合演谍战剧，在一帮老戏骨王志文、倪大红、铁骨铮铮的聂远身边，怎么看都像一个江湖白面油子的形象。
而适合金妍的演员邢菲，挺喜欢她之前在金庸的《飞狐外传》里演程灵素的角色，甜美柔情，在这部剧里演法医，看上去却有些违和。金妍最后的结局 ，应该是受父亲金昴昌连累而亡。
《暗夜与黎明》相比于之前爆火的《追风者》来说，都属于同题材的谍战剧，但《追风者》似乎更胜一筹，你们觉得呢？