1958年，反教条主义运动展开后，训练总监部、南京军事学院等单位的主要负责人受到冲击，萧克、李达被调离军队，钟期光作为军事学院主要负责人之一，也在运动中不同程度受到影响。
钟期光是政工出身的将领，在战争年代，先后担任过政治部副主任、主任、副政委兼主任。在他的一生中，担任过37个行政职务，其中35个从团级到野战军、大军区级的各级政治部副主任、主任、副政委等职务，几乎全是副职。
因为政治部是抓部队具体政治工作，他的工作很细致，在军内是出名的。
解放战争时，他担任华野政治部副主任，唐亮任主任；解放后担任军事学院副政委，刘帅担任院长兼政委；在军科院担任副政委，叶帅担任院长兼政委。给别人当助手，工作量并不小。这需要一份以大局为重的心态，需要轻名利，他以实干家赢得各级赞誉，因为工作细致，被称为“妈妈主任”。
政治工作是一个看不到，摸不着，在战争时期能起到关键作用的工作。实际的工作中，树立榜样、典型，建立功劳薄，推广立功运动。
钟期光的原则是，政工干部不能随意伤害同志，要保护、爱护他人。因此，有人说他是老好人。
这样一位皆有口碑的老将，在1958年的反教条主义运动中，受到不公正批判。
客观讲，新中国成立后，对苏政策是一边倒的缘故。尤其是军队请苏联顾问，按照苏军条例、模式进行学习。在军队院校学习的过程中，也照搬照抄一些东西，在后来的工作中发现不合适，得到及时修正。
对于有照搬照抄的现象，不可否认是存在的，但也绝不是像后来上纲上线批判的那样，一无是处，并全盘否定之前的成绩。
在那种氛围之下，刘帅作为曾经的院长兼政委作检讨，而钟期光作为副政委、政委，也接受党委会的批判。因刘帅身体不好，早在1957年已经不兼职军事学院工作，院长由廖汉生担任，钟期光任政委，兼第一党委书记。
因为受到批判，认为自己不再是第一书记，要求换其他人出任。军事学院常委会选举中，他与廖汉生的票数相同，上级决定由廖汉生担任第一书记。1959年，钟期光被免去政委一职，休息治病，前往苏联。
1960年，回国后，叶帅把他要到北京，担任军事科学院副政委。从职务上讲，他被降职分配工作。不过，军事科学院是一个藏龙卧虎的地方。除了叶帅担任院长兼政委，粟裕、王树声大将都担任副院长，宋时轮也担任副院长，王新亭担任副政委兼政治部主任。
这个单位自成立后的十几年里一直都是高配，尽管职务降低了，可是在老帅，粟裕、宋时轮等老首长、老战友身边工作，也非常不错。
只可惜，在大运动时受到冲击，在1972年因患脑血栓未及治疗而致瘫痪。原本还能大战拳脚，因为身体缘故。在此之后，基本上不参与实际工作，挂名顾问等职。