一、秦孝公想把王位传于商鞅
《战国策 秦一 卫鞅亡魏入秦》：孝公行之八年，疾且不起，欲传商君，辞不受。
秦孝公用商君法令治国八年后，大病不起，想把王位传给商君，商君辞谢不接受。
这事是个孤证，难以证明是否真实存在，秦孝公在有儿子的情况下，不太可能把国君之位让给一个外人，整个中国历史上也没有这种先例。
但秦孝公有可能感激商鞅变法带来的巨大的成功，随口那么一说，试探商鞅的，商鞅当然不可能接受，只能拒绝，然后就被记载下来，这倒是有可能。
秦孝公与商鞅
这事不管是不是真的，当秦惠文王继位之后，变成了一件尴尬的事，父亲居然对商鞅说过这样的话，会带给秦惠文王怎样的想法？
如果秦孝公真说了这话，秦惠文王杀商鞅也就不难理解了。
即使秦孝公没说这话，秦惠文王也有足够的理由杀商鞅。
二、秦国变法只知有商鞅不知道有国君
《战国策 秦一 卫鞅亡魏入秦》：孝公已死，惠王代后，莅政有顷，商君告归。人说惠王曰：“大臣太重者国危，左右太亲者身危。今秦妇人婴儿皆言商君之法，莫言大王之法。是商君反为主，大王更为臣也。且夫商君，固大王仇雠也，愿大王图之。”商君归还，惠王车裂之，而秦人不怜。
秦孝公去世后，他的儿子秦惠王继位，执政不久，商君请求回到自己的封地。有人对秦惠文王说：
“大臣声望过重，将危及国家，左右辅佐的人员过分亲近，将危及君王自身。如今，连秦国的妇女孩童都在谈论商君的法令，却没有人谈论大王您的法令。这是商君反臣为主，而大王您倒变为人臣了。那商君本来就是大王的仇敌啊！希望大王对他采取措施。”
秦惠文王
商鞅逃去魏国也被拒绝，又返回秦国，秦惠文王对他施用了车裂的酷刑，而秦国人并不哀怜他。
商鞅在秦国变法多年，让变法深入人心，而秦孝公甘居幕后，一心支持商鞅变法，秦孝公愿意成为商鞅背后那个默默无闻的君主。
但并不意味着秦惠文王也愿意，商鞅因为变法获取了巨大的威望和权力，已经是功高盖主了，秦国人只知道有商鞅而不知道有国君了。
这个对秦惠文王说话的大臣，很能抓住秦惠文王敏感的神经，这也正是秦惠文王所担心的，也是他杀商鞅的原因之一。
三、秦国贵族的反扑
《史记 商君列传》：商君相秦十年，宗室贵戚多怨望者。
商君出任秦相十年，很多王公贵族都怨恨他。
商鞅
王公贵族为什么会怨恨商鞅？
因为商鞅革了这些人的命，废除了世袭世䘵制，哪怕是贵族，也不能靠出身和父辈的功业庇护了，必须要建立军功才能晋升爵位。
这等于是把秦国贵族全部变成了庶民，要跟普通百姓一起上阵杀敌，以换取爵位。
商鞅把贵族的铁饭碗给打破了，贵族们都要重新开始赚取爵位。
除此之外，在商鞅变法之前，刑不上大夫，意思是大夫等贵族哪怕犯了法，也不需要受到处罚。
但从商鞅变法开始，这一做法变了，变成王子犯法，与庶民同罪。
秦惠文王还在当太子的时候，因为触犯了新法，要受到处罚，因为他是太子，不能直接处罚，而是代以处罚太子的老师。
商鞅把太子一个老师公孙贾处于黥刑，也就是在脸上刺字，把太子的另一个老师公子虔处于劓刑，也就是割掉鼻子。
公子虔处于劓刑
你说这些贵族能不恨商鞅吗？
后来诬陷商鞅谋反的，就是以公子虔为首的贵族，这些人在秦孝公活着的时候不敢对付商鞅，只能等到秦孝公去世，太子秦惠文王继位才对商鞅下手。
这些人诬陷商鞅，秦惠文王在众怒之下，只得宣布逮捕商鞅，而且商鞅逃走了，去了魏国被拒绝，又回到封地发动邑兵攻打郑国。
这样商鞅真的谋反了，坐实了谋反的证据，谋反可要被诛三族的，于是秦国派兵攻打商鞅并杀死了他，然后还把他的尸体拿来实行车裂的酷刑。
四、新君杀人立威、夺权
《史记 商君列传》：相秦不以百姓为事，而大筑冀阙，非所以为功也。刑黥太子之师傅，残伤民以骏刑，是积怨畜祸也。教之化民也深於命，民之效上也捷於令。今君又左建外易，非所以为教也。君又南面而称寡人，日绳秦之贵公子。
秦国有一个赵良的人，去见商鞅，对商鞅说了一些话：
有人劝商鞅隐退
身为秦国国相不为百姓造福而大规模地营建宫阙，这就说不上为国家建立功业了。惩治太子的师傅，用严刑酷法残害百姓，这是积累怨恨、聚积祸患啊。教化百姓比命令百姓更深入人心，百姓模仿上边的行为比命令百姓更为迅速。如今您却违情背理地建立权威变更法度，这不是对百姓施行教化啊。您又在商於封地南面称君，天天用新法来逼迫秦国的贵族子弟。
赵良还说商鞅出门后边跟着数以十计的车辆，车上都是顶盔贯甲的卫士，身强力壮的人做贴身警卫，持矛操戟的人紧靠您的车子奔随，但凡少一样，商鞅就不敢出门。
赵良建议商鞅辞官，交出封地，隐退，但商鞅不听从。
商鞅为什么不愿意？
有多少人愿意舍弃富贵和权力，以秦孝公支持商鞅变法的力度，商鞅在秦国的地位仅次于秦孝公，一人之下，万人之上。
商鞅出门都有十多辆车跟随，还有大批卫士跟随，这个排场已经是秦国最有权势的人。
赵良都已经看出商鞅处于非常危险的境界，但商鞅并不这么认为。
从秦惠文王来说，他是新君继位，没有威望，地位和权力都不稳固，而商鞅作为朝廷的头号权臣，相权过大，压制了王权。
商鞅不愿意放弃手中权力
秦惠文王想出立威，巩固皇权和地位，就必须杀商鞅，古代历来以杀人立威，尤其是权力地位较高的人，地位越高权力越高，杀了这样的人越容易立威信。
现在正好有贵族诬陷商鞅谋反，秦惠文王乐得顺水推舟，贵族们以为杀商鞅能废除变法，而秦惠文王只想杀商鞅夺回皇权，巩固地位，目的不一样。
这事对秦惠文王来说是一举两得的，商鞅被杀后，历史都认为是那些贵族诬陷的商鞅，而不是秦惠文王要杀商鞅。
秦惠文王杀了商鞅，夺回皇权，巩固了地位，又维持了变法，一举多得，而那些诬陷商鞅的贵族反而傻了眼，这就是秦惠文王的高明之处。