新疆军区是很特殊的一个省级军区，绝大多数省级军区都是正军级建制，新疆军区则是副战区级。绝大多数省级军区都隶属于军委国防动员部，新疆军区则隶属于陆军总部。绝大多数省级军区都没有作战部队，新疆军区则是拥有大量作战部队。
新疆军区同时承担国防动员和军事作战的双重职能，以军事作战来说，新疆军区下辖着规模很大的作战部队，用来承担地面野战任务。值得一说的是，新疆军区既有师团制部队，也有旅营制部队，总兵力相当于两个集团军
所谓师团制部队，就是部队编制为“师-团-营”。所谓旅营制部队，就是部队编制为“旅-营”。在师团制部队里，师下辖若干个团，团下辖若干个营。在旅营制部队里，则是旅直接下辖若干个营。因此师团制部队里没有旅，旅营制部队里没有师和团。
在九十年代之前，陆军集团军都是师团制部队，编制为“军-师-团-营”，九十年代后期师改旅以后，集团军逐渐发展成为旅营制，编制为“军-旅-营”。在本轮军改之前，陆军18个集团军基本上都完成了师改旅，几乎都是旅营制部队。本轮军改以后，虽然集团军的数量从18个缩编为13个，但是继承了过去的旅营制。
新疆军区的情况很特殊，师团制部队和旅营制部队都有。新疆军区有4个师团制部队，也就是4个合成师。这几个合成师的前身，就是原机械化步兵师。在师改旅过程中，集团军的摩托化步兵师和机械化步兵师，都改制为摩步旅和机步旅。但是新疆军区的4个机步师，没有进行师改旅，而是仍然维持机步师的建制。
本轮军改以后，那4个机步师改制为4个合成师，也是全军仅有的几个合成师。相较于集团军的合成旅，新疆军区的合成师规模更大。除了4个合成师，新疆军区还有其他作战部队，这些部队则是旅营制。
新疆军区的旅营制部队，包括防空旅、特战旅、炮兵旅、陆航旅、汽车运输旅等。这些旅级部队，和集团军基本上保持一致。这些旅真正掌握了全要素作战、多领域兼顾的能力。除此之外，新疆军区还有数量较多的边防团，这些边防团隶属于军分区，是维护我国边疆安全的第一道防线，为保卫祖国的主权和领土完整立下了汗马功劳。
新疆军区是唯一同时实行师、旅、团“混编”的军事单位，4个合成师，再加上若干个旅，以及若干个边防团，其总兵力相当于两个集团军。正因为如此，所以新疆作为西北的战略要地，境内并没有部署陆军的集团军。