邓华与林总的关系颇为复杂，他们对彼此的感情也同样如此。一方面，林总对邓华确有赏识知遇之恩；另一方面，邓华又是一个纯粹的革命者，一心为公。这也是为什么，邓华能跟彭德怀处得那么好。
抗美援朝前，邓华同彭总的交际并不多，到半岛后才多了起来。黄永胜曾批判邓华，说彭德怀爱骂人，谁都骂过，为什么就是没骂过你？
彭德怀脾气火爆不好相处，是公认的事实。邓华为了战争、为了团结，主动跟他搞好关系。这不是件太难的事，却是很多人不愿俯首做的事。古语有云：相逢贵相知。彭恰好懂邓，邓也懂彭。彭没有因为邓的刻意交好，而变得颐指气使。
外界一直有传言，讲十大元帅中彭、林两位元帅是最难相处的，其他元帅你不说能处多好，起码不容易出得罪人的状况。彭、林难相处的原因不同，前者是“凶”，后者是“阴”。
庐山会后，邓华本来是还有留在军队工作的机会的，可是被林总突然发出的一语给破碎了。在此之前，两人还没起过任何摆到明面的冲突，林总多次帮助邓华，并在作战中表现得十分大度——邓在东北时常坚持自己想法打仗。
八路军115师343旅685团开赴东边抗日时，团长黄永胜跟副团长邓华接连发生激烈的争吵，矛盾无法缓和，闹得人尽皆知。最后，林总一锤定音，邓华留下，黄永胜调115师独立团任副团长。
这事虽然不单是为了邓华，但从客观事实出发，邓华确实是受益了。林总从苏联回国，并前往东北进行解放前，专门找到两个人谈话，邀请一同前往。其中一个是邓华，另一个是陈光。从他们各自的后半生来看，这样的重视似乎不是好事。
类似的殊遇，还有在解放战争后期。四野大军南下，已雄踞平津，虎视湖广，为应对新的战争形势，他们需要进行一番整编。中央给了四野四个兵团番号。其中12兵团司令肖劲光、13兵团司令程子华，14兵团司令刘亚楼，是轻松定下的，唯独15兵团司令，林、罗两位四野最高军政首长，一时间找不到合适人选，拿不定主意。
四野五大主力，38军、39军、40军、41军和43军，这五个军的统兵大将都是强有力的竞争人选。结果林总提出44军军长邓华，并力排众议定下。
到抗美援朝战争时，在林总的建议下，又发生了临阵换将的事。当时13兵团的四个军，由副职黄永胜领导，防卫广西；邓华15兵团的3个军，镇守广东。
林总做出了一个相当奇怪，还看似没必要的安排：把广东的15兵团番号改为13兵团，广西的13兵团番号改为15兵团。也就是邓华率部去做志愿军抗美援朝，黄永胜进驻广东。为了办成这事，林总还给聂总写去一封信说明。
黄永胜对此不可置信，得知命令是林总下的后，才没其他想法，慢慢熄了怒火。
处到后面，林总对邓华，有种处对象中，因厚爱生极恨的感觉。邓华长期用心工作，没事绝对不往林家跑。抗美援朝战争时期，邓华回京，林总多次邀请他来自己家。几次未果，最后在一次回朝鲜的当日，再次接到林办的电话，他才勉强去了一趟。
在邓华登上人生巅峰时，因病蛰伏起来的林总，对其产生了极大的恶感。他觉得邓华不是自己心腹，但也是铁杆了，可邓华没有这样的“觉悟”。大家都知道，一个人独处的时候是很容易多想瞎想的。
林总独处多年，到59年庐山会议后“腾飞”，快10年时间，邓华去看望的次数，接近于无。邓华对此毫无察觉，直到庐山会议后。他原本可以“从轻发落”，留在军队继续工作，结果被作为老首长的林总突然一击：“我想了整整一夜，始终觉得这个人还是太危险，留在军队也是个危险人物。”
这样的论断，加上林总接任了国防部长，主持军委工作，邓华能留在军队才奇怪了。邓华被相当彻底地扫出军队，即便去军校工作的要求也被驳回。
1960年5月，邓华来到四川，担任主管农械的副省长。跟另外三位被彭总牵连的开国将军比，这已经是很不错了。关键是，四川远离中央，受到的各种政治风波小许多。