近日，山东农业大学孙晓勇教授团队在《Nucleic Acids Research》database issue在线发表了题为“PlantCircRNA: A comprehensive database for plant circular RNAs”的研究论文。山东农业大学在读硕士研究生和树天与本科生邴建皓为本文并列第一作者，孙晓勇教授为本文通讯作者。
环形RNA(circ RNAs)是一种特殊类型的非编码RNA，CircRNAs是由3′端下游供体和5′端上游受体经反向剪接形成的闭合环状分子，普遍存在于真核生物中。circRNAs结构稳定，具有重要的非编码功能，在调节基因表达和各种生物学功能方面起着重要作用。circRNAs在植物体内也起着重要的调控作用，影响植物的根、茎、叶、花、果实以及其他器官生长发育。为了帮助学术界研究植物环形RNA，该团队对94种植物进行了系统的分析挖掘，构建了一个目前世界最大的植物环形RNA数据库：PlantCircRNA (https://plant.deepbiology.cn/PlantCircRNA/)。
PlantCircRNA是一个涵盖94种植物的大数据平台。这一新资源不仅对39,245 RNA-seq 样品进行了分析挖掘，提取相关环形RNA数据，还将前期课题组构建的AtCircDB和CropCircDB进行了整合。针对组织特异性和各类胁迫，平台都进行了系统的标注和梳理。另外依据81篇文献，平台对学术界已经发现的环形RNA进行了进一步标注，并提出了detection score算法支持数据的可靠性。该研究为学术界提供一个最为全面的植物环形RNA大数据平台，对研究植物环形RNA具有重要的应用价值。
该研究得到了国家自然科学基金面上项目的资助，学校超级计算中心提供了算力支持。
论文链接：
https://doi.org/10.1093/nar/gkae709
来源：山东农业大学