孙应奎是明朝中期的一名官员，出生在河南承宣布政使司河南府洛阳县，于正德十六年考中进士，被授予章邱知县的职位。
嘉靖四年，孙应奎进入朝廷担任兵科给事中，上疏进言表示：“辅佐皇帝的大臣，必须是忠诚厚道、正直公正、心地纯洁且坚定不移的人才能胜任。”
“如今大学士杨一清虽然熟悉国家大政，但他性格中还有些许圆通，难以独当大任。张璁学识渊博但性格偏激，有些自负，但他还致力于功名，应当抑制他的过失而加以任用。”
“至于桂萼，他以枭雄桀骜的性格，作威作福，收受贿赂，压制气节之士，私自结党营私，权势侵占了六部官员的权力，气势压制了言官，天下人都对他怨愤不已。请求陛下鉴别这三位大臣的贤能与否，以确定他们的任用与罢免。”
孙应奎说这番话的意图实际上是偏袒张璁，但嘉靖皇帝却因为他的奏疏，安抚挽留了杨一清，同时告诫了张璁和桂萼。
不久之后，朝中大臣王准和陆粲联名弹劾过张璁和桂萼，理由是张璁和桂萼在朝中结党营私，招权纳贿，损害了朝廷的清明和公正。
这次弹劾行动虽然引起了朝中的震动，但最终的结果却并不如人意。 张璁和桂萼虽然受到了一定的打击，一度被罢免相位，但并未被彻底铲除。相反，他们在事后展开了反击，污蔑弹劾他们的首辅杨一清，使得杨一清最终也不得不请辞归乡。
在此期间，孙应奎因为首先上疏抗争而没有受到惩罚。
没过多久，孙应奎又弹劾吏部尚书方献夫，指责其在选拔官员时偏向自己的亲友，如大理少卿冼光和太常卿彭泽。
孙应奎还指出方献夫涉嫌收受贿赂，并破坏了选用官员的常规。例如：方献夫曾把张璁厌恶的浙江参政黄卿调到陕西，并让张璁所喜欢的党以平取代了他的职务。
嘉靖皇帝颇为采纳他的意见，但并没有立即罢免或者处罚方献夫。随着方献夫找来汪鋐助阵，孙应奎的议论便因此被驳斥。
之后，孙应奎升为户科左给事中。行人孽侃因为建言而触怒了皇帝，被下到廷尉处受审，言辞中牵连到了张璁。
孙应奎与同僚曹汴让张璁回避，并上疏说明了情况。嘉靖皇帝发怒，将孙应奎下到狱中，但不久后便释放了他并恢复了他的职位。
嘉靖十一年，朝廷对天下官员进行大考核，王准被贬为富民典史。
孙应奎上疏说汪鋐为张璁、桂萼修郤，诬陷王准不谨慎而将他罢免。他请求恢复王准的官职，并责罚汪鋐，以此作为结党营私的警戒。吏部尚书王琼也说王准应当被罢免，于是孙应奎被贬为高平县丞。
孙应奎后来经过多次升迁，担任湖广副使，负责监督采集大木，因为连累又被逮捕。不久后被释放。
孙应奎历任右副都御史，巡抚顺天。后被召入朝廷处理院事，升为户部侍郎，进而成为户部尚书。
在明朝嘉靖三十年，由于俺答汗多次入犯边境，明朝的军事压力骤增，军报频繁地征兵征饷，以应对边境的紧张局势。为了应对这一紧急情况，时任户部尚书的孙应奎提出了加派赋税的建议。
除了北方各府以及广西、贵州之外，其他地方根据土地的贫富情况，突然增加了一百十五万多两银子，光是苏州一府就达到了八万五千两。
御史郭仁是吴地人，去找孙应奎请求减少赋税，但孙应奎没有同意。
郭仁于是弹劾孙应奎，孙应奎上疏辩解。
嘉靖皇帝认为郭仁不应当偏袒自己的同乡，将他调到了外地。
不久之后，国家的经费仍然不足，孙应奎上言说：“今年收入二百万两银子，但各边的花费高达六百余万两，一切取财的方法都已经用尽了。请命令各部的官吏、儒士、厨役、校卒等，都裁去冗员。
而我部门出入的盈亏数目，也综合其大纲，列出账目呈给皇上，让各部门都知道为国家节省钱财。”
嘉靖皇帝批准了他的请求。
嘉靖三十一年正月，皇帝命令孙应奎详细列出京边备用的草料和粮食的数量。
孙应奎说：“自从我进入京城到现在，计算正税、加赋、余盐等共五百多万两外，其他地方搜刮的又有四百多万两。”
“而从各边支出的除了每年例行的二百八十万两外，新增的又有二百四十五万多两，加上修边、救济等工程又花费了八百多万两。”
嘉靖皇帝因为耗费太多，怀疑有贪污冒领的情况，于是分派科道官前往各边核实。
给事中徐公遴弹劾孙应奎粗疏自用，于是孙应奎被改任为南京工部尚书，由方钝代替他。
各边的军饷银继续增加。方钝无法想出办法，请求让各位大臣上奏理财的策略。
共实行了二十九项策略，但这些策略都过于琐碎，伤害了整体大局。孙应奎因此被调到户部，最后辞职回家，去世。
孙应奎作为谏官，多次冒犯权贵，以风节自勉。但晚年担任计曹官员时，却采取了一切苟且之计，使他的功名大损于前。