故事发生在异形3之后的200年，在一艘名为奥瑞格号的飞船内，科学家利用蕾普莉的血液克隆出8号蕾普莉，她融合了异形的部分能力，比如血液具有腐蚀性，伤口能够快速愈合，超强的战斗力，更离谱的是自带异形女王的胚胎，不仅如此，居然还继承了蕾普莉的部分记忆，实在太逆天了，简直就是大卫追求的完美物种
从克隆体蕾普莉体内取出的异形女王很快成年并产下许多抱脸虫蛋，此时一艘名为贝蒂号的飞船正在靠近奥瑞格号，船上一共有六名未注册的非法船员，船长弗兰克，神枪手克里，小美女卡尔，船长的相好兼副船长萨拉，双腿失去知觉的工程师瑞斯，雇佣兵壮壮
他们受将军的委托运送一批特殊的货物：供抱脸虫寄生的人类。实验室内，每一个被寄生的人类面前都有一枚虫蛋，当他们缓缓醒来只能眼睁睁的看着抱脸虫与自己亲密互动，而对面的科学家露出无比期待的表情
很快抱脸虫孵化出来的异形就成年了，它们被关在特制的玻璃罩中，科学家每天采集各种数据，他们想将异形驯化，成为军队的战争武器
科学家得意的欣赏着自己的杰作，还尝试亲吻异形。不懂情怀的异形用头撞向科学家，这一行为惹怒了科学家，他按下旁边的红色按钮，玻璃罩内释放出低温液氮，将异形折磨的痛苦不堪，当液氮停止后异形想再次发起进攻，但是看到科学家将手放在液氮释放开关上时，异形吓的退缩了
卡尔偷偷的来到关押蕾普莉的房间，模仿将军体液打开房门，然后掏出匕首朝沉睡的蕾普莉走去，就在她准备刺下去的时候，看到了蕾普莉胸口的伤疤，早已醒来的蕾普莉睁开双眼，卡尔问她关于异形女王的情况，原来卡尔得到消息知道了这艘飞船上的异形计划，她假装运货进入这里就是为了阻止异形女王的诞生，没想到还是晚了一步。原始体的蕾普莉一直都在与异形斗争，所以卡尔想拉拢蕾普莉和她一起消灭异形
这时蕾普莉感应到一队人马正在靠近他们，于是让卡尔先撤，卡尔刚离开房间就被埋伏在周围的警卫抓住
主管将卡尔带到船长面前，一脸懵的船长还在状况外，主管表示卡尔严重违反了飞船公约，构成了恐怖行为，要将他们六人除掉。船长也不废话暗示神枪手克里进行反击，克里轻松解决掉两名警卫，其他人配合一一将警卫解决，一名警卫从背后拿枪威胁克里，却被克里一枪反物理子弹打中
科学家立刻派士兵前去支援，于是忽略了玻璃罩中三只异形的异常，其中两只异形同时看向另外一名相对弱小的同类，然后朝它发起了进攻，最终弱小的异形被残忍的杀害，它的血液腐蚀了玻璃罩下面的甲板
科学家发现时迅速按下液氮开关，企图阻止异形逃跑，雾气散去玻璃罩里已经空空如也。科学家进去查看时，已经腐蚀了好几层甲板，关押在下层的异形也全部逃了出去，就在科学家愣神之际，洞口下面一只异形触角将科学家拖了下去
将军知道消息后立马派士兵前去检查异形情况，当士兵进到玻璃罩里面时，埋伏在旁边的异形按下了液氮开关，将士兵冻成了脆脆冰
异形出逃导致所有船员必须全部撤离，逃生舱有序的离开飞船主体，一只异形也进入了一艘逃生舱内，瞬间血溅逃生舱，一名士兵想爬上去又被异形拖了进去，舱门关闭前将军朝逃生舱扔了一颗手雷，弹出去后将军按下引爆器将逃生舱炸的粉碎，将军在跟战友告别时一只异形也悄悄来到他的身后
贝蒂号船员挟持着主管和一名士兵也正在撤离，走在最后的船长听到通道内有异响，他过去查看时甲板上只剩下一把沾满粘液的手枪，捡起手枪准备撤离时，被甲板下面冲出的异形攻击，最后穿胸而亡。等队友过来拯救船长时，一只异形出现准备进攻他们，为了避免子弹破坏船舱，他们只能选择逃跑，但是飞船安全系统已经关闭大部分舱门，必须想办法打开舱门
准备发起进攻的异形注意到船长的尸体似乎在移动，当它凑过去查看时，一只枪从船长胸口伸出将异形爆头，随后蕾普莉从甲板下面爬了出来
有了蕾普莉的加入，他们的逃生几率大大的增加了。在返回贝蒂号时碰到了瑞斯，蕾普莉察觉到飞船正在移动，根据飞船安全程序的设定，如果遇到不可逆的危险，飞船会自动返回地球。大概还有三个小时就会返回地球，他们决定乘坐贝蒂号离开飞船后就将奥瑞格号炸掉
在他们前往贝蒂号时，蕾普莉凭借特殊的异形感知力，感受到旁边房间内的异样，走进去发现里面一共有7具异形与蕾普莉克隆体结合的畸形怪物，只有7号还残存一丝意识，她请求蕾普莉给她一个痛快，纵使不舍，蕾普莉还是使用喷火枪摧毁了这些实验体
当路过实验室时，他们发现一个幸存人类，蕾普莉确认他已经被异形寄生，数小时内异形就会破体而出，卡尔却觉得以现在的医疗水平，可以分离出体内的异形而不伤害人类，于是决定将他带到飞船上先冷冻起来
