西汉，谯县设材官领兵。公元42年东汉，豫州刺史治谯（辖四国97县）。东晋，祖逖设镇于谯城。北魏置都督府，北周改为总管府。隋置都尉、副都尉领兵。唐复置总管府、都督府，又置滑亳节度使、宣武军节度使，亳州节度散兵马使、游奕都知兵马使。五代后梁置宣武军、防御州，后唐改防御州为团练州，后晋复改为防御州。北宋，升亳州为集庆军节度，设都统制、副都统制领兵。金，建节镇于亳，设亳州防御节使治谯。元置万户，明设武平卫，指挥官并不下5000余人，兵丁有万人。清康熙十八年（1679），撤武平卫，置亳州专营。雍正九年（1731），改设都司，属狼山镇统辖。乾隆二年（1737)，改属寿春镇。
民国时期，亳县无正式军事建制，先后驻有毅军、安武军、国民革命军、新四军等。
中华人民共和国成立后，1951年2月设亳县人民武装部，属中国人民解放军建制。1954年9月，以人武部为基础成立县兵役局。1959年11月，复改人武部。1986年6月，由中国人民解放军阜阳军分区移交亳州市人民政府管辖，不再属于部队编制。
（一）历代王朝驻军
周襄王十五年（前637），楚成得臣率师伐陈，占领了焦（今亳州城）、夷（今城父集），驻兵不久即还。周敬王三十四年，前486），楚又伐陈，取焦、夷。
周景王九年（前536）秋，楚令尹子荡率师戊吴，驻兵干溪（今城父集南）。
周景王十五年（前530），楚灵王派荡侯潘子、司马督率兵攻徐。灵王两次驻兵干溪，以与荡侯潘子等人相呼应。
周景王十六年（前529），楚灵王驻军干溪。
周景王二十二年（前523)，楚平王使太子建驻城父守边。
周敬王八年（前512），吴灭徐国，徐子羽章奔楚，楚使羽章驻军城父。
周敬王三十一年（前489），楚子率师救陈，驻城父。
汉建安七年（202），曹操率军驻谯县、浚义（今城父）。
建安十四年（209），曹操率兵驻谯，作轻舟，训练水军。
延康元年（220），曹丕率兵驻谯。
魏黄初六年（225)五月，曹丕率兵至谯，八月率水军伐吴。
东晋建武元年（317），平西将军祖巡率军守卫谯城。
永昌元年（332），祖约率军守卫谯城。
永和八年（352），姚襄率军驻谯城。
永和九年（353），殷浩率军驻谯城。
升平元年（357），晋刺史谢奕驻谯城。
隆和元年（362），晋刺史袁真戍谯。
太元十一年（386），龙骤将军朱序戍谯。
唐武德二年（619），隋刺史丁叔则镇守亳州。
中和三年（883），朱温率军驻亳州。
宋绍兴十年（1140），张俊率军守卫城父、亳州。
绍定五年（1232），金节度使粘哥荆山驻守亳州。
绍定六年（1233），金节度使王进驻守亳州，镇防军崔复哥守城父。
宝二年（1254），张柔率山前八军守卫亳州。
咸淳三年（1267）四月，水军千户胡进驻亳。
至元十八年（1281），张珪守卫亳州。
至正十五年（1355），红巾军驻亳。
清咸丰六年（1856），袁甲三督师驻亳，镇压捻军。
同治元年（1862）八月，僧格林沁驻亳州芦庙一带，镇压捻军。
同治二年（1863）五月，僧格林沁二次驻亳。
同治四年（1865）六月，周盛波率清兵驻亳。
同治十三年（1874），清统带者强军步骑5营、统带新强军步兵5营。统带老强军步兵前营，驻亳州涡北一带。
光绪九年（1883)，统领强军步队6营、马队3营、威靖军驻亳州。统带强军步队3营、管带强军步队前营驻涡北一带。
