万历四十二年，皇太子朱常洛一次歇斯底里的发泄中，朱由检的生母刘淑女突然去世。朱常洛担心此事被自己的父皇万历帝得知后而废了己的太子之位，所以便威胁太子宫宫人谁也不准多言，将刘淑人偷偷安葬在了西山。
朱常洛之所以如此害怕，其实也有缘由的：
朱常洛的生母王恭妃原先是慈宁宫的一位宫女，得万历帝宠幸后怀孕，在李太后（神宗生母）的参与下万历帝才心不甘情不愿地将王氏封为恭妃。而王恭妃确实肚子争气，一举便生下皇子，之后又生下一位皇子与一位公主，然而万历帝不宠爱王恭妃，所以不仅没有晋封王恭妃的位份，而且还迟迟不肯将其所生长子朱常洛封为太子（皇后无嫡子）。
因为万历帝十分宠爱郑贵妃，郑贵妃万历十年入宫，到万历十四年的时间便已经成为众妃之首——皇贵妃；到万历二十年的时候，已经为万历帝生下三位皇子三位公主，其受宠程度较乾隆皇帝的令妃有过之而无不及。
万历帝便有了立“爱”所生皇三子朱常洵为太子，但群臣不同意万历帝违背祖制。
历经15年的时间，朱常洛才好不容易被封为太子。
即便是封为太子，朱常洛的日子并不好过，胆战心惊、如履薄冰。
正因为长期受郑贵妃的虐待、父皇的冷待，让朱常洛长期生活在十分压抑的环境中，或许只有回到自己的太子宫才能稍作放松。朱常洛最宠爱是李选侍（西李，后被熹宗朱由校封为康妃），刘淑女虽然为朱常洛生下儿子朱由检，但是并不得宠。
万历四十二年，朱常洛或许是心情不佳，又或许是刘淑女得罪了朱常洛，朱常洛大怒，让刘淑女直接走上了绝路。有人推测是朱常洛让人直接打死了刘淑女，又有人推测或许是朱常洛亲自动的手。但不管刘淑女到底因何而死，其万不是病逝的，所以朱常洛才担心此事让父皇知道，而威胁到自己的太子之位。
如此，刘淑女的死因便成为明末一大疑案，此时的朱由检尚且年幼，只知道自己失去了生母，而不知生母究竟为何而死，就连生母安葬何处都不知。
万历四十八年，万历帝病逝，朱常洛登基，按理说新帝登基要册封自己的后宫妃嫔们，已经去世的也要追封。但是朱常洛仅在位一个月便去世了，而且还是死于“红丸案”，死因成谜。如此一来，朱常洛的后妃们便都没有册封位份，就连朱常洛最宠爱的西李也没有册封。
熹宗朱由校登基后，天启二年，刘淑女被追封为贤妃，朱由检则是被封为信王。
朱由检一直非常思念自己的生母，因为不能供养生母而为遗憾。而且朱由检此时虽然已经是高高在上的信王，皇帝的亲弟弟，但也不敢明目张胆地去祭祀自己的生母刘贤妃。因为自己的生母死的不明不白，宫中对刘氏之死都非常的避讳，谁也不愿提及。
而且熹宗一朝，宦官魏忠贤掌握实权。
朱由检担心被魏忠贤得知后为难自己，所以并没有去祭祀过自己的生母，但是心里时常挂念着。有一天朱由检问身边的太监：你知道西山葬着一位申懿王吗？我的生母便葬在申懿王德坟墓旁边。
申懿王是明宪宗朱见深的幼子，杨恭妃所生，年仅17岁病逝。
朱由检叮嘱太监偷偷地买一些祭品去祭祀一下自己的生母，等到太监回来复命后，朱由检泪流满面，十分思念生母。
天启七年，熹宗无后而终，朱由检作为熹宗唯一还在世的弟弟登基称帝，年号崇祯。
登基的次日，崇祯皇帝便迫不及待要追尊自己的生母，登基不到一个月，崇祯皇帝生母刘氏被追谥为“孝纯皇后”。登基四个多月后，崇祯皇帝下旨将自己的生母孝纯皇后刘氏，从西山简陋的坟墓中迁到了光宗庆陵，与光宗合葬。
崇祯十二年，崇祯皇帝听群臣进言，将自己的生母刘氏称皇太后。
在颁布诏书的时候，崇祯帝十分伤心，用手擦着眼泪，一时间不能自已。
三年后，崇祯皇帝第五子朱慈焕去世，在去世之前说了一堆很奇怪的话，其中提到了崇祯帝的生母孝纯皇后在去世的时候脖子上有勒痕，说明孝纯皇后并不是自己去世的。
崇祯听闻此言，便决定此生再也不肯吃肉。
哪怕是群臣再劝说，崇祯帝心意已决，不再轻易更改。
在当时宫里有一张孝纯皇后的画像，崇祯帝便问乳母画像上的人跟自己的生母像吗？刘氏去世时朱由检年幼不记事，自己不记得生母的模样。乳母回答说不像，崇祯帝便十分伤心。
后来在司礼监太监王裕民以及乳母的多次努力下，终于找画师画了一份与孝纯皇后相似的画像。崇祯帝看到后十分高兴，以非常隆重的仪式将画像迎接宫里。
到了半夜，崇祯皇帝跪在画像面前，将其安置在奉先殿等诸殿，每次见到这幅画像，就是想见到生母在自己面前一样，痛哭到不能起身。
崇祯十四年六月的一天晚上，崇祯帝做了一个梦，梦到了自己的生母，生母坐着凤辇来到崇祯帝面前，跟崇祯帝谈笑风生，并且叮嘱崇祯帝：吃药不如吃肉补身体，希望儿子能够吃肉。
虽然是梦，但是崇祯帝很高兴。
崇祯帝自幼失去生母，虽然先后被光宗妃嫔李庄妃与李康妃照顾，但毕竟不是自己的生母。崇祯皇帝一直以自己不能在生母膝下长大为遗憾，以自己不能供养自己的生母为恨，以至于他多年来都十分思念自己的生母。