主管带众人来到一条向下的通道，由于冷却阀故障这里已经被水淹没，但这是必经之路，他们必须潜水过去。通过深水区时，两只异形朝他们快速游来，壮壮射出一枚炮弹，一只异形来不及躲闪被击中毙命。副船长处于最后的位置，被异形无情的拖走
当他们即将游出水面时，却被一层粘液挡住了出口，众人使劲全力才挣破粘膜，却发现这是一处抱脸虫蛋存放处，感应到宿主的虫蛋破壳攻击众人，他们只好再次潜入水中躲避，而水中的异形也发起了进攻，就在他们左右为难之际，克里发现一块反射板，他利用反射板将榴弹打向了巢穴，将抱脸虫全部炸死
等他们返回水面后，主管第一个爬到了出口，他谎称门打不开需要使用卡尔的手枪，当卡尔将手枪递给他时，主管却对着卡尔连开几枪，将卡尔打入水下。主管打开门出去之后还反锁了门
这时水里的异形跃出水面展开攻击，由于克里背着瑞斯位置比较靠下，克里来不及躲闪被异形的口水腐蚀了面部，强烈的疼痛使他失手下坠，幸好瑞斯及时抓住。异形抓住克里的脚，这时壮壮开枪支援打爆了异形的头，但是异形的尸体还在克里的脚上，眼看瑞斯支撑不住，克里选择割断背带与异形一同掉落水中
就在他们想办法离开这里时，门口的报警器响了起来，门打开居然是刚刚中枪掉落水中的卡尔。蕾普莉掀开卡尔的外套检查，才发现卡尔居然是生化人
原来卡尔是由生化人制作的二代生化人，由于太过高级怕失去掌控，所以只有少部分流入市面
飞船还有一个小时就会到达地球，此时飞船上的所有舱门都被主管关闭，蕾普莉想到卡尔作为生化人可以链接飞船系统，于是蕾普莉使用数据线插入卡尔体内成功的打开了通往贝蒂号的所有舱门，同时卡尔也发现，此时飞船的能源系统受损，可能无法启动自爆系统，于是他们临时决定将飞船开往地球无人区，通过撞击引爆飞船
卡尔也说出了自己来这里杀蕾普莉的原因，她曾经入侵过主机，得知军方这次异形和蕾普莉结合体的实验会给人类造成一场巨大的浩劫，而她肩抗保护人类的使命，所以才有了这次刺杀行动
他们再次集结前往贝蒂号逃生，路上蕾普莉感应到异形女王非常痛苦，就在她犹豫不决时，一只异形掀开了蕾普莉脚下的甲板，蕾普莉掉了下去，而掉下去的地方正是异形巢穴，卡尔见状只能继续逃命
蕾普莉被异形送至了异形女王处，此时的异形女王已经结合了蕾普莉人类的生殖系统，换句话说就是异形现在由卵生改为胎生，不需要宿主了。这时异形女王肚子里第一个胎生异形即将降生
在蕾普莉的见证下，异形女王诞生了异形界第一个人形异形，异形宝宝
哪知道异形宝宝并不与它的生母亲近，在异形女王想关心它时，异形宝宝一巴掌拍碎了妈妈的脑袋
这一幕吓呆了一旁的蕾普莉，她赶紧后退几步不想引起异形宝宝的注意，但是没想到异形宝宝直直的朝她走了过来
但是它并没有攻击蕾普莉，在闻了一下蕾普莉的气味后，居然把蕾普莉当成了它的妈妈，还用舌头亲吻了蕾普莉，这可爱又邪恶的模样，谁能不爱啊
旁边的科学家非要插嘴说上几句话，让异形宝宝意识到自己还没有吃饭，于是转头就餐去了
蕾普莉趁此机会赶紧逃了出去
另一边的贝蒂号上，主管突然闯进来威胁着卡尔想一起逃走，期间发生了争执，被寄生的人类选择了和主管同归于尽，他利用体内的异形将主管爆头
在贝蒂号起飞的最后时刻，蕾普莉终于赶了过来。关闭舱门时遇到了故障，卡尔前去检查，在她撬动锁链时，被身后突然出现的异形宝宝吓了一跳，此时飞船距离地球大气层还有二十秒，他们必须尽快离开奥瑞格号
异形宝宝似乎听懂了广播的内容，伸手帮卡尔关闭了舱门。幸好贝蒂号及时弹出才避免了一场灾难
贝蒂号舱内的压力并不稳定，需要卡尔启动辅助泵，于是士兵前去替换，刚来到底舱就被异形宝宝捏爆了脑袋
蕾普莉意识到情况不对，当她赶到底舱时，异形宝宝正在和卡尔玩耍，蕾普莉及时喝止了异形宝宝的越轨行为
异形宝宝看到妈妈来了，立马摆出一副萌萌的状态，还求抱抱。这场旷世母子亲就上演了
但是蕾普莉这么做只不过是在拖延时间，她看着飞船的舷窗想到了办法。利用异形宝宝的牙齿划伤手掌，然后将自己的血液摔到舷窗上腐蚀玻璃。没过一会舷窗被腐蚀出一个洞，由于异形宝宝距离洞口最近，巨大的压差使得它不能走出气流范围，直接被吸到了舷窗上
接着将异形宝宝一点点的掏空，蕾普莉强忍着泪水看着自己亲手葬送的有一点点“血缘”关系的孩子，直至异形宝宝完全被吸入太空
之后奥瑞格号成功的撞击在了地球的无人区，保住地球没有被异形入侵，影片在两个非自然人类欣赏地球的美景中结束