在谷氨酸发酵生产过程中，生产厂家最为难的是遇到谷氨酸发酵染菌，发酵罐一旦染菌，就会造成减产或无产现象的发生，预示着谷氨酸发酵生产的失败，谷氨酸生产厂家也都以预防为主，防止发酵罐染菌的发生，所以只有在充分了解染菌原因的基础上才能更好的预防。
在谷氨酸发酵生产中，通常所说的染菌包括两种：一是感染谷氨酸噬菌体，也是最严重的一种染菌，发酵罐一旦感染上噬菌体，谷氨酸菌体量在很短的时间内迅速下降，发酵将无法继续进行。
另一种是感染杂菌，所谓杂菌就是按照人们意愿所培养的纯种谷氨酸以外的菌体。由于该菌群复杂多样，与谷氨酸发酵菌生理条件近似，特别是发酵后期感染杂菌容易被忽视而不易发现，但影响后道提取收率，到发现并重视时已经造成了严重影响，在某种程度上比感染噬菌体的危害性更大，而且在生产过程中稍微不慎就会发生杂菌的感染，我们曾利用DO计对发酵罐的溶解氧进行了监控，并对染菌罐与正常罐进行了比较，以空气中的含氧量为100％，正常发酵时要求DO的量为3％～5％，发现染杂菌罐的溶解氧在杂菌大量繁殖后明显降至1.5％以下，产酸也不理想。所以，预防感染杂菌是当前生产的首要任务。
谷氨酸发酵染菌的方式有哪些？
1.培养基或其它物料灭菌不彻底，特别是芽孢杆菌量较多的糖蜜原料，进罐后在发酵培养过程中致使杂菌大量繁殖发生染菌，占总染菌率的7％左右。细菌的繁殖周期一般是20～30min， 若发酵前期进入一个杂菌，15h后杂菌的数量将达到10亿个，给生产造成不利影响。
2.设备不完善造成的染菌占总染菌率的27％左右：
(1)轴封密封不严，罐压不稳形成负压，外界空气进人罐中引起染菌。
(2)进料管断或有裂缝形成短路，高温维持时间不够，灭菌不彻底，发生染菌现象。
(3)降温盘管发生渗露引起染菌。
(4)设备本身有死角存在或罐内长时间不清理，积存杂物引起的染菌。
3.空气系统染菌占总染菌率的55％左右， 随着科技的进步，空气过滤介质发生了翻天覆地的变化，由最初的棉花过滤经历了玻璃棉过滤、金属过滤、纸芯过滤发展到现在的膜过滤，因空气原因引起的染菌机率大大降低。
主要原因有： (1)空气系统出现短路引起的染菌。
(2)由于空气系统长时间使用，没有及时灭菌，杂菌穿透滤层所引起的染菌占空气系统染菌率的60％以上。此种原因引起的染菌已被所有生产厂家所重视，所以各生产单位都根据各自设备的特点安排了不同的空气灭菌时间表。
(3)发酵空间环境因素的影响
(4)其它因素引起的空气系统染菌。
4.菌种本身带有杂菌或在分纯过程中染菌，占总染菌率的1％左右。
克服染菌是一项长期而复杂的工作， 要求生产人员既有相应的理论知识，掌握灭菌的原理，又有丰富的实践经验，较强的分析和解决问题的能力，同时要多关注细节，加以重视才能有效的遏制抗生素生产中的染菌问题。
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