对于成人来说，病毒感染导致感染性胃肠炎的比例远高于其他病原体，导致成人急性胃肠炎的病毒主要是诺如病毒。
细菌感染
因进食被细菌污染的食物后可引起，即食物中毒，也可因接触带菌者或饮用生水引起。
小儿患者常见的细菌包括大肠埃希菌属、弯曲菌属、沙门菌属以及志贺菌属等。
成人常见的致病菌为沙门菌、痢疾杆菌、大肠埃希菌、副溶血弧菌、弯曲菌、气单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌等。
此外，结核杆菌感染可引起结核性肠炎，幽门螺杆菌感染可引起慢性胃炎。
寄生虫感染
常见病原体有贾第虫、阿米巴、隐孢子虫、血吸虫等。
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