1949年，新中国建立以后，周恩来找罗瑞卿商谈工作安排，要他出任公安部长，罗瑞卿没有想到会让自己当部长，没有思想准备，不过他不想从政，还想随四野南下，于是建议让社会部部长李克农出任，但是周恩来对他说：“各人有各人的事，李克农有李克农的事，你就不要讲价钱了。”
接着，周恩来又告诉他：“你的任命，中央已经决定，今晚毛主席还要接见你，你就不要再提上前线的事了。”
当晚，毛泽东接见了罗瑞卿对他说：“听说你不愿意干公安部长，还要去打仗？现在要建立新的国家政权了，我们都不干，都去打仗，那行吗？”
罗瑞卿便接受了任务。7月6日，中央军委公安部成立。
周恩来作为政务院的总理，对公安工作十分重视，对罗瑞卿的工作也十分支持，在百忙之中，接见了全国公安高级会议部分与会人员。周恩来十分郑重地说：“你们是国家安危，系于一半。国家安危你们担负了一半的责任，军队是搁而不用的，你们是天天要用的。”
听着周恩来的指示，罗瑞卿深感自己的责任重大，决心把公安工作做好。
1950年 11 月，中国人民解放军公安部队领导机构成立，罗瑞卿任司令员兼政治委员。
1965年，林彪为了打击对手，诬陷罗瑞卿，12月，周恩来打电话将罗瑞卿召回，要他11 号赶到上海开会，内容电话上不好讲。
罗瑞卿赶到上海以后，周恩来和邓小平正在等着，周恩来明白，罗瑞卿不会反对林彪，也绝没有什么野心。林彪之所以要整罗瑞卿，完全是罗瑞卿受到林彪猜忌所致。但此时的形势，他已无回天之力。他如实地向罗瑞卿讲了此次会议的内容，随后便转述了叶群代表林彪在会上对罗做的指责。
为了减轻罗瑞卿面对莫须有的罪名所可能产生的巨大痛苦，周恩来特意传达了毛泽东所说“反对林，还没有反对我”的话。
邓小平传达了毛泽东和中央常委的意见，即：一、情节是严重的；二、同彭黄有区别；三、从长远看，还是有成绩的；四、中央未察觉也有一定责任；五、党的方针仍然是惩前毖后，治病救人。只要认真地改，仍然准许革命。
听了周恩来、邓小平所传达的内容，对罗瑞卿来说不异于一个晴天霹雳。他立即起而争辩，激动地说。
“我没有反对林副主席，没有伸手，没有反对突出政治。杀了我的头也不能承认这些。”
罗瑞卿要求面见林彪或同林彪通电话，当面说清林对罗的指责。
面对十分激动、而又把问题看得过分简单的罗瑞卿，周恩来觉得应该让他完全明白事情的实质，于是提醒他道：“你怎么这样天真，这样幼稚？”
周恩来一句话，使罗瑞卿很快冷静了下来。他明白了周恩来话语里那满含深意的潜台词，看来，林彪既然已经提出如此严重的指责，这已经不是可以当面对质能解决问题的了。
周恩来看罗瑞卿已经冷静下来，就劝他不要去找任何人，这个时候越说越没有作用，还会起反作用。
在那动荡的十年，最难的时候，罗瑞卿依旧没有幸免，周恩来尽自己的所能保护着罗瑞卿。当罗瑞卿遭到折磨的时候，周恩来立即指示北京卫戍区司令员傅崇碧：对罗瑞卿同志一定“要保护好，要保密，不要被人抢走”。针对林彪、江青一伙煽起的武斗歪风，周恩来规定了“五不准”：不准搞“喷气式”，不准打人，不准挂黑牌子，不准游斗，不准抢走。后来还指示不准体罚，不准侮辱人格，要保障生命安全，等等。
有一次，罗瑞卿刚刚动过手术，就要被批斗，傅崇碧想到周恩来“五不准”的要求，立即把这个情况报告了周恩来，周恩来立即指示：“手术期间不能批斗！”
1974年，罗瑞卿得到“解禁”，他提出了想见周总理，此时的总理却因为患癌刚做完手术，经邓颖超联系，周恩来决定见罗瑞卿，并约好了时间。但此时正是“四人帮”猖狂活动之时，他们害怕周恩来与老一辈革命家会见，阻力很大，邓颖超也无能为力。会见又以周的刀口未愈合为由而取消。
周总理虽然还在重病中，可是依旧关心着他的生活，他曾委托邓颖超询问罗瑞卿的家庭生活是否安好，工作是否都解决了。
当时罗瑞卿的孩子分散在全国各地，但为了不打扰总理的治疗，罗瑞卿夫妇就回答已经安好家了，孩子的工作也解决了。
后来，邓颖超还是得知罗瑞卿的孩子朵朵仍在延安插队，立即给周恩来述说了此事，经周恩来批准，朵朵得以调回北京，使年迈且身体不好的罗瑞卿得到了照顾，心灵也得到了极大的安慰。面对此情，有泪不轻弹的将军落下了感激的泪水。
1976 年 1 月 8 日，周恩来不幸逝世，正在福建的罗瑞卿得悉总理逝世的消息后，要求回北京参加葬礼，但有人用种种理由加以阻挠，不予批准。罗瑞卿经过艰难的斗争，才争取到夜航返京，同总理告别。