孙中山去世后，国民党右派人士排挤打击共产党人的活动日益猖獗，最终导致第一次国共合作破裂，也给蒋介石带来了崛起的机会。
后人研究第一次国共合作的破裂，都认为其中有一个环节是蒋介石提出《整理党务案》并在国民党二中全会上得到通过。其实，制定实施整理党务案，本来应该是一个进行国共合作制度建设的机会，可惜共产党方面自动放弃了。
当时国共合作是列宁和第三国际一手促成的，而来自苏俄的鲍罗廷正在代表第三国际主持着国共合作的大局。先是孙中山亲自聘任的“国民党组织教练员”、“国民党中央执行委员会顾问”，孙中山去世后他被广州国民政府主席汪精卫聘为“中华民国国民政府高等顾问”，由于孙中山的信任和授权，他在国民党内几乎是一人之下，万人之上。当时中国共产党是第三国际的一个支部，鲍罗廷也是中国共产党在国民党中央的党团的领导者，中共中央的事情都由他说了算。按说他也是苏俄共产党老资格政治活动家了，是应该有一点政治智慧的，但从整理党务案的处理结果来看，显然没有。
在整理党务案的研讨阶段，一直是鲍罗廷一人和蒋介石进行了深入讨论。据《蒋介石年谱》记载，1926年4月30日下午，蒋介石与鲍罗廷讨论整理党务事宜，5月1日晚两个人谈了4个小时，7日晚谈到凌晨3点。5月12日，蒋介石、张静江又和鲍罗廷商议整理党务的事，13日晚、14日上午又谈，终于在14日下午召开国民党中央政治委员会第142次会议，决定了整理党务案主要内容，并决定5月15日召开国民党二中全会，将审议通过整理党务案。
在鲍罗廷和蒋介石讨论整理党务案的时候，他从未跟中共任何人讨论这件事。陈独秀远在上海不方便也就罢了，中共领导人张国焘等人一直就在广州，鲍罗廷从来没想到要问问他们的意见。陈独秀是从报纸上看到国民党中央全会通过了整理党务案，才知道这个东西的存在的。陈独秀和其他共产党人的第一反应都是暴跳如雷，但鲍罗廷以领导权力强迫他们接受这一事实，大家也是无可奈何。最倒霉悲催的是陈独秀，因为后来是他被追究责任，说他是右倾投降主义，被迫下台。
国民党中央二中全会审议通过了四个文件，合称为“整理党务案”。第一案是狭义的《整理党务案》，由蒋介石与谭延闿、孙科、朱培德、宋子文、甘乃光、陈公博、林祖涵（林伯渠）、伍朝枢联名提出。林祖涵作为中共党员也是提案人，显示这个提案是具有一定的合理性的，因为提案的要点是改善国民党与共产党关系；纠正两党党员妨碍两党合作的言论行动；保障中国国民党党纲党章的统一权威；确定共产党员加入国民党之地位与意义；提议组织国民党共产党联席会议，这些要求也是符合国共合作的大局的。第二案是蒋介石以个人名义提出的《国共关系协定》，实际上是第一案的实施细则。
其实，既然是国共合作，不管蒋介石怎样要求对国共合作进行规范，共产党方面总可以提出自己的意见吧？比如说这个第二案，其中很多具体环节可以通过协商，来保护共产党的权利。如果鲍罗廷能够讨价还价，国共两党双向妥协，以保证双方利益相对均衡，还是有可能使国共合作有序推进的。
本文认为，特别是这个第二案，是可以协商完善这些条款的。以下逐条分析：
（一）共产党应训令其党员改善其对国民党的言论态度，尤其对于总理与三民主义不得加以怀疑和批评。
这一条没有什么问题，共产党员以个人身份加入国民党时都已经承认孙中山的领导地位、拥护其三民主义纲领，这是国共合作之初就明确了的，再强调一下也是可以的。
（二）共产党应将国民党内之共产党员全部名册交本党中央执行委员会主席保管。
这一条应当也没有太大问题。当时著名的共产党人像陈独秀、李大钊、张国焘、毛泽东、林祖涵等等，是国民党人都知道的，同时把知名度不高的共产党员名单提供给国民党人，应该也是可以的。至于是否保留一批秘密党员的身份，当然也是可以考虑的。但当时鲍罗廷提出：整理党务案是国民党内部文件，对共产党没有约束力，所以共产党不打算配合他们提供共产党员名单。这个鲍罗廷，该妥协的他不妥协，不该妥协的却步步退让。假如共产党提供了这个名单，虽然不一定能够阻止后来的清党行动及其滥杀无辜的行为，但应该反而有利于保护公开了身份的共产党员。
（三）中央党部部长须不跨党者方得充任。
这一条规定非常重要，是后来受到批评最多的条款，但这一条恰恰是可以很好地加以利用的，比如说，跟对方提出：第一，可以明确规定共产党员不得担任党中央机关部长，但应当同时规定可以由共产党员担任党中央机关部秘书。你当部长，我当秘书不行吗？按照当时的机构设置，国民党中央部门是一个部只有部长一名，没有副部长，同时配秘书一名，这个秘书是负责主持日常工作的人。如果由共产党人主持日常工作，不是很好吗？毛泽东在国民党中央宣传部本来就是秘书代理宣传部长的。第二，可以规定共产党人不得担任正职部长，但应当规定由共产党员加入国民党的年限来决定是否可以充任党中央机关部长，比如可以规定加入国民党3年内不得担任部长，第4年起可以取消限制。如果全会讨论整理党务案时共产党人提出这样的反建议，恐怕会议不能拒绝吧？如果一段时间以后，共产党员也会有资格当部长了，会不会并不影响国共合作的大局呢？
