崇祯三年三月，皇太极带领的八旗军入关，先后占据遵化、永平、迁安，在此情况下，崇祯下令，京都戒严，此时，全国各地来勤王的士兵多达二十万，由于没有人统一调度。崇祯几经考虑，决定让两朝帝师，兵部尚书、东阁大学士孙承宗统一指挥。
孙承宗让全国各地来勤王的军队在蓟门及京畿一带驻扎。在孙承宗开始统一指挥下，五月，祖大寿等攻克滦州，王维城等攻克迁安，谢尚政攻克遵化，后金军溃败而走。皇帝朱由检大喜。于是加封67岁的孙承宗为太傅，封蓟辽督师。
应该说，辽东的事情，孙承宗在天启年间办得不错，虽然被魏忠贤掣肘，但成绩朝野还是有目共睹的。就在崇祯任命孙承宗为蓟辽督师的时候，也同时让丘嘉宾为新任辽东巡抚。这丘禾嘉在明末官场中是个异类，不是进士出身，仅以举人身份居然做到了巡抚高位，有明一代，以举人身份做到巡抚高位的，在他之前只有一个，就是大名鼎鼎的——海瑞。
海瑞以清廉而闻名天下，他丘禾嘉以打嘴炮的军功闻达于官场。丘禾嘉颇得崇祯的赏识，于是就地被提拔为兵部职方司主事。相当于情报官员。此时的兵部尚书，是三个月内被崇祯超擢六级的梁廷栋，由此也可见崇祯用人的“不拘一格”实际上就是过于操切，不看实际能力，就看会不会说。
在孙承宗全权总理辽务的时候，梁廷栋就推荐丘禾嘉就职辽东巡抚。梁廷栋让丘禾嘉当辽东巡抚就是为了盯着关宁军的动向，因为他与孙承宗不睦，有了这一层的恩怨，丘禾嘉和辽东诸将关系好那才是见了鬼。因此，丘禾嘉刚一上任就开始搞事。
崇祯四年年初，皇太极不甘心永平四城的失败，派出两万大军包围锦州城。虽然丘禾嘉号称知兵，但实际上不过是参谋人员，出主意行 ，真要让这位巡抚大人亲临一线。面对如狼似虎的八旗，他的腿肚子也是打颤。在此情况下，他只有闭城求救。孙承宗接到丘禾嘉求助之后，立即带兵解锦州之围，皇太极见明军主力到来只能撤军，皇太极在撤军之前把袁崇焕重修的大凌河城给拆了。
丘禾嘉此时又给崇祯的上表，意思是由他率领辽东军出兵先占据右屯，这样一来，锦州、大凌河、右屯之间就护城形成掎角之势，可以相互依托。守住这三个据点之后，再向东北梯次推进，以便收复较远的广宁城。计划很好，关键在于执行，前提是，要这么做首先就要把大凌河城重新修筑，
可由谁去大凌河修城，谁在锦州带兵，成为孙承宗和丘禾嘉争论的焦点。谁都明白，守卫锦州城相对比较安全和轻松，而修城，既辛苦又危险，因为可是要随时面对后金的攻击。按照丘禾嘉的意思，他有意让祖大寿去大凌河。为啥呢？就是借刀杀人，打死敌人平外患，打死队友除内患。这算盘打的也没谁了。
在丘禾嘉建议下，崇祯让宁远总兵祖大寿与何可刚负责修筑大凌河城。其中包括四千关宁军，一万客兵以及领班军一万四千余人，这领班军就是工程兵。而宁远总兵由吴襄（吴三桂他爹）署理。吴襄还是祖大寿的妹夫。
孙承宗虽然不反对祖大寿的任命，但反对吴襄接任宁远总兵，第一吴襄之前职务不过是中军官，职务太低，更关键的是没什么实际的战功，让这样的人担任总兵，孙承宗不放心。
就在这个时候，朝廷里的言官们又开始叽叽喳喳，对于大凌河城是否修筑又发生争吵，言官们在京城里不去实地考察，就说重修就是浪费钱粮。言官该死就在此处，啥事不干，一天天就是瞎BB，就这样大凌河城，刚修了一小部分就停工了。在这种情况下，丘禾嘉就把之前拨给祖大寿用于外围防守的一万客军调回了锦州。此时的大凌河城守军只剩下关宁军祖大寿本部四千人，外加一万人的施工队。
而皇太极却深知，一旦明军把锦州、右屯、大凌河的三角防线建立完备，不但广宁不保、沈阳危殆，还可以扼制后金大军进入蒙古地区，现在最好的办法，就是趁明军立足未稳，把大凌河城拆掉！没了城池依托，关宁军的战斗力也会大减！打野战，是八旗子弟的长项。