光绪十八年（1892），统领威靖军步队两营、马队一营，管带步队中营，管带马队1营等驻涡北一带。
光绪二十六年(1900），威靖军步兵3营，马兵1营驻涡北一带。
宣统三年（1911），威靖军步兵3营，马兵1营驻亳州。
（二）民国时期驻军
民国3年，毅军3个营驻亳，民国11年撤离。
民国6年，安武军第二混成旅李传业部在亳县驻军3个营。
民国12年，安徽陆军马君平营驻淝河。
民国14年，安武军第五旅华毓庵率部驻十河、双沟，张拱臣团驻县城北关和小奈集。
民国15年，安武军高士读旅，孙传芳部刘风图旅驻亳剿匪。
民国16年春，直鲁联军张心纯部驻城里姜家祠堂；同年夏，国民革命军独立第五师马祥斌驻亳，不久开往砀山，两个月后返亳，扩充为十一军。
民国17年，直鲁联军三十五师孙殿英部、西北军石友三部驻亳城。
民国18年，陆军骑二师张厉生部来亳，冬撤离。
民国19年，陆军独立旅李克邦部来亳，驻城西十八里一带，两个月后离亳。5月，直鲁军孙殿英部驻亳，7月逃去。同年冬，安徽警备第二旅驻军亳县城关。
民国20年，陆军骑四旅张书田部来亳，驻城关。
民国23年，阜阳专署保安大队李春部来亳，驻城东观音堂一带。
民国25年，陆军补充第三旅驻亳城，旅长郑洞国兼任城防司令。
民国26年，新五师颛孙子瑜部来亳，驻城东一带。
民国27年9月8日，安徽省抗日人民自卫军第五路余亚农部收复亳县后率部驻亳，指挥部驻姜家祠堂，第二支队张普庆部驻张集，第三支队韩栗生部驻十河。
民国28年元月，新四军游击支队二大队滕海清部驻魏岗一带。4月15日，安徽省保安第二旅陆廷选部驻五马。5月，阜阳专署第三支队魏立成部驻三岔口、溜集、师店一带。
民国29年3月，陆军骑三师一部驻城父、百尺河一带，骑六师驻双沟、油河一带。1月8日，汪伪第二师团长蒋聚五率部500多人反正，驻仁和集和王桥。6月29日，汪伪张岚峰第一师师长曹大中部3000余人反正，驻龙德寺一带，次年10月移驻太和。
民国30年，新四军四师彭雪枫一部驻观堂、刘集一带。陆军骑二军步兵旅旅部驻古城集，所属第二团驻溜集、十河一带，这年至34年8月，汪伪十六师王新民部驻县城。
民国31年，骑六师移驻龙德寺。
民国32年，鲁苏豫皖边区挺进第十五纵队驻三岔口、师店、油河、铁佛寺一带；暂编第八军一一二师六六八团二营驻淝河、刘寨一带守备河防。5月1日，六六八团第一营驻双沟，第二营驻韩楼。3日。第三营移驻龙德寺，团部驻龙德寺。5月24日至6月，六六七团接替双沟、淝河一带防务。12月，鲁苏豫皖边区第十一纵队陈纯一部驻油河、大杨集。
民国33年至34年，新四军四师十一旅三十团、三十一团驻张集一带。
民国34年9月，鲁苏豫皖边区十一纵队陈纯一部移驻十九里一带，12月移驻十字河、枣集一带。同年，汪伪张岚峰部被国民政府改编为第三路军；张部第一军十六师一团驻五马、颜集一带，第八军十四师驻张集、泗合寺一带。同年，安徽省保安团接亳城防务。
民国36年元月至2月，中国人民解放军豫皖苏军区独立旅、晋冀鲁豫军区六纵、七纵一部，先后驻军县城和城北。3月，国民革命军陆军四十八师驻军亳城；5月，新五军邱清泉部驻亳县城北。9月撤离。
民国37年2月，中国人民解放军晋冀鲁豫野战军十一纵队、豫皖苏军区独立旅驻县城及城父一带。12月，中国人民解放军华东特种部队骑兵二十五团驻刘集一带。
民国38年，骑兵二十五团通讯连、机枪连移驻县城。