一般情况：硕士跨专业申请难度低于博士申请。博士跨专业的情况很少，多数是在硕士申请阶段。

理由：博士这个学位本身对申请人的背景要求极高，最终录取的人都应该具备在该项目中进行科研工作的能力。而如果是跨专业申请，学生需要投入更多的精力去处理原专业之外的目标专业，在保证原专业水平之余，还要学习目标专业，并且进行相应的科研或者实习。硕士申请者相对博士申请者，对其科研背景和实习经历的要求没那么高。硕士申请更多的还是看硬件，拥有一个好的三围（GPA、GT）已经让你成功了一半，科研经历这些背景对于本科生来讲一般也不可能做到多么有深度，有质量。

当然不同的原专业和目标专业的跨专业申请难度是不一样的，这得看原专业和目标专业的跨度大小。比如EE转CS就比较容易，但如果是汉语言文学转CS那就比较困难了。迄今为止小A了解到了一个最大跨度的转专业申请是知乎上一个本科文科转物理PhD的（大概是这样的）。也就是说，只要你具备了相应的背景，跨专业也并非难事。

另外本科申请博士和硕士申请博士是不太一样的。本科申请博士更多的是看硬件，也就是说你的硬件要特别优秀才适合申请PhD。一些非常优秀的同学也会在本科阶段就参与科研项目，为自己加分不少。还有一种情况需要注意，美国一些大学的一些项目的博士申请是要求硕士背景的，本科没法直接申请。对于本科同学来说，难度100%。