射雕故事发生的二十五年前，江湖上出现一部奇书九阴真经。当时居住在桃花岛上的黄药师，也一心想要得到这本武功秘籍。因此在中神通王重阳的邀请下，参与了第一次华山论剑。
当时参加的还有其他三人，洪七公、欧阳锋与段智兴。他们五人在华山之巅，经过七天七夜的激烈比试，最终王重阳力压其他四人成为天下第一。九阴真经，也顺利成章的落入他的手中。然而几人虽然输了，但是他们内心都不服气，约定二十五年之后再来比试。而这也为后来的故事，埋下了铺垫。
黄药师比武输了，他的妻子冯衡知道他的内心是十分渴望九阴真经的。但是她知道黄药师不想别人知道，因此也是默认不说。只陪着黄药师四处游玩，排解心中的苦闷。
游玩之中黄药师偶然遇到一个孤苦伶仃的女孩儿，最后经过一番考验将她收为自己的弟子。而这名弟子，就是后来为救黄药师而死的梅超风。随后黄药师与冯衡，带着梅超风一起回到了桃花岛。
此前黄药师已经收了几名弟子，分别是早年所收的徒弟除去陈玄风、曲灵风、陆乘风，后来还收下了两个小弟子武眠风和冯默风。黄药师尽心传授武功给梅超风，闲时与妻子冯衡相伴也是过了几年开心的日子。
后来中神通王重阳诈死，用一阳指破了欧阳锋的蛤蟆功让他逃回西域。随后王重阳去世，死前要求师弟周伯通将九阴真经一分为二藏在其他地方。这个消息被黄药师得到，两夫妻用计骗取九阴真经一看。
周伯通不知道的是，冯衡有过目不忘的本领。她在看完后，用一夜的时间将九阴真经下卷默写出来。然而她随即也因为心力交瘁，最终难产而死。黄药师因为妻子逝去，下令谁也不得看或者学习九阴真经中的武功。
然而事与愿违，他的徒弟梅超风与陈玄风私定终身。他们因为害怕黄药师的责罚，最后盗取九阴真经逃出桃花岛。后来二人胡乱修炼九阴真经的武功，在江湖上引起腥风血雨。
黄药师知道两人盗取经书之事，一怒之下将其他徒弟的腿打断逐出师门。而他自己则一个人带着婴儿时期的黄蓉，守护着已经去世的妻子。而梅超风与陈玄风因为杀人太多，就逃到大漠，却不想后来陈玄风被郭靖所杀，梅超风也被打瞎双眼逃走。
时间到二十年后郭靖出现在中原，黄蓉偷偷溜出桃花岛才开始了后来的故事。