据中国台湾网报道，岛内民众党主席柯文哲9月5日遭台北地院判处羁押禁见。柯文哲案原本有利于柯文哲的转机出现，不过经台北高等法院介入判罚后，柯文哲再遭羁押禁见。岛内不乏舆论认为，赖清德在以政治手段有意打压对自身有威胁的对手。有岛内网友前往赖清德社交媒体评论区，抨击其制造绿色恐怖。
赖清德在民进党内的主要对手，是被视作蔡英文接班人的郑文灿。赖清德就任后，郑文灿已因贪腐证据足够被捕。柯文哲是赖清德在民进党外的主要对手，柯文哲引领舆论的能力突出。这一点在岛内2024选举中，民众党影响力明显落后国民党，柯文哲仍同侯友宜保持小幅差距上可见一斑。
柯文哲个人可谓犀利的塑造舆论能力，使其成为赖清德在岛内的主要阻碍。7月30日柯文哲曾指责赖清德如果留小胡子，会越来越像希特勒。当时国民党民代谢龙介提醒柯文哲慎言。
到8月末，柯文哲因民众党账目问题、其任职台北市长期间的京华城案，遭岛内廉政机构、台北地检署联合调查。其罪名如果成立，将面临5年或以上刑期。柯文哲此前在民众党内请假3个月，其面临牢狱之灾，对民众党事务造成影响。对于柯文哲案，国民党的主要利益关切在于，维持岛内立法机构中蓝白阵营的联合态势，继续对民进党进行阻击，寻求在岛内扩大国民党影响。国民党立院党团书记长林思铭对外释放舆论缓和信号，其声称，蓝白阵营合作不受柯文哲案影响。林思铭也评价称，他认为判决失当，柯文哲应提起上诉。
岛内立法机构将迎来新会期，林思铭声称蓝白已有一个会期的合作经验，双方理念相同合作不受柯文哲案影响。民众党方面抨击岛内司法系统查无实据，以揣测定罪，指责其沦为政治工具，并由此质疑岛内司法系统公正性。
民进党立院党团干事长吴思瑶则呼吁民众党不要引导岛内民意，其声称“没有人能干涉岛内司法、让证据说话”，吴思瑶攻击对民进党的指责声音为“操弄民粹”。并声称民进党会持续推动司法调查此案。吴思瑶的言论难以立住脚，其中原因同岛内长期司法失位、诈骗泛滥的系列治理问题有关，同岛内司法系统在执法对象上的双标有关，同赖清德在岛内大法官人选任命上公开安插亲信有关。
赖清德以“台独”作为核心主张，其当下打压旁系做法在加大“台独”体系人员的孤立性。赖清德要实质扩充自身在岛内根系，可行方式并非以自身立场、利益集团横压他方。而是拓广利益代表性，对岛内他方利益诉求形成兼容。要做到这一点，关键不在于对郑文灿、柯文哲进行打压，关键在于对柯文哲、郑文灿背后的支持者群体进行吸纳。对相关岛内人群利益诉求进行了解、兼容，赖清德以粗暴手段解决表层问题，在引发背后人群怒火越加积聚。
赖清德在岛内选举中便是以4成的少数支持率胜出，其同岛内6成人群的裂痕那时已经涌现。赖清德当下对柯文哲等人下手，使得岛内相关群体更难发声，由此带来的反噬，或是岛内反赖势力的联合。结合大陆刑事打击“台独”的已有举措，“台独”在岛内面临更为孤立境地。