赖清德上任刚满一月，两岸关系就进入了空前紧张的程度，为了防止岛内“台独”势力独走，大陆多部门联合出台了惩“独”新规，即《关于依法惩治“台独”顽固分子分裂国家、煽动分裂国家犯罪的意见》。这份《意见》一经发出，立刻在岛内掀起轩然大波。沉默数天后，赖清德也对该新规作出了回应。
综合多家台媒的报道，赖清德在回答媒体提问时态度非常强硬，声称大陆没有任何权力可以“制裁”台湾人民，也无权跨越区域追诉台湾人民，他还故意夸大其词地表示，大陆出台的《意见》，把不赞成统一当成“台独”，如果按照这个说法，岛内只有“统一促进党”不是“台独”，他借机笼络在野力量，鼓动岛内政治力量团结合作，共同面对大陆的惩“独”新规。
大陆惩“独”新规的威慑力自然不必多说，尤其是对顽固“台独”分子可判处死刑，可缺席审判、终身罪责等条款，用法律手段打“独”的力度可谓是前所未有。赖清德既然提到具体的条款，他本人必然也是读过这份《意见》，他越强调什么，一定程度上证明他越怕什么，赖清德的狡辩在大陆法律利剑之下，显得如此苍白无力。
针对他的辩解，大陆有的是合理角度进行驳斥。首先在是否有权对台进行司法管辖的问题上，大陆的处理空间是很灵活的，台湾地区既然属于中国的一部分，中华人民共和国又是代表中国的唯一合法政府，那么这个合法政府颁布的法规，必然是适用于台湾地区的，除非赖清德宣布“独立”，但如果他这么做了，意味着两岸必然会兵戎相见，待大陆以非和平方式统一台湾后，所颁布的法律文件，照样还是能覆盖台湾地区。因此，无论赖清德如何诡辩，若他继续推行“台独”进程，届时必然会收到大陆法律的制裁。
其次，大陆在出台《意见》时已经明确声明，该法律文件针对的“台独”分子和“台独”分裂势力，而非台湾普通民众，台湾民众只要不支持“台独”，不会受到该法规的影响。但在讲话时，赖清德却偷换概念，将大陆针对“台独”的规定，扩充至全体台湾民众，妄图激起台湾民众对大陆的误解和仇视。为了集中岛内政治力量共同对抗大陆，赖清德在讲话中继续渲染抹黑大陆的两岸政策，将“台独”的范围扩大化，试图将国民党等承认一中的政治力量，推向大陆的对立面，让他们在“反陆”大旗下为民进党的政治利益服务。
赖清德在该问题上的立场看似强势，其实能够感受他内心的恐惧，要不然他也不会在一通强硬表态之后，呼吁大陆正视台当局的存在，与台当局进行交流对话，以增进两岸人民的福祉。还有一个值得注意的细节，媒体向赖清德提问前，他先对大陆南方因暴雨受灾的民众表达慰问，希望灾后重建顺利，受灾民众能尽速恢复正常生活。由此可见，在两岸关系上，赖清德还是为自己留了一些余地，他非常明白，一旦惹恼大陆，他和民进党当局将面临何种结局。
大陆最新出台的新规，是筛选“台独”势力或“暗独”力量的“试剂”，那些在法规出台后，极力叫嚣、批评、跳脚和破防的人，大概率属于该法规的打击范围，大陆没有把赖清德纳入顽固“台独”分子名单，已经是很给他面子了，奉劝赖清德不要再出言不逊，否则等待他的是更严厉的反制。