1956年底，总后勤部领导班子调整，洪学智当仁不让担任部长。此时担任副部长兼副政委的邱会作，却要离开。周总理、李富春看中他，想调他到国家经委当副主任。
在部队工作几十年的他，对于调离部队当然不舍，可组织上这样考虑，也是因为建设需要。为此，先让他到苏联考察一圈。回来后，他才说出自己的真实想法，不愿离开部队。
作为老上级的罗帅，为他说情，留在军中更合适。而他先后到中央党校、高等军事学院学习去了。
周总理之所以想调他到国经委工作，因为他年轻、精力旺盛，懂得财经方面工作。
早在土地革命时期，他就在供给对学习，毕业后到财政处工作，担任会计、统计员，管理全军供给部军务实力统计。在这时候，周总理已经知道他了。
1936年，红军主力东征了，留在陕北的军委后方留守处，周总理当主任，留邱会作在留守处工作，谈到当前的任务，让他协助自己抓粮食问题。对于筹集粮食工作，他搞得很有成绩。抗战爆发后，担任军委供给部部长。
抗战时期，周副主席负责统一战线工作，临行前叮嘱李富春抓财经工作。李富春对邱会作的能力是认可的，并对他培养和支持。此后，很多工作他都向李富春请示，有时候谈得很多，两人彼此很熟悉。
财经工作无论在战争年代，还是和平时期都非常重要。在1939年，他被派去山东负责财政经济工作建立，让他2年内完成任务。就在前往山东的路上发生一些事情导致无法前往，只好改去华中，在彭雪枫部队工作一段时间。到1943年返回延安。
到延安后，他进入党校学习，当解放战争爆发后，再也没有从事后勤、财经工作，而是到作战部队担任政治工作。
在战场经过4年多历练，已经成长为军队高级将领。
1954年，再次被调任总后勤部工作，对于后勤工作与政治工作，更愿意干政治工作。很多将领喜欢在一线作战部队，干后勤很多人的传统思想还是不愿意干的。
1956年底，总后勤领导班子调整，他准备被调离部队，又不想离开。只好先到党校、高等军事学院学习去了。
谁也没有想到，1959年庐山会议后，已经离开总后勤2年多的他，被推荐担任部长。对于这个任命，邱会作本人没有想到，总后勤部其他人也没有想到，按照资历、条件来说，比他合适的大有人在如张令彬、李聚奎等等。
中央之所以选中他，主要考虑到他年轻干练，在总后勤以及财政方面都有经验。