崇祯四年八月初四，皇太极亲率两万大军，在大凌河城下集结。八旗军还是老一套办法，就是沿着城墙四周挖出一条巨大的壕沟。重兵围困的同时，派兵扼守住大凌河城通往锦州的所有通道，搞围城打援。面对后金军的包围，祖大寿几次派兵出击，企图撕开缺口，但都没有成功。祖大寿冲不去的主要原因就是，除了兵力不足之外，再就是皇太极此次随军的还有六门新式火炮，应该说从此刻开始，明军和八旗军之间的技术代差在慢慢缩小。
当大凌河城被围的消息传来后，丘禾嘉立刻组织援军，命令吴襄和宋伟合兵，向大凌河开进。但被阿济格击退。九月初，皇太极分兵来攻锦州，吴襄和宋伟只能窝在锦州城，并向朝廷求援。九月二十四日，由太仆寺少卿张春率领的马步军四万余人从山海关开来，总数是后金的两倍。吴襄也从锦州城里冲出赶来支援，明军前哨部队距离大凌河城仅剩十五里的距离。听闻自己即将被反包围，皇太极亲自带人赶到阵前。皇太极下令佟养性的炮兵对着张春的大营猛轰，明军被大炮打乱了阵脚。
就在这关键时刻，吴襄居然脚底抹油先溜了。而主将张春见刮起了大风，张春便下令纵火攻击佟养性的炮兵阵地。没想到明军纵火后不久，风向便发生了逆转，反而扑向了自己的阵地，一番混战，张春被擒。就此明军全线溃败。大凌河解围失败。
皇太极在击败明廷援军之后，加紧了对祖大寿劝降工作。要知道，此时关宁军中，资格最老、能力最强的就属祖大寿了。皇太极不止一次地说过：“明国所恃者，惟祖大寿之兵。”对于祖大寿，皇太极势在必得，为此不惜任何代价。
皇太极亲书的劝降书也写的十分漂亮，应该是出自范文程的手笔，皇太极还打出包票，一定不会以对臣下的礼节来对待祖大寿。可祖大寿坚持不降。大凌河城内的状况越来越不好了。粮食越来越不够，每天都会有百姓饿死。面对这种情况，除了副将何可刚，大凌河城里的明军守将们都同意投降。祖大寿实在没办法，只能派人去皇太极营中接洽，表示愿降。为表示诚意，十月二十八日，祖大寿将反对投降的何可刚推到城门前斩首示众。随后，祖大寿正式向皇太极献城投降。
至此，大凌河城在被围八十多天后终于撤围。祖大寿投降之后，受到了皇太极超规格的接见。首先是诸王贝勒们均出营一里迎接。到达中军大帐后，皇太极又免了祖大寿的跪拜礼。开宴时，皇太极直接让祖大寿坐在代善的下首，祖大寿深受感动，趁机献计。表示自己愿意去锦州做内应给皇太极开城门。祖大寿把儿子和部将基本都留在了后金营中，所以皇太极并没有起疑。
可祖大寿玩的一手好诈降！杀何可刚，拿儿子当人质，只是为了脱身。回到锦州之后，祖大寿推说人手不够，时机没到，急切间不可下手。最痛苦的是，不能把诈降的事情告诉别人，人多嘴杂，大家可能一块儿玩完！崇祯没有对祖大寿进行处理。但大凌河战败的责任还是要追究的，孙承宗和丘禾嘉两人双双免职回家养老。明军与后金再次进入相持阶段。
从战略意义上讲。大凌河之战中，皇太极重视的不是一城一地的得失，而是要借此吸收和瓦解明国的关宁军有生力量，尤其是祖家军队伍。也就是说，祖大寿的价值在于以其为核心形成了一个以血缘为纽带的庞大的武装家族。
而面对祖大寿欺骗，后金上下无不激愤，纷纷要求杀了祖大寿儿子。可皇太极没有，而是夸奖祖大寿有勇有谋，不仅没有杀祖大寿的儿子，反而把祖大寿的儿子释放了。对比之下，皇太极的个人能力不知道要比崇祯高出多少倍，经过大凌河之战的磨砺，皇太极的军事指挥和政治工作越发成熟，而崇祯但凡有皇太极一半的能力和对祖大寿负责态度，大明能亡吗？所以来说，崇祯输给皇太极一点都不冤。可以说整个明末，所有实诚人、所有忠于皇帝的人，都很惨，包括孙承宗。
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