（四）凡属国民党党籍者，不许在党部许可以外，有任何以国民党名义召集党务集会。
（五）凡属于国民党籍者，非得有最高党部之许可，不得别有政治关系之组织及行动。
这两条也应该没有问题的。事实上当时国共合作中共产党人帮助国民党做了那么多工作，都是以国民党名义做的。当时共产党人帮助国民党发展了30多万党员，共产党组织自己才不到6万党员，以至于四一二政变总共杀害了31万人，其中只有2.6万是共产党员。1945年4月21日毛泽东在七大预备会上讲：“当时各省的国民党，都是我们帮助组织的。那个时候，我们不动手也不行，因为国民党不懂得组织国民党，致力于国民革命三十九年，就是不开代表大会。我们加入国民党以后，一九二四年才开第一次代表大会。宣言由我们起草，许多事情由我们帮它办好。”（《毛泽东在七大的报告和讲话集》中央文献出版社1995年版，第8页）鲍罗廷在广州召开的一次共产党员代表大会上甚至说：“我们努力要使国民党真正成为民族革命的首领”，中国共产党命中注定要在国民革命中充当“苦力”（转引自张家康《鲍罗廷向孙中山传授苏俄体制》一文，《炎黄春秋》2001年第12期）。按照这样的规定继续做工作应该也是没有问题的，只是以国民党员身份做工作的共产党也可以把他们的日常工作内容通报给本党组织，让留在国民党外的共产党组织配合国民党一起开展工作总可以吧？
（六）中国共产党及第三国际对于国民党内共产分子所发一切训令及策略，应先交联席会议讨论通过。
这一条应该是可以协商的。共产党组织内部“一切”训令都经过联席会议讨论通过，应当是不必要也不可能的，应当规定：一是在重大问题上共同协商、共同决策，比如北伐，北伐开始以后国共两党各自承担什么职责，协商决定之后再各自发布训令。二是共产党组织就一般问题作出的党内指示、训令，都可以通报知会国民党。所有事情都要经过联席会议讨论通过，一定会把联席会议成员累死。
（七）国民党员未受准予脱党以前，不得加入其他党籍，如既脱本党党籍而加入他党者，不得再入本党。
这一点也是可以协商的。这一点要看两党合作是长期还是短期的，如果是长期的，就应当允许更多党员跨党，甚至以跨党党员越来越多为合作成功的标志。既然共产党人以个人名义加入了国民党，国民党内就已经存在跨党党员，在此之后如果先入国民党、后入共产党，应当也是允许的。只要入党以后都以国民党员的名义参加政治活动、受国民党组织纪律约束，又有何不可呢？
党员违反以上各项规定应立即取消其党籍，或依其所犯程度加以惩罚。
很可惜，参加全会的中共党员按照鲍罗廷的指示，也没有对蒋介石此案提出异议，没有像本文建议的那样，去提出反建议并要求讨论。5月17日，全会通过了整理党务案前两项，根据第一案通过了《联席会议组织大纲》，决定国民党代表5人、共产党代表3人，组成联席会议，聘请第三国际代表为顾问。
对蒋介石提出的第二案增加了一条，即“凡他党党员加入本党者，在高级党部（中央党部、省党部、特别市党部）任执行委员时，其数额不得超过各该党部执行委员总数1/3。”这一条规定应当也是可以承认的，席位主要是用于发挥作用的，以共产党员的政治智慧和以一当十的工作能力，在这些党部中有了1/3的共产党员，就足以影响全局。在抗日战争期间第二次国共合作时，合作得好的时候，阎锡山、卫立煌都能够主动将大量国民党部队交给朱德、彭德怀指挥，这有什么不好呢？虽然国民党作为大党占据组织上的优势，但政治领导并不是靠席位多就可以实现的。第一次国共合作总体上就是共产党的政治影响力大于国民党的，正是这样的情况才导致蒋介石自知政治上无能为力才发动四一二政变武力清党的。当然，蒋介石以为武力可以解决问题的，结果最终还是失败了。
5月18日的会议通过了蒋介石与谭延闿、谭平山等人联名提出了第三案，即《设立常委委员会主席案》，将过去现场推举、轮流担任主席的办法改为固定主席职位，19日选举张静江任国民党中央常委委员会主席。20日通过了《党员重新登记案》，即第四案。整个“整理党务案”通过实行，最大的损失是全会后5月25日在国民党中央担任部长的共产党员纷纷离职，谭平山辞去组织部长职务，林祖涵辞去农民部部长职务，毛泽东辞去国民党中央宣传部代理部长。不能够在重要机关担任重要职务，对重大决策没有机会参与、没有话语权，再谈国共“合作”就没什么可说的了。
鲍罗廷不能够很好地应对蒋介石的整理党务案，导致这一“整理”只是限制了共产党在国民党中的活动，只成了蒋介石夺取领导权的重要步骤。虽然对此应当负主要责任的可能另有其人，但鲍罗廷毕竟是一线直接操盘的人，无论如何难辞其咎。