1927年4月12日，蒋介石在上海发动“四·一二“政变，大肆屠杀共产党人和进步群众；4月18日，蒋介石在南京宣告成立新的国民政府，正式与汪精卫为首的武汉国民政府分庭抗礼。消息传到武汉，立即遭到一致反对和声讨，在武汉的国民党中央和国民政府陆续发表声明，开除蒋介石的党籍，撤销其一切职务，通电全国将士捕获蒋介石，按反革命罪惩处。
武汉国民政府原本占据绝对优势
最初誓师北伐的国民革命军8个军里，蒋介石虽然也掌握了第1军和李宗仁第7军等武装，并收编了20余万北洋军阀降兵，但由于江浙地区是奉系军阀张作霖和直系军阀孙传芳攻击的重点，因此其军队主力仍在向北方进攻，滞留长江以北的淮阴、蚌埠、海州（今江苏省连云港市）、徐州等地，在南京周边的兵力十分有限。
相反，武汉方面由于有冯玉祥国民军配合，面对的直系军阀吴佩孚势力已经土崩瓦解，可集中兵力东向。当时，朱培德第3军、唐生智第8军及第4军张发奎部都愿意听从武汉方面指挥，加上共产党在两湖地区掌握的各地农民武装，在兵力对比上具有绝对优势，只要顺江东下，就可一鼓作气消灭蒋介石政权。
江西、湖南等地驻军先后叛乱
可惜，当时武汉国民政府的首领是汪精卫这个软骨头，他担心长江上游弋的英美军舰阻挠，迟迟不敢下进军决心。同时，蒋介石也并未束手待毙，他派出亲信四处活动，重金收买武汉国民政府所辖部队的将领，百般拉拢。5月17日，武汉国民政府所辖驻宜昌独立第14师叛乱，意图勾结四川军阀杨森反攻武汉。
5月21日，驻守长沙的第15军第33团团长许克祥发动“马日事变”，大肆捕杀共产党人和进步群众；不久，江西省省长兼第3军军长朱培德倒戈，将境内所有共产党员“礼送”出境；6月29日，驻湖南的第35军军长何键发表反共训令，公开支持许克祥，扣留了国民党左派领袖邓演达等人。
武汉国民政府三面被围，只能北上
此前，蒋介石就占有浙江、福建全部和江苏、安徽大部，此番随着江西、湖南等地驻军的倒戈，地盘和军事力量都超过了武汉方面。加上四川各类军阀和两广的李济深、黄绍摩两部支持，已经从东、西、南三面对武汉形成了合围之势。面对三面受敌的困境，武汉国民政府更加无心东征，转而全面采取守势。
经过一番商议，武汉的国共两党认为，只要继续坚持北伐，与北方的冯玉祥国民军和阎锡山晋军会师，就可以集结足够力量挥师东征和南征，重新占领上海、南京，夺回东南各省。6月初，武汉国民政府以伤亡1.4万人的代价，在郑州实现了与冯玉祥国民军的会师，可惜在蒋介石50万重金和每月20万军饷的拉拢下，冯玉祥这一宁、汉以外的最强势力，最终倒向了蒋介石一方。随后，一贯见风使舵的阎锡山也投靠南京政权。
汪精卫在武汉见大势已去，遂从前线召回唐生智10万大军，于7月15日宣布分攻，并在“宁可错杀3千，绝不放过1个”的口号下，对昔日的盟友进行了血腥屠杀。