事实上，有关洪秀全死后的尸身处理问题和安葬地点，一直存在着争议。原因就在于，参与剿杀太平军的多支清军竟然得到了不一样的答案。
1864年7月，天京城被攻陷后，洪秀全之子洪天贵福虽然一度突围出城，并与洪仁等救援军队汇合，但仅仅两个月的时间，这支企图另寻根据地的太平军就在清军的连续打击下崩溃，洪仁与洪天贵福先后被俘遇害。
而在洪天贵福被俘时，贪生怕死的他恨不得把所有知道的情况全部供述出去，以此来换取一条生路，在有关父亲洪秀全是否死亡以及死后的埋葬地点的话题上，洪天贵福也给出了答案：洪秀全已经死亡，尸体埋在了御林苑东方岭的一座山上。
由于洪天贵福的被俘地点在江西，且天京城早已被曾国藩的湘军攻陷和屠城，抓获洪天贵福的清军将领席宝田也无从证实他的说法，也只是将这段内容记录在案。
但在两个月前，攻进天京城的各路清军部队在上报奏折时，有关洪秀全埋葬地点的记载却出现了这样的内容：洪秀全的尸体埋葬于天王府金龙殿的一处院墙之内。
尤其是湘军在挖掘过程中，对洪秀全遗体的描述还留下了这样的记录：
头秃无发，须尚全存，已间白矣。左股右膀，肉犹未脱。
由于洪秀全在1864年6月1日死亡，7月19日湘军攻入天京城，又在多日后找到洪秀全的遗体。由于时隔近两个月，洪秀全的遗体自然已经处于高度腐烂的状态，尤其从清军官员的记载来看，洪秀全的尸体只有一部分还有肉体尚未腐烂，也就是说，此时洪秀全的遗体已经处于半腐烂状态，即一部分已经白骨化，另一部分还没有呈现白骨化。
但也就是这样的记录，随后引起了清朝朝野一些官员的质疑：
1、既然尸体已经腐烂，进城的湘军是如何确认这具尸体就是洪秀全？
2、在湘军的挖掘过程中，他们只提到自己在院墙里找到一具遗体，但遗体本身没有棺木，埋葬地点更找不到任何陪葬品。纵然洪秀全是个草头天子，但毕竟是一个政权的帝王，难道埋葬时连棺木和陪葬品都没有？
3、也同样接上面的疑问，洪秀全死亡时，尽管天京城被湘军团团包围，可毕竟还有偌大的城市。话说洪秀全的埋葬为何如此草率，只是简简单单的埋在院墙里？况且哪有将尸体埋在自家院子里的做法？
而对于这些疑问，湘军方面也曾经给出过一些解释。尸体挖掘出来后，清军将俘获的一名黄姓女子带到现场进行辨认，因为她是天王府的女官，曾经见过洪秀全，也声称自己参与了针对洪秀全的埋葬工作。根据她的供述，挖掘出来的这具遗骸就是洪秀全本人。
可她到底有没有参与洪秀全的下葬工作？以及她是如何根据一具腐烂的尸体来辨认是否是洪秀全本人？湘军解答的背后，似乎也存在着一些疑问。
至于后面两个问题，湘军方面也给出了解释，由于洪秀全迷信上帝教，所以并不推崇封建帝王的埋葬方式，甚至在一些被俘太平军将领的供述中，也提到了洪秀全生前要求下葬时不要装入棺木的说法。既然没有棺木，又信奉上帝教，那洪秀全不安排陪葬品的做法，自然也合情合理了。
当然，就算存在陪葬品，在湘军入城所展开的屠杀和抢劫中，这些物品也早就不复存在。
三日杀贼十万余人。秦淮河，尸如麻，市自伪宫，房付一炷，烧房万间，尽吞尽物。
从曾国藩记载的日记来看，天京城被攻破后，湘军展开的屠杀和抢劫行为完全不亚于70年后的日本人。三天杀人十几万，杀人的效率甚至超过了后者，而在杀人的同时，城内的房屋尽毁，城内能抢到物品全部遭到抢劫。倘若洪秀全的陪葬坑真的存在陪葬品，在湘军如此疯狂的搜杀之下，还会有幸存之物吗？
所以部分清朝官员怀疑，湘军上报的有关洪秀全尸体挖掘的情况，很有可能是曾氏兄弟为了掩盖抢劫而胡编的内容。纵然洪秀全信奉上帝教，但仔细观察他进入天王府后十几年来的生活，这位嘴上喊着信奉上帝的洪秀全却没有按照西方宗教来要求自己。老婆多的数不清，天王府的规模甚至大过故宫，洪秀全生活的奢侈更远超清朝皇帝，试问这样一个帝王在死后没有陪葬品，这似乎也有点说不过去。
可作为儿子的洪天贵福，他给出的内容为何与湘军的挖掘内容存在争议？这也是一个让后人实在无法理解的疑问，正因为如此，针对洪秀全死后的埋葬问题，也存在着不同说法。
1、洪天贵福说的是对的，洪秀全的确被埋在一个山上，并且至今没有被找到。
2、洪天贵福有可能没参与现场的埋葬工作，加之16岁的他年龄尚小，没有怎么出过天王府的他由于对南京城的地理情况不了解而记错了位置，湘军在天王府内挖到的那具遗骸才是洪秀全本人。
3、找到洪秀全的遗体后，他的埋葬地点有可能真的什么也没有，曾国藩便按照众所周知的处理方式，将洪秀全的尸体重新火化，并将骨灰装到大炮内轰了出去，来了一个真正的挫骨扬灰。
或者洪秀全的埋葬地点有大量的陪葬品，曾国藩将这些物品洗劫一空，又将洪秀全的遗体进行破坏，以此彻底的毁灭痕迹！